PDB-4ubt: Structure of the C93S variant of the 3-ketoacyl-CoA thiolase FadA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ubt

タイトル

Structure of the C93S variant of the 3-ketoacyl-CoA thiolase FadA5 from M. tuberculosis in complex with a steroid and CoA.

要素

Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5

キーワード

TRANSFERASE / degradative thiolase / steroid-complex

機能・相同性

機能・相同性情報

acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / phenylacetate catabolic process / cholesterol catabolic process / fatty acid beta-oxidation / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Schaefer, C.M. / Kisker, C.

資金援助

ドイツ,

米国, 8件

組織	認可番号	国
German Research Foundation	SFB 630	ドイツ
German Research Foundation	FZ82	ドイツ
National Institutes of Health	AI092455	米国
National Institutes of Health	AI085349	米国
National Institutes of Health	AI065251	米国
National Institutes of Health	HL53306	米国
National Institutes of Health	RR021008	米国
NSF	BIO1039771	米国

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: FadA5 a Thiolase from Mycobacterium tuberculosis: A Steroid-Binding Pocket Reveals the Potential for Drug Development against Tuberculosis.
著者: Schaefer, C.M. / Lu, R. / Nesbitt, N.M. / Schiebel, J. / Sampson, N.S. / Kisker, C.

履歴

登録	2014年8月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年12月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月14日	Group: Database references
改定 2.0	2023年12月20日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_site_gen.auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ubt.cif.gz	629.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ubt.ent.gz	520.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ubt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/4ubt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/4ubt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ubuC 4ubvSC 4ubwC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ubu-1 4ubu-4 4ubv-d 4ubu-2 4ubu-3 4ubu-5 4h6d-4 4ubw-d 4h6d-1 4h67-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (9) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (9)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5

B: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5

C: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5

D: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5

ヘテロ分子

174 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5

B: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5

ヘテロ分子

D: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5

ヘテロ分子

C: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	76.660, 100.180, 107.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.90, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5 / Probable acetyl-CoA acetyltransferase FadA5 (Acetoacetyl-CoA thiolase) 分子量: 42330.656 Da / 分子数: 4 / 変異: C93S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C93S variant of FadA5 in complex with a steroid-CoA 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: fadA5, Rv3546, P425_03688, RVBD_3546 / プラスミド: pSD31 発現宿主: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: I6XHI4, acetyl-CoA C-acyltransferase

#1: タンパク質

Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5 / Probable acetyl-CoA acetyltransferase FadA5 (Acetoacetyl-CoA thiolase)

分子量: 42330.656 Da / 分子数: 4 / 変異: C93S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C93S variant of FadA5 in complex with a steroid-CoA
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: fadA5, Rv3546, P425_03688, RVBD_3546 / プラスミド: pSD31
発現宿主:

Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: I6XHI4, acetyl-CoA C-acyltransferase

-
非ポリマー , 7種, 1185分子

#2: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#3: 化合物	ChemComp-3G6 / (2S)-2-[(8S,9S,10R,13S,14S,17R)-10,13-dimethyl-3-oxo-2,3,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17-tetradecahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthren-17-yl]propanoic acid (non-preferred name) / 3-オキソ-23,24-ジノルコラ-4-エン-22-酸分子量: 344.488 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₃₂O₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7 / 詳細: 0.1 M Mes, 23% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91842 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91842 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→47.49 Å / Num. obs: 175728 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ubv

4ubv

解像度: 1.7→37.684 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1737	8795	5.01 %
R_work	0.1446	-	-
obs	0.1461	175672	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→37.684 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11525	0	315	1161	13001

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	12558
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.096	17149
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.231	4736
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	1938
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2266

