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- PDB-4rdq: Calcium-activated chloride channel bestrophin-1, from chicken, in... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4rdq | ||||||
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Title | Calcium-activated chloride channel bestrophin-1, from chicken, in complex with Fab antibody fragments, chloride and calcium | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSPORT PROTEIN / transmembrane protein / membrane protein / ion channel / calcium-activated chloride channel / CaCC / anion channel / membrane | ||||||
Function / homology | ![]() Stimuli-sensing channels / chloride channel activity / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dickson, V.K. / Pedi, L. / Long, S.B. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure and insights into the function of a Ca(2+)-activated Cl(-) channel. Authors: Kane Dickson, V. / Pedi, L. / Long, S.B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 135.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 177.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 5 molecules ABCDE
#1: Protein | Mass: 47614.344 Da / Num. of mol.: 5 / Fragment: UNP residues 2-405 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Antibody , 2 types, 10 molecules FHJLNGIKMO
#2: Antibody | Mass: 23339.707 Da / Num. of mol.: 5 / Source method: isolated from a natural source / Details: antibody secreted from hybridoma cells / Source: (natural) ![]() ![]() #3: Antibody | Mass: 23638.525 Da / Num. of mol.: 5 / Source method: isolated from a natural source / Details: antibody secreted from hybridoma cells / Source: (natural) ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 45 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/C6N.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/C6N.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Chemical | ChemComp-CA / #7: Chemical | ChemComp-K / #8: Chemical | ChemComp-C6N / #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.36 Å3/Da / Density % sol: 71.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4 Details: 5% PEG 4000, 75 mM KCl, 75 mM NaCl, 50 mM sodium acetate pH 4.0, 20% glycerol, 0.5 mM Cymal-6-NG (detergent), 10 mM Tris-HCl pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 19, 2013 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.85→40 Å / Num. obs: 188162 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 61.1 Å2 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 14.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.85→2.95 Å / Redundancy: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 18682 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.85→39.891 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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