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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pdq
タイトルCrystal structure of the bacterial ribosomal decoding site in complex with 4'-deoxy-4'-fluoro neomycin analog
要素RNA (5'-*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C-3')
キーワードRNA/ANTIBIOTIC / ribosome / aminoglycoside / RNA-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性Chem-NMZ / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Hanessian, S. / Saavedra, O.M. / Vilchis-Reyes, M.A. / Maianti, J.P. / Kanazawa, H. / Dozzo, P. / Feeney, L.A. / Armstrong, E.S. / Kondo, J.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2014
タイトル: Synthesis, broad spectrum antibacterial activity, and X-ray co-crystal structure of the decoding bacterial ribosomal A-site with 4'-deoxy-4'-fluoro neomycin analogs
著者: Hanessian, S. / Saavedra, O.M. / Vilchis-Reyes, M.A. / Maianti, J.P. / Kanazawa, H. / Dozzo, P. / Matias, R.D. / Serio, A. / Kondo, J.
履歴
登録2014年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年1月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C-3')
B: RNA (5'-*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5075
ポリマ－14,7412
非ポリマー7663
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2610 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area8560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.657, 103.657, 44.572
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C-3')


分子量: 7370.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NMZ / (2S)-4-amino-N-{(1R,2S,3R,4R,5S)-5-amino-3-{[3-O-(2,6-diamino-2,6-dideoxy-beta-L-idopyranosyl)-beta-D-ribofuranosyl]oxy }-4-[(2,6-diamino-2,4,6-trideoxy-4-fluoro-alpha-D-galactopyranosyl)oxy]-2-hydroxycyclohexyl}-2-hydroxybutanamide / 1-N-[(S)-4-Amino-2-hydroxybutanoyl]-4'-deoxy-4'-fluoro-4'-epineomycin


分子量: 717.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H52FN7O14
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Sodium cacodylate, MgCl2, MPD, Spermine tetrahydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→19.6 Å / Num. obs: 3522 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.6 % / Net I/σ(I): 12.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→19.6 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 355 9.9 %
Rwork0.195 --
obs0.195 3522 98.4 %
溶媒の処理Bsol: 59.88 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 76.3504 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.052 Å20 Å20 Å2
2--1.052 Å20 Å2
3----2.104 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 974 51 1 1026
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it01.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it02
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.6922
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.7222.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.11 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 37 -
Rwork0.3192 322 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1DNA-RNA_FREE.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4GET_XPLOR.PARAM
X-RAY DIFFRACTION5174.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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