温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: 1 ?L protein solution (2.8 mg/ml protein, 50 mM Tris buffer pH 8, 200 mM sodium chloride, 2 mM dithiothreitol, 1 mM anthraquinone-2,6-disulfonic acid disodium salt, 7.5 mM GTP) and 0.4 ?L ...詳細: 1 ?L protein solution (2.8 mg/ml protein, 50 mM Tris buffer pH 8, 200 mM sodium chloride, 2 mM dithiothreitol, 1 mM anthraquinone-2,6-disulfonic acid disodium salt, 7.5 mM GTP) and 0.4 ?L well solution (1.5 M sodium formate, 100 mM sodium citrate buffer pH 4.7, 10 mM dithiothreitol) was suspended over 1 mL of well solution. The crystals were transferred to a soaking solution (3.25 M sodium formate, 100 mM sodium citrate buffer pH 4.7) containing 1 mM VRT-0928787. Crystals were incubated approximately 15 hours t room temperature, and then transferred to a cryo-preservative solution (soaking solution with 25 % v/v glycerol) prior to freezing in liquid nitrogen.
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データ収集
回折
平均測定温度: 100 K
放射光源
由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器
タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月30日
放射
モノクロメーター: 0.9774 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.52→26.57 Å / Num. obs: 13202 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル
解像度: 2.52→2.8 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.388 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 98.8
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
BUSTER
精密化
PDB_EXTRACT
3.14
データ抽出
REFMAC
5.5.0109
精密化
精密化
構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.52→25.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9462 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9169 / SU R Cruickshank DPI: 0.388 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.389 / SU Rfree Blow DPI: 0.261 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.264 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD