Crystal structure of 7,8-diaminopelargonic acid synthase (BioA) from Mycobacterium tuberculosis, complexed with 7-(diethylamino)-3-(thiophene-2-carbonyl)-2H-chromen-2-one
温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein: 25 mM HEPES, 50 mM NaCl, 0.1 mM TCEP Reservoir:10% PEG 8000, 0.1M magnesium chloride, 0.1M HEPES pH 7.5 Cryo: 15% PEG 400 in reservoir solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
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データ収集
回折
平均測定温度: 193 K
放射光源
由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器
タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月14日
放射
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.8→63.08 Å / Num. all: 72681 / Num. obs: 72681 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 19.8
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
Blu-Ice
データ収集
d*TREK
データ削減
REFMAC
5.6.0117
精密化
PDB_EXTRACT
3.14
データ抽出
d*TREK
データスケーリング
d*TREK
データ削減
d*TREK
データスケーリング
精密化
解像度: 1.9→63.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 3.646 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.2216
3324
5 %
RANDOM
Rwork
0.1822
62653
-
-
obs
0.1842
65977
96.41 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK