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万見
- PDB-4qqn: Protein arginine methyltransferase 3 in complex with compound MTV... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qqn
タイトルProtein arginine methyltransferase 3 in complex with compound MTV044246
要素PRMT3 protein
キーワードTRANSFERASE / PRMT3 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Epigenetics
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-arginine omega-N monomethyltransferase activity / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / Protein methylation / negative regulation of protein ubiquitination / methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines ...protein-arginine omega-N monomethyltransferase activity / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / Protein methylation / negative regulation of protein ubiquitination / methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / ribosome binding / methylation / chromatin remodeling / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Protein arginine N-methyltransferase 3, C2H2 zinc finger domain / Protein arginine N-methyltransferase 3, C2H2 zinc finger / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. ...: / : / Protein arginine N-methyltransferase 3, C2H2 zinc finger domain / Protein arginine N-methyltransferase 3, C2H2 zinc finger / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Distorted Sandwich / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3BQ / Protein arginine N-methyltransferase 3 / PRMT3 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Dong, A. / Dobrovetsky, E. / Tempel, W. / He, H. / Zhao, K. / Smil, D. / Landon, M. / Luo, X. / Chen, Z. / Dai, M. ...Dong, A. / Dobrovetsky, E. / Tempel, W. / He, H. / Zhao, K. / Smil, D. / Landon, M. / Luo, X. / Chen, Z. / Dai, M. / Yu, Z. / Lin, Y. / Zhang, H. / Zhao, K. / Schapira, M. / Brown, P.J. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Vedadi, M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Discovery of Potent and Selective Allosteric Inhibitors of Protein Arginine Methyltransferase 3 (PRMT3).
著者: Kaniskan, H.U. / Eram, M.S. / Zhao, K. / Szewczyk, M.M. / Yang, X. / Schmidt, K. / Luo, X. / Xiao, S. / Dai, M. / He, F. / Zang, I. / Lin, Y. / Li, F. / Dobrovetsky, E. / Smil, D. / Min, S.J. ...著者: Kaniskan, H.U. / Eram, M.S. / Zhao, K. / Szewczyk, M.M. / Yang, X. / Schmidt, K. / Luo, X. / Xiao, S. / Dai, M. / He, F. / Zang, I. / Lin, Y. / Li, F. / Dobrovetsky, E. / Smil, D. / Min, S.J. / Lin-Jones, J. / Schapira, M. / Atadja, P. / Li, E. / Barsyte-Lovejoy, D. / Arrowsmith, C.H. / Brown, P.J. / Liu, F. / Yu, Z. / Vedadi, M. / Jin, J.
履歴
登録2014年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PRMT3 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,73616
ポリマ－38,2821
非ポリマー45415
水2,810156
1
A: PRMT3 protein
ヘテロ分子

A: PRMT3 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,47232
ポリマ－76,5642
非ポリマー90830
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area4070 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area25030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.319, 70.319, 172.918
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 PRMT3 protein


分子量: 38281.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRMT3 / プラスミド: pET28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-codon plus RIL(Stratagen) / 参照: UniProt: Q8WUV3, UniProt: O60678*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 171分子

#2: 化合物 ChemComp-3BQ / 1-{2-[1-(aminomethyl)cyclohexyl]ethyl}-3-isoquinolin-6-ylurea


分子量: 326.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H26N4O
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 12 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 4000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris HCL pH8.5, vapor diffusion hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97904 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97904 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 27071 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 30.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.035 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.08-2.124.40.70413030.826199.9
2.12-2.155.20.7113240.8171100
2.15-2.25.60.53513290.8291100
2.2-2.246.20.47113050.8221100
2.24-2.296.40.44413380.8591100
2.29-2.346.40.37413300.8561100
2.34-2.46.40.32113110.8611100
2.4-2.476.40.30313390.841100
2.47-2.546.40.25113450.8631100
2.54-2.626.40.20613390.8951100
2.62-2.716.40.17213380.9371100
2.71-2.826.30.13613360.9391100
2.82-2.956.30.11513400.9551100
2.95-3.116.30.07913490.9651100
3.11-3.36.30.06113511.0271100
3.3-3.566.20.04913741.1311100
3.56-3.916.10.04513821.3951100
3.91-4.4860.04613792.0811100
4.48-5.645.80.03814181.7071100
5.64-505.50.02515410.984199.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP11.1.03位相決定
Coot0.7.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4HSG

4hsg


解像度: 2.08→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.614 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2116 858 3.2 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.1839 26987 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 75.44 Å2 / Biso mean: 33.67 Å2 / Biso min: 21.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.06 Å2-0 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2328 0 43 156 2527
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192461
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022369
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2311.9543343
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7235470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8185311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.37724.58396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.75115430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.776157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2390
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022778
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02535
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6743.2231213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6743.2241214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5244.8141515
LS精密化 シェル解像度: 2.078→2.132 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 64 -
Rwork0.246 1878 -
all-1942 -
obs--99.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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