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万見
- PDB-4ryl: Human Protein Arginine Methyltransferase 3 in complex with 1-isoq... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ryl
タイトルHuman Protein Arginine Methyltransferase 3 in complex with 1-isoquinolin-6-yl-3-[2-oxo-2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl]urea
要素PRMT3 protein
キーワードTRANSFERASE / PRMT3 / SGC707 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-arginine omega-N monomethyltransferase activity / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / Protein methylation / negative regulation of protein ubiquitination / methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines ...protein-arginine omega-N monomethyltransferase activity / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / Protein methylation / negative regulation of protein ubiquitination / methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / ribosome binding / methylation / chromatin remodeling / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Protein arginine N-methyltransferase 3, C2H2 zinc finger domain / Protein arginine N-methyltransferase 3, C2H2 zinc finger / Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. ...: / : / Protein arginine N-methyltransferase 3, C2H2 zinc finger domain / Protein arginine N-methyltransferase 3, C2H2 zinc finger / Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Distorted Sandwich / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3ZG / Protein arginine N-methyltransferase 3 / PRMT3 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Dong, A. / Dobrovetsky, E. / Kaniskan, H.U. / Szewczyk, M. / Yu, Z. / Eram, M.S. / Yang, X. / Schmidt, K. / Luo, X. / Dai, M. ...Dong, A. / Dobrovetsky, E. / Kaniskan, H.U. / Szewczyk, M. / Yu, Z. / Eram, M.S. / Yang, X. / Schmidt, K. / Luo, X. / Dai, M. / He, F. / Zang, I. / Lin, Y. / Kennedy, S. / Li, F. / Tempel, W. / Smil, D. / Min, S.J. / Landon, M. / Lin-Jones, J. / Huang, X.P. / Roth, B.L. / Schapira, M. / Atadja, P. / Barsyte-Lovejoy, D. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Brown, P.J. / Zhao, K. / Jin, J. / Vedadi, M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: A Potent, Selective and Cell-Active Allosteric Inhibitor of Protein Arginine Methyltransferase 3 (PRMT3).
著者: Kaniskan, H.U. / Szewczyk, M.M. / Yu, Z. / Eram, M.S. / Yang, X. / Schmidt, K. / Luo, X. / Dai, M. / He, F. / Zang, I. / Lin, Y. / Kennedy, S. / Li, F. / Dobrovetsky, E. / Dong, A. / Smil, D. ...著者: Kaniskan, H.U. / Szewczyk, M.M. / Yu, Z. / Eram, M.S. / Yang, X. / Schmidt, K. / Luo, X. / Dai, M. / He, F. / Zang, I. / Lin, Y. / Kennedy, S. / Li, F. / Dobrovetsky, E. / Dong, A. / Smil, D. / Min, S.J. / Landon, M. / Lin-Jones, J. / Huang, X.P. / Roth, B.L. / Schapira, M. / Atadja, P. / Barsyte-Lovejoy, D. / Arrowsmith, C.H. / Brown, P.J. / Zhao, K. / Jin, J. / Vedadi, M.
履歴
登録2014年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22015年5月6日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PRMT3 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5804
ポリマ－38,2821
非ポリマー2983
水3,045169
1
A: PRMT3 protein
ヘテロ分子

A: PRMT3 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,1618
ポリマ－76,5642
非ポリマー5976
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area24810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.691, 70.691, 173.559
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 PRMT3 protein


分子量: 38281.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRMT3 / プラスミド: PET28A-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-PRAR2 / 参照: UniProt: Q8WUV3, UniProt: O60678*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-3ZG / 1-isoquinolin-6-yl-3-[2-oxo-2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl]urea / SGC-707


分子量: 298.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H18N4O2
#3: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350 and 0.2 M di Na tartrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 26698 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.9 % / Biso Wilson estimate: 27.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Χ2: 0.946 / Net I/σ(I): 30.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.14150.95113070.763199.9
2.14-2.1814.90.79113070.743199.8
2.18-2.22150.74312970.779199.9
2.22-2.26150.55412911.162199.8
2.26-2.31150.70713030.8221100
2.31-2.37150.4713210.8131100
2.37-2.4215.10.43713010.8131100
2.42-2.49150.40813140.8181100
2.49-2.56150.32413080.821100
2.56-2.6515.10.27313300.8311100
2.65-2.7415.10.2313090.8781100
2.74-2.8515.10.18613380.8761100
2.85-2.9815.10.14313290.8991100
2.98-3.1415.10.11113220.9381100
3.14-3.3315.10.08113381.0041100
3.33-3.59150.06713501.1221100
3.59-3.95150.06113571.3961100
3.95-4.52150.04913681.3081100
4.52-5.714.70.04113971.0931100
5.7-5013.30.03315110.995198.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
JDirectorデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
Coot0.7.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FYT

2fyt


解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.1988 / WRfactor Rwork: 0.16 / FOM work R set: 0.8305 / SU B: 4.026 / SU ML: 0.107 / SU R Cruickshank DPI: 0.1614 / SU Rfree: 0.1556 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2318 818 3.1 %RANDOM
Rwork0.1861 ---
all0.1875 ---
obs-25762 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.2 Å2 / Biso mean: 33.717 Å2 / Biso min: 22.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.69 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.69 Å2-0 Å2
3----1.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2328 0 24 169 2521
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192466
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022360
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3621.9523350
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.73835444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.175315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.35824.3397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.78615434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.681158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2390
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022817
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02545
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9773.2571222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9763.2541220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8364.8651529
LS精密化 シェル解像度: 2.098→2.152 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 51 -
Rwork0.212 1875 -
all-1926 -
obs--99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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