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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pin | ||||||
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タイトル | Ergothioneine-biosynthetic methyltransferase EgtD in complex with N,N-dimethylhistidine | ||||||
要素 | Histidine-specific methyltransferase EgtD | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / methyltransferase / ergothioneine / histidine betaine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / L-histidine Nalpha-methyltransferase / : / ergothioneine biosynthesis from histidine via gamma-glutamyl-hercynylcysteine sulfoxide / protein methyltransferase activity / methylation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium smegmatis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Vit, A. / Seebeck, F.P. / Blankenfeldt, W. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015 タイトル: Ergothioneine Biosynthetic Methyltransferase EgtD Reveals the Structural Basis of Aromatic Amino Acid Betaine Biosynthesis. 著者: Vit, A. / Misson, L. / Blankenfeldt, W. / Seebeck, F.P. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of the ergothioneine-biosynthetic methyltransferase EgtD. 著者: Vit, A. / Misson, L. / Blankenfeldt, W. / Seebeck, F.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4pin.cif.gz | 373.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4pin.ent.gz | 310.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4pin.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4pin_validation.pdf.gz | 458.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4pin_full_validation.pdf.gz | 460.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4pin_validation.xml.gz | 30.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4pin_validation.cif.gz | 47.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/4pin ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/4pin | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35282.695 Da / 分子数: 2 / 変異: T2A, A29T, P30Q, A75S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: ATCC 607 / 遺伝子: egtD, MSMEG_6247, MSMEI_6086 / プラスミド: pET19m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0R5M8, L-histidine Nalpha-methyltransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.19 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 1.6 M sodium phosphate, 0.4 M dipotassium phosphate, 0.1 M sodium phosphate citrate, pH 4.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月30日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→49.778 Å / Num. all: 59396 / Num. obs: 59396 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 23.07 Å2 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.105 / Rsym value: 0.094 / Net I/av σ(I): 7.024 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 294015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 4PIM 解像度: 1.9→49.778 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.26 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 75.05 Å2 / Biso mean: 31.5467 Å2 / Biso min: 14.82 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→49.778 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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