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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4tt5 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of CYP119 from Sulfolobus acidocaldarius, complexed with 4-(4-bromophenyl)-1H imidazole | ||||||
要素 | Cytochrome P450 119 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / lactoperoxidase activity / peroxidase / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å | ||||||
データ登録者 | Madrona, Y. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: NMR and X-ray Analysis of CYP119 ligand-dependent conformational changes 著者: Basudhar, D. / Madrona, Y. / Ortiz de Montellano, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4tt5.cif.gz | 97.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4tt5.ent.gz | 72.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4tt5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/4tt5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/4tt5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1f4tS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42924.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性) 株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770 遺伝子: cyp119, Saci_2081 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q55080, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する, peroxidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-36Y / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.16 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.85-1.2 Ammonium Sulfate 80mM Ammonium Acetate pH 4.5 20mM Ammonium Acetate pH 5.6 340mM NaCl 20% Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115869 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月28日 |
放射 | モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.115869 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.18→20 Å / Num. obs: 32672 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 34.9 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 31.12 |
反射 シェル | 解像度: 2.18→2.3 Å / 冗長度: 24.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1F4T 解像度: 2.18→19.857 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.06 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.18→19.857 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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