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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ph7 | |||||||||
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タイトル | Structure of Osh6p in complex with phosphatidylinositol 4-phosphate | |||||||||
要素 | Oxysterol-binding protein homolog 6 | |||||||||
キーワード | LIPID TRANSPORT / Transport Protein / Osh proteins Phosphatidylinositol Phosphate Lipid transport | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / Acyl chain remodelling of PS / Synthesis of bile acids and bile salts / sterol transfer activity / sterol homeostasis / sterol transport / sterol binding / phospholipid transporter activity / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / cortical endoplasmic reticulum ...: / Acyl chain remodelling of PS / Synthesis of bile acids and bile salts / sterol transfer activity / sterol homeostasis / sterol transport / sterol binding / phospholipid transporter activity / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / cortical endoplasmic reticulum / sterol metabolic process / maintenance of cell polarity / phosphatidic acid binding / phospholipid transport / piecemeal microautophagy of the nucleus / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / phosphatidylserine binding / exocytosis / endocytosis / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å | |||||||||
データ登録者 | Delfosse, V. / Moser von Filseck, J. / Antonny, B. / Bourguet, W. / Drin, G. | |||||||||
資金援助 | フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2015 タイトル: INTRACELLULAR TRANSPORT. Phosphatidylserine transport by ORP/Osh proteins is driven by phosphatidylinositol 4-phosphate. 著者: Moser von Filseck, J. / Copic, A. / Delfosse, V. / Vanni, S. / Jackson, C.L. / Bourguet, W. / Drin, G. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ph7.cif.gz | 341.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ph7.ent.gz | 273.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ph7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ph7_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ph7_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4ph7_validation.xml.gz | 62.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ph7_validation.cif.gz | 85.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/4ph7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/4ph7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4b2zS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51809.020 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: OSH6, YKR003W, YK102 / プラスミド: pGEX-4T-3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02201 #2: 化合物 | ChemComp-2Y5 / ( #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.98 % / 解説: Needles Urchins |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 200 mM Ammonium Acetate, 100 mM BisTris, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97298 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97298 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→48.56 Å / Num. obs: 77182 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 36.8 Å2 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 15.65 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.69 Å / 冗長度: 8.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.95 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4B2Z 解像度: 2.55→48.562 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 23.62 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→48.562 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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