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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4utw | ||||||
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タイトル | Structural characterisation of NanE, ManNac6P C2 epimerase, from Clostridium perfingens | ||||||
![]() | (PUTATIVE N-ACETYLMANNOSAMINE-6-PHOSPHATE 2-EPIMERASE) x 2 | ||||||
![]() | ISOMERASE / SUGAR 2-EPIMERASE / SIALIC ACID / SUGAR PHOSPHATE / ENZYME MECHANISM / CARBOHYDRATE / MUTAGENESIS / 1H NMR SPECTROSCOPY | ||||||
機能・相同性 | ![]() N-acetylmannosamine catabolic process / N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase / N-acylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase activity / N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase activity / N-acetylmannosamine metabolic process / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pelissier, M.C. / Sebban-Kreuzer, C. / Guerlesquin, F. / Brannigan, J.A. / Davies, G.J. / Bourne, Y. / Vincent, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and Functional Characterization of the Clostridium Perfringens N-Acetylmannosamine-6-Phosphate 2-Epimerase Essential for the Sialic Acid Salvage Pathway 著者: Pelissier, M.C. / Sebban-Kreuzer, C. / Guerlesquin, F. / Brannigan, J.A. / Davies, G.J. / Bourne, Y. / Vincent, F. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 209.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 168.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 48.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 70.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25164.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: 8 CHLORIDE IONS AND 4 ACTETATE MOLECULES ARE BOUND TO THE 4 MONOMERS 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PET-YSBLIC / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q0TUP9, UniProt: Q8XNZ3*PLUS, N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase #2: タンパク質 | 分子量: 25113.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: 8 CHLORIDE IONS AND 4 ACTETATE MOLECULES ARE BOUND TO THE 4 MONOMERS 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PET-YSBLIC / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q0TUP9, UniProt: Q8XNZ3*PLUS, N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-RFW / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.24 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 0.1 M NA CACODYLATE PH 6.5, 0.2 M CA ACETATE, 24.5% (W/V) PEG 2K MME AND 5% (V/V) PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→41.1 Å / Num. obs: 63357 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 85.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4UTT 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 9.458 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.033 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
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拘束条件 |
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