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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4u8c | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of D(CGCGAATTCGCG)2 complexed with BPH-1409 | ||||||||||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA/ANTIBIOTIC / Antibacterial Agents / Bisamidines / Minor Groove Binders / Models / Molecular / Nucleic Acid Conformation / Oligodeoxyribonucleotides / DNA-ANTIBIOTIC complex | 機能・相同性 | Chem-3F6 / DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.24 Å | データ登録者 | Zhu, W. / Oldfield, E. | 資金援助 | 米国, 1件 |
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015 | タイトル: Antibacterial drug leads: DNA and enzyme multitargeting. 著者: Zhu, W. / Wang, Y. / Li, K. / Gao, J. / Huang, C.H. / Chen, C.C. / Ko, T.P. / Zhang, Y. / Guo, R.T. / Oldfield, E. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4u8c.cif.gz | 28.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4u8c.ent.gz | 16.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4u8c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4u8c_validation.pdf.gz | 608.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4u8c_full_validation.pdf.gz | 612.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4u8c_validation.xml.gz | 4.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4u8c_validation.cif.gz | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/4u8c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/4u8c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 化合物 | ChemComp-3F6 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.68 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.9 詳細: 40 mM sodium cacodylate, pH 6.9, 50 mM Mg(OAc)2, 6 mM spermine-4HCl, 40% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97857 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月17日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.24→50 Å / Num. obs: 18244 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.023 / Net I/av σ(I): 35.586 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 251444 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 436D 解像度: 1.24→17.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 1.573 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 43.77 Å2 / Biso mean: 23.728 Å2 / Biso min: 14.31 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.24→17.07 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.24→1.272 Å / Total num. of bins used: 20
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