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7193	0.276	287	0.2324	5487	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7193-1.7395	0.2978	273	0.227	5611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7395-1.7608	0.2487	321	0.2172	5537	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7608-1.783	0.2528	248	0.2002	5552	X-RAY DIFFRACTION	99
1.783-1.8065	0.2312	298	0.1966	5519	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8065-1.8313	0.217	311	0.1856	5537	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8313-1.8574	0.1954	286	0.1745	5425	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8574-1.8851	0.1847	273	0.1662	5523	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8851-1.9146	0.2072	284	0.16	5606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9146-1.946	0.2034	281	0.16	5532	X-RAY DIFFRACTION	100
1.946-1.9795	0.2096	279	0.1558	5577	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9795-2.0155	0.1892	289	0.149	5597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0155-2.0543	0.2075	304	0.149	5522	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0543-2.0962	0.1794	333	0.1442	5545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0962-2.1418	0.2002	273	0.1441	5583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1418-2.1916	0.1705	292	0.141	5583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1916-2.2464	0.1781	299	0.1379	5522	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2464-2.3071	0.1688	280	0.1415	5553	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3071-2.375	0.1888	289	0.1427	5558	X-RAY DIFFRACTION	99
2.375-2.4517	0.171	318	0.1396	5519	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4517-2.5393	0.1804	288	0.1433	5583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5393-2.6409	0.1798	318	0.1409	5580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6409-2.7611	0.1696	289	0.1377	5559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7611-2.9066	0.1737	289	0.1403	5588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9066-3.0886	0.1845	288	0.1509	5585	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0886-3.327	0.1715	305	0.1425	5606	X-RAY DIFFRACTION	100
3.327-3.6615	0.1581	333	0.1323	5526	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6615-4.1908	0.13	291	0.1221	5615	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1908-5.2776	0.1451	275	0.1209	5643	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2776-37.6936	0.155	301	0.1524	5704	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5611	0.7756	-0.2707	0.4573	0.1948	1.712	0.1212	-0.1256	-0.1117	-0.0169	0.0369	-0.2628	0.0665	0.2713	-0.1431	0.1531	-0.0769	-0.0728	0.228	-0.0488	0.2471	4.2765	17.321	36.7032
2	0.864	0.0286	-0.1422	1.9366	0.0656	1.4649	0.0329	-0.0579	0.0611	-0.1128	0.0689	-0.3039	-0.1591	0.2815	-0.0364	0.1285	-0.0701	-0.0005	0.1992	-0.0139	0.1976	1.7288	16.6642	28.6853
3	1.9526	1.4079	1.98	3.8421	4.2132	7.8195	-0.0661	0.1092	0.1788	-0.2225	-0.2343	0.4573	-0.2657	-0.4534	0.3253	0.1233	0.0027	-0.0316	0.217	-0.0072	0.2468	-25.7181	17.5148	39.2469
4	3.6797	1.1734	-0.3881	0.6677	-0.0974	0.3361	0.3584	-0.4826	0.3119	0.1871	-0.1233	-0.0881	-0.447	0.3176	-0.2131	0.3304	-0.1416	-0.0001	0.2843	-0.0726	0.2955	-2.0095	33.2475	48.0764
5	3.1083	1.6064	-1.506	0.9243	-0.7121	2.0633	0.1551	0.315	0.4499	0.0105	0.1539	0.2289	-0.6217	0.0691	-0.3126	0.3833	-0.0998	-0.0027	0.2688	0.0045	0.4088	-1.2329	40.374	31.2885
6	1.3938	0.0456	-0.3048	1.1507	0.3846	1.1278	0.0558	-0.2033	0.1323	0.24	0.0266	-0.1631	-0.1022	0.2562	-0.0396	0.1737	-0.0623	-0.0523	0.2376	-0.0245	0.1664	-4.8228	19.16	47.6134
7	2.6788	-0.2912	0.4983	2.603	-0.1954	2.7631	-0.1799	0.0645	-0.0572	-0.0869	0.0734	-0.0897	0.038	-0.0442	0.0917	0.1495	-0.0693	0.0116	0.0986	-0.0009	0.1235	-13.9203	-3.9056	22.8168
8	1.8766	0.2032	0.0381	1.7315	0.2039	1.8808	-0.0492	-0.0183	-0.0522	-0.0305	0.0095	-0.0101	0.1156	-0.0596	0.0307	0.1237	-0.0338	-0.0246	0.1347	0.006	0.1135	-13.3264	2.3818	30.4248
9	1.1579	0.2493	-0.3654	1.9413	1.2271	1.931	-0.0513	0.2446	0.146	-0.8159	0.1602	-0.2111	-0.4614	0.1277	-0.1564	0.4629	-0.1189	0.1246	0.3293	0.0293	0.3026	2.1569	14.6535	7.4865
10	2.3555	0.5522	-2.1466	1.0305	0.0215	3.2948	-0.1174	0.5133	-0.0881	-0.4481	0.0915	0.006	-0.0038	-0.3856	0.0446	0.3557	-0.1009	-0.0089	0.2857	-0.0348	0.1994	-15.962	-8.7592	9.9012
11	2.6415	1.1479	-1.6875	1.8598	-0.7613	3.4243	-0.0477	0.6244	0.1362	-0.5104	0.1671	0.2069	0.0409	-0.3664	-0.0857	0.3998	-0.0942	-0.0278	0.3526	-0.0091	0.1947	-15.4172	-4.1458	3.6012
