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万見
- PDB-4qjr: Crystal structure of human nuclear receptor sf-1 (nr5a1) bound to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qjr
タイトルCrystal structure of human nuclear receptor sf-1 (nr5a1) bound to its hormone pip3 at 2.4 a resolution
要素
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
  • Steroidogenic factor 1
キーワードTRANSCRIPTION FACTOR/HORMONE / NUCLEAR HORMONE RECEPTOR / NR5A1 / SF-1 LIGAND BINDINGNUCLEAR DOMAIN / REGULATORY LIGANDS / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY / PARTNERSHIP FOR STEM CELL BIOLOGY / PIP3 / PIP2 / NUCLEUS / NUCLEAR PHOSPHATIDYLINOSITOL PHOSPHATES / TRANSCRIPTION FACTOR-HORMONE complex / STEMCELL
機能・相同性
機能・相同性情報


primary sex determination / Sertoli cell differentiation / negative regulation of female gonad development / sex determination / regulation of steroid biosynthetic process / positive regulation of male gonad development / Transcriptional regulation of testis differentiation / luteinization / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / tissue development ...primary sex determination / Sertoli cell differentiation / negative regulation of female gonad development / sex determination / regulation of steroid biosynthetic process / positive regulation of male gonad development / Transcriptional regulation of testis differentiation / luteinization / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / tissue development / positive regulation of fatty acid oxidation / Leydig cell differentiation / : / male sex determination / maintenance of protein location in nucleus / hormone metabolic process / lncRNA binding / response to muscle activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / cellular respiration / temperature homeostasis / adrenal gland development / female gonad development / intracellular glucose homeostasis / response to starvation / fatty acid oxidation / response to dietary excess / adipose tissue development / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / energy homeostasis / brown fat cell differentiation / positive regulation of gluconeogenesis / digestion / hormone-mediated signaling pathway / respiratory electron transport chain / mitochondrion organization / RNA splicing / SUMOylation of transcription cofactors / nuclear receptor coactivator activity / transcription coregulator binding / gluconeogenesis / nuclear receptor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription coregulator activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / SUMOylation of intracellular receptors / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / regulation of circadian rhythm / PPARA activates gene expression / chromatin DNA binding / mRNA processing / phospholipid binding / PML body / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / Regulation of RUNX2 expression and activity / nuclear receptor activity / male gonad development / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to oxidative stress / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription factor binding / neuron apoptotic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of neuron apoptotic process / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / protein stabilization / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Nuclear hormone receptor family 5 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily ...PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Nuclear hormone receptor family 5 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-PIZ / Steroidogenic factor 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Partnership for Stem Cell Biology (STEMCELL)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: The signaling phospholipid PIP3 creates a new interaction surface on the nuclear receptor SF-1.
著者: Blind, R.D. / Sablin, E.P. / Kuchenbecker, K.M. / Chiu, H.J. / Deacon, A.M. / Das, D. / Fletterick, R.J. / Ingraham, H.A.
履歴
登録2014年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月12日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steroidogenic factor 1
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5965
ポリマ－29,4272
非ポリマー1,1693
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.850, 74.850, 139.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-502-

ACT

21A-502-

ACT

31A-690-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Steroidogenic factor 1 / SF-1 / STF-1 / Adrenal 4-binding protein / Fushi tarazu factor homolog 1 / Nuclear receptor ...SF-1 / STF-1 / Adrenal 4-binding protein / Fushi tarazu factor homolog 1 / Nuclear receptor subfamily 5 group A member 1 / Steroid hormone receptor Ad4BP


分子量: 27903.406 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 218-461 / 変異: C247S, C412S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AD4BP, FTZF1, NR5A1, RC2003B, SF1 / プラスミド: pBH4 / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13285
#2: タンパク質・ペプチド Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha / PGC-1-alpha / PPAR-gamma coactivator 1-alpha / PPARGC-1-alpha / Ligand effect modulator 6


分子量: 1523.854 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 139-152 / 由来タイプ: 合成
詳細: PGC-1ALPHA (PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR GAMMA CO-ACTIVATOR-1ALPHA) PEPTIDE CONTAINING RESIDUES 139-EEPSLLKKLLLAPA-152
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBK2
#3: 化合物 ChemComp-PIZ / (2S)-3-{[(R)-{[(1S,2S,3R,4S,5S,6S)-2,6-dihydroxy-3,4,5-tris(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}propane -1,2-diyl dihexadecanoate / PI(3,4,5)P3 dipalmitoyl (16:0, 16:0) / D-myo-イノシト-ル1-[りん酸(S)-2,3-ビス(パルミトイルオキシ)プロピル]3,4,5-トリスりん酸


