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- PDB-4pd4: Structural analysis of atovaquone-inhibited cytochrome bc1 comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pd4
タイトルStructural analysis of atovaquone-inhibited cytochrome bc1 complex reveals the molecular basis of antimalarial drug action
要素
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit ...) x 7
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
  • Ig kappa chain V-V region HP 124E1
  • Igh protein
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / Cytochrome bc1 complex / Membrane protein complex / antimalarial drug / inhibitor / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex III assembly / : / matrix side of mitochondrial inner membrane / : / Respiratory electron transport / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / cellular respiration / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase ...Complex III assembly / : / matrix side of mitochondrial inner membrane / : / Respiratory electron transport / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / cellular respiration / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / immunoglobulin complex / proton transmembrane transport / nuclear periphery / aerobic respiration / metalloendopeptidase activity / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / adaptive immune response / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / immune response / heme binding / mitochondrion / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 ...Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / : / 3-layer Sandwich / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / : / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Helix Hairpins / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / Chem-AOQ / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-UQ6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b / Ig kappa chain V-V region HP 124E1 ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / Chem-AOQ / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-UQ6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b / Ig kappa chain V-V region HP 124E1 / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial / Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Birth, D. / Kao, W.-C. / Hunte, C.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)CRC 746, CRC 992 ドイツ
Excellence Initiative of the German Federal and State GovernmentsEXC 294 BIOSS ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Structural analysis of atovaquone-inhibited cytochrome bc1 complex reveals the molecular basis of antimalarial drug action.
著者: Birth, D. / Kao, W.C. / Hunte, C.
履歴
登録2014年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Database references
改定 1.22014年12月24日Group: Database references
改定 1.32016年4月20日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年11月22日Group: Advisory / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_site
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
B: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
C: Cytochrome b
D: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
E: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
F: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
G: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
H: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
I: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
J: Igh protein
K: Ig kappa chain V-V region HP 124E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,15022
ポリマ－244,80511
非ポリマー6,34511
水00
1
A: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
B: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
C: Cytochrome b
D: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
E: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
F: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
G: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
H: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
I: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
J: Igh protein
K: Ig kappa chain V-V region HP 124E1
ヘテロ分子

A: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
B: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
C: Cytochrome b
D: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
E: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
F: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
G: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
H: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
I: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
J: Igh protein
K: Ig kappa chain V-V region HP 124E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)502,30044
ポリマ－489,61122
非ポリマー12,68922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
Buried area97160 Å2
ΔGint-744 kcal/mol
Surface area151430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)212.260, 150.880, 143.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.180, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 7種, 7分子 ABEFGHI

#1: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Complex III subunit 1 / Core protein I / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 1


分子量: 47445.242 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-457 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P07256
#2: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Complex III subunit 2 / Core protein II / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2


分子量: 38751.918 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 17-368 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P07257
#5: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Complex III subunit 5 / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron- ...Complex III subunit 5 / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit


分子量: 20122.955 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 31-215 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P08067, quinol-cytochrome-c reductase
#6: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Complex III subunit 6 / Complex III subunit VI / Cytochrome c1 non-heme 17 kDa protein / ...Complex III subunit 6 / Complex III subunit VI / Cytochrome c1 non-heme 17 kDa protein / Mitochondrial hinge protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 17 kDa protein


分子量: 8854.792 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 74-147 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P00127
#7: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Complex III subunit 7 / Complex III subunit VII / Ubiquinol-cytochrome c reductase c reductase ...Complex III subunit 7 / Complex III subunit VII / Ubiquinol-cytochrome c reductase c reductase complex 14 kDa protein


分子量: 14452.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P00128
#8: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Complex III subunit 8 / Complex III subunit VII / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 11 kDa ...Complex III subunit 8 / Complex III subunit VII / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 11 kDa protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C


分子量: 10856.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P08525
#9: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Complex III subunit 9 / Complex III subunit X / Cytochrome c1 non-heme 7.3 kDa protein / Ubiquinol- ...Complex III subunit 9 / Complex III subunit X / Cytochrome c1 non-heme 7.3 kDa protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.3 kDa protein


