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Yorodumi- PDB-4pin: Ergothioneine-biosynthetic methyltransferase EgtD in complex with... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4pin | ||||||
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Title | Ergothioneine-biosynthetic methyltransferase EgtD in complex with N,N-dimethylhistidine | ||||||
Components | Histidine-specific methyltransferase EgtD | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / methyltransferase / ergothioneine / histidine betaine | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / L-histidine Nalpha-methyltransferase / : / ergothioneine biosynthesis from histidine via gamma-glutamyl-hercynylcysteine sulfoxide / protein methyltransferase activity / methylation Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium smegmatis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Vit, A. / Seebeck, F.P. / Blankenfeldt, W. | ||||||
Funding support | Switzerland, 1items
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Citation | Journal: Chembiochem / Year: 2015 Title: Ergothioneine Biosynthetic Methyltransferase EgtD Reveals the Structural Basis of Aromatic Amino Acid Betaine Biosynthesis. Authors: Vit, A. / Misson, L. / Blankenfeldt, W. / Seebeck, F.P. #1: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2014 Title: Crystallization and preliminary X-ray analysis of the ergothioneine-biosynthetic methyltransferase EgtD. Authors: Vit, A. / Misson, L. / Blankenfeldt, W. / Seebeck, F.P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4pin.cif.gz | 373.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4pin.ent.gz | 310.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4pin.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4pin_validation.pdf.gz | 458.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4pin_full_validation.pdf.gz | 460.2 KB | Display | |
Data in XML | 4pin_validation.xml.gz | 30.9 KB | Display | |
Data in CIF | 4pin_validation.cif.gz | 47.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/4pin ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/4pin | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4pimSC 4pioC 4pipC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35282.695 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: T2A, A29T, P30Q, A75S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium smegmatis (bacteria) / Strain: ATCC 607 / Gene: egtD, MSMEG_6247, MSMEI_6086 / Plasmid: pET19m / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: A0R5M8, L-histidine Nalpha-methyltransferase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.2 Details: 1.6 M sodium phosphate, 0.4 M dipotassium phosphate, 0.1 M sodium phosphate citrate, pH 4.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: May 30, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→49.778 Å / Num. all: 59396 / Num. obs: 59396 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 23.07 Å2 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.105 / Rsym value: 0.094 / Net I/av σ(I): 7.024 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 294015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 4PIM Resolution: 1.9→49.778 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.26 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 75.05 Å2 / Biso mean: 31.5467 Å2 / Biso min: 14.82 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→49.778 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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