[日本語] English
万見
- PDB-4waf: Crystal Structure of a novel tetrahydropyrazolo[1,5-a]pyrazine in... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4waf
タイトルCrystal Structure of a novel tetrahydropyrazolo[1,5-a]pyrazine in an engineered PI3K alpha
要素
  • Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
  • Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
キーワードtransferase/transferase inhibitor / PI3K / chimera / lipid kinase / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


perinuclear endoplasmic reticulum membrane / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / response to muscle inactivity / phosphatidylinositol kinase activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / regulation of actin filament organization / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / negative regulation of actin filament depolymerization ...perinuclear endoplasmic reticulum membrane / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / response to muscle inactivity / phosphatidylinositol kinase activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / regulation of actin filament organization / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / negative regulation of actin filament depolymerization / response to butyrate / T follicular helper cell differentiation / IRS-mediated signalling / interleukin-18-mediated signaling pathway / myeloid leukocyte migration / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / response to L-leucine / PI3K events in ERBB4 signaling / neurotrophin TRKA receptor binding / positive regulation of focal adhesion disassembly / cellular response to hydrostatic pressure / autosome genomic imprinting / cis-Golgi network / Activated NTRK2 signals through PI3K / negative regulation of fibroblast apoptotic process / ErbB-3 class receptor binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / negative regulation of stress fiber assembly / Activated NTRK3 signals through PI3K / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / phosphatidylinositol 3-kinase complex / Co-stimulation by ICOS / TORC2 signaling / RHOD GTPase cycle / positive regulation of protein localization to membrane / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / vasculature development / regulation of cellular respiration / Nephrin family interactions / RHOF GTPase cycle / kinase activator activity / Signaling by LTK in cancer / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / Signaling by LTK / anoikis / positive regulation of leukocyte migration / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / relaxation of cardiac muscle / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / RND3 GTPase cycle / positive regulation of filopodium assembly / MET activates PI3K/AKT signaling / PI3K/AKT activation / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / growth hormone receptor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase / insulin binding / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / Signaling by ALK / cardiac muscle cell contraction / RHOV GTPase cycle / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / vascular endothelial growth factor signaling pathway / RHOB GTPase cycle / natural killer cell mediated cytotoxicity / GP1b-IX-V activation signalling / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / PI-3K cascade:FGFR3 / response to dexamethasone / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR4 / negative regulation of macroautophagy / PI-3K cascade:FGFR1 / RHOJ GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / negative regulation of osteoclast differentiation / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / phosphatidylinositol-mediated signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / RHOU GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RET signaling / negative regulation of anoikis / T cell differentiation / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PI3K events in ERBB2 signaling / RHOG GTPase cycle / insulin receptor substrate binding / negative regulation of cell-matrix adhesion / intercalated disc / PI3K Cascade / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / regulation of multicellular organism growth / RAC3 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / RAC2 GTPase cycle
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like (UB roll) - #770 / Helix Hairpins - #1490 / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3Kalpha, catalytic domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 ...Ubiquitin-like (UB roll) - #770 / Helix Hairpins - #1490 / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3Kalpha, catalytic domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Rho GTPase activation protein / C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Helix Hairpins / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3K6 / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Knapp, M.S. / Elling, R.A.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Structure-Based Drug Design of Novel Potent and Selective Tetrahydropyrazolo[1,5-a]pyrazines as ATR Inhibitors.
著者: Barsanti, P.A. / Aversa, R.J. / Jin, X. / Pan, Y. / Lu, Y. / Elling, R. / Jain, R. / Knapp, M. / Lan, J. / Lin, X. / Rudewicz, P. / Sim, J. / Taricani, L. / Thomas, G. / Xiao, L. / Yue, Q.
履歴
登録2014年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
B: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,3073
ポリマ－163,8702
非ポリマー4371
水5,188288
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6770 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area53890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.483, 106.525, 133.507
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform / PtdIns-3-kinase subunit alpha / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic ...PtdIns-3-kinase subunit alpha / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit alpha / p110alpha / Phosphoinositide-3-kinase catalytic alpha polypeptide / Serine/threonine protein kinase PIK3CA


分子量: 125126.641 Da / 分子数: 1 / 変異: M232K, L233K, I800M, F930V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3CA / 細胞株 (発現宿主): Tn5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: P42336, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha / PtdIns-3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit ...PtdIns-3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit alpha / PtdIns-3-kinase regulatory subunit p85-alpha


分子量: 38743.484 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 2-317 / 変異: T12Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3R1, GRB1 / 細胞株 (発現宿主): Tn5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P27986
#3: 化合物 ChemComp-3K6 / N,N-dimethyl-4-[(6R)-6-methyl-5-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yl)-4,5,6,7-tetrahydropyrazolo[1,5-a]pyrazin-3-yl]benzenesulfonamide


分子量: 436.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24N6O2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 %
結晶化温度: 303.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12% PEG 3350, 120mM potassium thiocyanate

-
データ収集

回折平均測定温度: 103.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年8月22日
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.389→48.65 Å / Num. obs: 59769 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 63.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 2.389→2.45 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge F obs: 0.974 / Mean I/σ(I) obs: 2.1

-
解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.11.5 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4JPS

4jps


解像度: 2.39→48.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9447 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9135 / SU R Cruickshank DPI: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.36 / SU Rfree Blow DPI: 0.243 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.246
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 3010 5.05 %RANDOM
Rwork0.1991 ---
obs0.2015 56611 99.97 %-
原子変位パラメータBiso mean: 65.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2808 Å20 Å20 Å2
2--6.7352 Å20 Å2
3----8.016 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→48.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10070 0 31 288 10389
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00910315HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0413984HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3605SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes275HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1505HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10315HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.51
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.27
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1356SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies3HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11695SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.39→2.45 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2699 228 5.24 %
Rwork0.2423 4122 -
all0.2437 4350 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

L11: 0 °2 / L12: 0 °2 / L13: 0 °2 / L22: 0 °2 / L23: 0 °2 / L33: 0 °2 / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: 0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDOrigin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-9.454527.3944-26.7296
2-13.718515.5186-48.4079
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る