分子量: 1050.972 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82O22P4
詳細: SMILES string: CCCCCCCCCCCCCCCC(=O)OCC(CO[P](O)(=O)OC1C(O)C (O[P](O)(O)=O)C(O[P](O)(O)=O)C(O[P](O)(O)=O)C1O)OC(=O)CCCCCCCCCCCCCCC
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SF-1 (UNIPROT Q13285, NR5A1_HUMAN, STF1_HUMAN) LIGAND BINDING DOMAIN (LBD) WAS EXPRESSED WITH AN N- ...SF-1 (UNIPROT Q13285, NR5A1_HUMAN, STF1_HUMAN) LIGAND BINDING DOMAIN (LBD) WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY AMINO ACID RESIDUES 218-461 OF THE TARGET SEQUENCE. RESIDUES C247 AND C412 IN THIS SF-1 CONSTRUCT WERE MUTATED TO S247 AND S412. PEPTIDE CORRESPONDING TO THE PGC-1ALPHA (PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR GAMMA CO-ACTIVATOR-1ALPHA) RESIDUES 139-EEPSLLKKLLLAPA-152 WAS CO-CRYSTALLIZED WITH THE SF-1 LBD

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.98 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% PEG 8K, 0.025M MGOAC, 30% GLYCEROL, 0.067MM PIP3, 0.80MM 14MER EEPSLLKKLLLAPA, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月2日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→29.165 Å / Num. all: 16205 / Num. obs: 16205 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.9 % / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.4-2.468.90.711.11012011360.7198.5
2.46-2.5311.80.6061.31347011460.60699.6
2.53-2.612.10.4131.91345011100.41399.7
2.6-2.68120.3562.21292710750.35699.8
2.68-2.7712.60.25331334010570.25399.7
2.77-2.8712.30.1873.91248910180.18799.9
2.87-2.98110.1365.2107799840.136100
2.98-3.112.70.1155.9120479450.115100
3.1-3.2412.90.0926.9118739220.092100
3.24-3.3912.90.0757.7113698820.075100
3.39-3.5812.60.0658.7106798450.065100
3.58-3.7911.60.05410.691187890.05499.8
3.79-4.0611.90.0511.787127340.0598.7
4.06-4.3813.30.04512.694797150.045100
4.38-4.812.70.0414.582406510.04100
4.8-5.3711.70.03815.470836050.038100
5.37-6.211.10.03816.159665370.03899.9
6.2-7.5912.10.03715.956434670.03799.9
7.59-10.7310.70.02718.139763700.02799.6
10.73-29.16510.40.0261522642170.02694.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
PHENIX1.8.2_1309精密化
SCALA3.3.20データスケーリング
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1YOW

1yow


解像度: 2.4→29.165 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / SU ML: 0.24 / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 26.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2296 803 4.99 %
Rwork0.1895 --
obs0.1914 16099 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 148.66 Å2 / Biso mean: 76.3499 Å2 / Biso min: 34.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.165 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2038 0 75 117 2230
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022222
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5893021
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04351
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002380
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.036925
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4001-2.55030.26371300.23852461259199
2.5503-2.7470.26781290.21172495262499
2.747-3.0230.24341330.214225182651100
3.023-3.45940.30651340.215525342668100
3.4594-4.35460.23081350.19142564269999
4.3546-24.74670.20181420.17327242866100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5078-0.93350.21231.9678-0.61142.07880.09890.1923-0.22870.0035-0.0720.12220.34810.042200.5098-0.139-0.03960.333-0.06950.4013-19.772727.9725-3.3137
20.1430.095-0.04080.0529-0.04230.02250.1380.2865-0.3304-0.12630.06590.28410.19890.02690.19580.6688-0.6059-0.36330.6082-0.07591.5518-35.946818.6027-8.7738
30.06090.00370.06050.03510.02880.0385-0.38370.23090.51910.09320.05590.6417-1.2718-0.185400.8711-0.0814-0.03470.50940.04510.6006-23.52544.9193-11.872
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resseq 218:461)A218 - 461
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and (resseq 141:152)B141 - 152
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resseq 501:501)A501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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