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- PDB-4u03: Structure of the vibrio cholerae di-nucleotide cyclase (DncV) in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u03
タイトルStructure of the vibrio cholerae di-nucleotide cyclase (DncV) in complex with GTP and 5MTHFGLU2
要素Cyclic AMP-GMP synthase
キーワードTRANSFERASE / regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


3',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic nucleotide biosynthetic process / negative regulation of chemotaxis / diguanylate cyclase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / defense response to virus / GTP binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Cyclic GMP-AMP synthase DncV-like, nucleotidyltransferase domain / Cyclic GMP-AMP synthase, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-TLL / Cyclic GMP-AMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae El Tor N16961 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.041 Å
データ登録者Zhu, D.Y. / Xiang, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Junior Thousand Talents Program20131770418 中国
NSSFZR2011CQ023 中国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2014
タイトル: Structural Biochemistry of a Vibrio cholerae Dinucleotide Cyclase Reveals Cyclase Activity Regulation by Folates.
著者: Zhu, D. / Wang, L. / Shang, G. / Liu, X. / Zhu, J. / Lu, D. / Wang, L. / Kan, B. / Zhang, J.R. / Xiang, Y.
履歴
登録2014年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22014年10月22日Group: Database references
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic AMP-GMP synthase
B: Cyclic AMP-GMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,01812
ポリマ－97,6512
非ポリマー3,36710
水5,134285
1
A: Cyclic AMP-GMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5096
ポリマ－48,8251
非ポリマー1,6845
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18470 Å2
手法PISA
2
B: Cyclic AMP-GMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5096
ポリマ－48,8251
非ポリマー1,6845
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area17840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.623, 59.846, 104.053
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cyclic AMP-GMP synthase / c-AMP-GMP synthase / Dinucleotide cyclase DncV


分子量: 48825.398 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-419 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae El Tor N16961 (コレラ菌)
遺伝子: dncV, VC_0179 / プラスミド: PET22B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KVG7, cyclic GMP-AMP synthase
#2: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-TLL / N-[4-({[(6S)-2-amino-5-methyl-4-oxo-1,4,5,6,7,8-hexahydropteridin-6-yl]methyl}amino)benzoyl]-L-gamma-glutamyl-L-glutamic acid


分子量: 588.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H32N8O9
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% w/v PEG 3350, 200mM NaCl, 5mM ATP, 5mM GTP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.968 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→103 Å / Num. obs: 54229 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 16.9

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.2_1309) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U0L

4u0l


解像度: 2.041→43.633 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2333 2754 5.08 %
Rwork0.1802 --
obs0.183 54229 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.041→43.633 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6214 0 216 285 6715
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076605
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1438943
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2582551
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07959
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041134
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0407-2.07590.32171210.24322445X-RAY DIFFRACTION95
2.0759-2.11360.30081160.21692608X-RAY DIFFRACTION100
2.1136-2.15430.25861320.20992527X-RAY DIFFRACTION100
2.1543-2.19820.29031480.20852583X-RAY DIFFRACTION100
2.1982-2.2460.2741350.20012569X-RAY DIFFRACTION100
2.246-2.29830.27121310.1982587X-RAY DIFFRACTION100
2.2983-2.35570.25741410.19272556X-RAY DIFFRACTION100
2.3557-2.41940.28681410.19342581X-RAY DIFFRACTION100
2.4194-2.49060.23781320.19132576X-RAY DIFFRACTION100
2.4906-2.5710.26071100.19982599X-RAY DIFFRACTION100
2.571-2.66290.25891340.20492578X-RAY DIFFRACTION100
2.6629-2.76950.27541460.2122578X-RAY DIFFRACTION100
2.7695-2.89550.28381540.20992554X-RAY DIFFRACTION100
2.8955-3.04810.30121480.20752585X-RAY DIFFRACTION100
3.0481-3.2390.23451410.20052570X-RAY DIFFRACTION100
3.239-3.4890.23731500.18372580X-RAY DIFFRACTION100
3.489-3.83990.22881300.16392614X-RAY DIFFRACTION100
3.8399-4.39510.18661440.14382580X-RAY DIFFRACTION100
4.3951-5.53560.16941540.13492608X-RAY DIFFRACTION100
5.5356-43.64290.17771460.15712597X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 64.2877 Å / Origin y: 8.5722 Å / Origin z: 176.361 Å
111213212223313233
T0.2356 Å2-0.0241 Å20.0045 Å2-0.1589 Å20.0037 Å2--0.2522 Å2
L0.1412 °20.0367 °2-0.1003 °2-0.1761 °2-0.148 °2--1.4644 °2
S-0.0081 Å °-0.04 Å °-0.002 Å °0.0135 Å °-0.0272 Å °-0.0485 Å °-0.1495 Å °0.1945 Å °0.0406 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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