分子量: 6535.484 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-58 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22289

-
タンパク質 , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 Cytochrome b / Complex III subunit 3 / Complex III subunit CYTB / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 ...Complex III subunit 3 / Complex III subunit CYTB / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Cytochrome b-c1 complex subunit CYTB / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome b subunit


分子量: 43686.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P00163
#4: タンパク質 Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Complex III subunit 4 / Complex III subunit IV / Cytochrome b-c1 complex subunit 4 / Ubiquinol- ...Complex III subunit 4 / Complex III subunit IV / Cytochrome b-c1 complex subunit 4 / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome c1 subunit / Cytochrome c-1


分子量: 27807.395 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 62-309 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P07143

-
抗体 , 2種, 2分子 JK

#10: 抗体 Igh protein


分子量: 14365.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Igh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53VQ5*PLUS
#11: 抗体 Ig kappa chain V-V region HP 124E1


分子量: 11926.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01647*PLUS

-
非ポリマー , 7種, 11分子

#12: 化合物 ChemComp-UMQ / UNDECYL-MALTOSIDE / UNDECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / ウンデシルβ-マルトシド


分子量: 496.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H44O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#13: 化合物 ChemComp-3PH / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / PHOSPHATIDIC ACID / ジステアロイルホスファチジン酸


分子量: 704.998 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H77O8P
#14: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#15: 化合物 ChemComp-AOQ / 2-[trans-4-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione / Atovaquone / アトバコン


分子量: 366.837 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H19ClO3 / コメント: 薬剤*YM
#16: 化合物 ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#17: 化合物 ChemComp-UQ6 / 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL


分子量: 592.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H60O4
#18: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.96 %
結晶化温度: 277.2 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: polyethylene glycol 4000, DMSO, Sucrose, Potassium phosphate, n-undecyl-?-D-maltopyranoside, atovaquone

-
データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.04→25 Å / Num. obs: 77221 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 97.24 Å2 / Net I/σ(I): 15.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.04 Å24.9 Å
Translation3.04 Å24.9 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
PHASERphenix: 1.8_1069位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
Coot0.6.2モデル構築
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.04→24.989 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.2 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Author states that the structure was determined by molecular replacement and used the high-resolution structure of yeast cyt bc1 complex (pdb 3cx5) as basis for refinement. Quality of x-ray ...詳細: Author states that the structure was determined by molecular replacement and used the high-resolution structure of yeast cyt bc1 complex (pdb 3cx5) as basis for refinement. Quality of x-ray diffraction data for the new structure is limited and some poorly resolved loops were set to zero occupancy. The large complex covers a wide range of B-factors, with the highest in the matrix core subunits (chains A and B) and the lowest in the membrane integral subunit cytochrome b (chain C). In former structures obtained at room-temperature , such as 2KB9 at 2.3 angstrom, B factors range from above140 for chain A to below 30 for chain C. In this structure, the overall B-factors are lower but cover a similar range with very low up to zero B factors in the best ordered regions.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2966 2005 2.6 %
Rwork0.2683 75090 -
obs0.2691 77095 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.91 Å2 / Biso mean: 45.1046 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.04→24.989 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17279 0 367 0 17646
Biso mean--16.15 --
残基数----2147
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01118113
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.47224609
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092679
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063113
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9416565
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.04-3.11590.45371430.41575390553399
3.1159-3.20.3741420.37095330547299
3.2-3.2940.38071430.35145305544898
3.294-3.40.36571420.33035353549598
3.4-3.52120.44761410.3655300544197
3.5212-3.66180.42641400.37735217535797
3.6618-3.82790.39061440.3325394553899
3.8279-4.02890.34291400.30045244538497
4.0289-4.28020.32041410.28815285542698
4.2802-4.60870.27111450.25665433557899
4.6087-5.0690.29951440.24225368551299
5.069-5.79460.25641450.242954435588100
5.7946-7.27060.23581460.250254835629100
7.2706-24.99010.2291490.198855455694100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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