12	1.3081	0.0927	-0.3104	1.5659	0.0477	1.6608	-0.1	0.0943	-0.2036	-0.2214	0.0971	-0.3448	0.2069	0.1781	0.0231	0.1741	-0.0113	0.0458	0.1713	-0.0235	0.2241	0.0364	-6.4698	19.4982
13	5.3487	-1.7644	1.9281	3.2341	-1.2314	2.0038	-0.1738	-0.0676	-0.2621	-0.0725	0.197	-0.143	-0.104	0.0351	0.0103	0.158	-0.0856	0.0359	0.1142	-0.0398	0.1455	-32.4501	-26.9061	22.4434
14	2.6032	0.0113	-0.4487	0.995	-0.4318	1.6524	-0.0485	-0.0208	-0.0967	-0.0485	0.0332	-0.1417	-0.07	0.1134	0.0171	0.1528	-0.0574	0.0122	0.1417	-0.0365	0.1611	-38.3799	-31.1722	29.6293
15	1.8603	-0.595	-0.248	0.3728	0.6166	3.4347	-0.2315	0.0908	-0.9646	-0.3979	0.3865	-0.2317	0.5281	0.0896	0.1799	0.5615	-0.215	0.255	0.2536	-0.3889	0.4934	-37.3793	-54.2209	10.9079
16	0.3471	0.5907	-0.2484	1.7787	1.2946	4.3998	-0.1511	0.1806	-0.2967	-0.1601	0.1403	-0.567	0.1795	0.5549	-0.0967	0.2383	-0.0858	0.0974	0.3319	-0.0757	0.3977	-21.4161	-29.0552	14.1537
17	0.8281	0.2182	-0.4638	1.7119	-0.0095	1.4229	-0.2163	0.2652	-0.3083	-0.2388	0.0768	-0.4155	0.1393	0.1904	-0.0039	0.2474	-0.0932	0.1263	0.2423	-0.1039	0.3206	-26.2255	-33.3233	14.0216
18	1.346	0.5705	-0.4293	1.3505	-0.1264	1.0371	-0.2236	0.4686	-0.1045	-0.3737	0.2086	-0.0719	0.0808	-0.1583	0.0055	0.3128	-0.1419	0.0405	0.3246	-0.0669	0.1656	-40.5534	-30.8883	8.4197
19	4.5635	3.2738	1.8115	8.5962	2.3104	2.6932	0.0129	-0.1264	-0.2267	0.2875	-0.0056	0.2795	0.2845	0.1338	-0.0077	0.1336	0.0929	0.0236	0.1575	0.0606	0.1532	-37.475	-0.0843	74.0778
20	1.3502	-0.2979	-0.3878	1.8245	0.2261	1.0396	-0.1757	-0.2627	-0.3097	0.2233	0.1518	0.0958	0.2292	0.1614	-0.0056	0.2128	0.0862	0.0283	0.1889	0.0628	0.1916	-43.5908	3.659	80.8847
21	3.4992	-1.8346	1.2446	2.8898	-1.2791	3.0671	0.093	0.329	-0.1498	-0.4851	-0.0912	0.181	0.2997	-0.028	-0.0055	0.2474	-0.0094	-0.0545	0.1897	-0.0575	0.1827	-40.4403	4.8493	50.9683
22	8.513	5.5453	-3.7539	7.7169	-2.9654	3.2625	-0.5703	0.5239	-0.7433	-0.25	0.5116	0.6499	0.7416	-0.2559	0.0688	0.3854	0.077	0.0446	0.2704	0.0438	0.5751	-39.5299	-12.522	70.7133
23	2.9543	-0.9806	0.914	1.3615	-0.4169	3.4828	0.2292	0.2452	-0.6055	-0.6833	0.0221	0.241	0.958	0.0927	-0.2564	0.4315	-0.0065	-0.0775	0.1775	-0.0774	0.3409	-41.2586	-7.2693	54.8769
24	1.6541	-0.2089	0.843	1.8306	0.371	3.6313	-0.1519	-0.1209	-0.0386	0.1358	0.1392	0.0528	0.0677	0.3303	-0.0079	0.0949	0.0614	-0.0069	0.1854	0.0176	0.1592	-36.0424	5.4227	74.241
25	1.3841	-0.3207	-0.156	1.6759	0.2047	2.0312	-0.0151	-0.0151	0.0246	-0.0499	0.0411	-0.0186	-0.047	0.1722	-0.0211	0.1264	0.0078	-0.014	0.1452	-0.0042	0.127	-35.4892	13.1175	64.0353

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -4 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 135 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 136 through 165 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 166 through 199 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 200 through 224 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 225 through 391 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 0 through 25 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 26 through 135 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 136 through 165 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 166 through 210 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 211 through 241 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 242 through 391 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 1 through 25 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 26 through 135 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 136 through 165 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 166 through 210 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 211 through 265 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 266 through 391 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 1 through 25 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 26 through 150 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 151 through 186 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 187 through 210 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 211 through 241 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 242 through 265 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 266 through 391 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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