[日本語] English
万見
- PDB-4p10: pro-carboxypeptidase U In Complex With 5-(3-aminopropyl)-1-propyl... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p10
タイトルpro-carboxypeptidase U In Complex With 5-(3-aminopropyl)-1-propyl-6,7-dihydro-4H-benzimidazole-5-carboxylic acid
要素Carboxypeptidase B2
キーワードHYDROLASE / inhibitor / drug discovery
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxypeptidase U / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / negative regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of plasminogen activation / metallocarboxypeptidase activity / negative regulation of fibrinolysis / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / fibrinolysis / Regulation of Complement cascade / liver regeneration ...carboxypeptidase U / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / negative regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of plasminogen activation / metallocarboxypeptidase activity / negative regulation of fibrinolysis / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / fibrinolysis / Regulation of Complement cascade / liver regeneration / cellular response to glucose stimulus / protein catabolic process / blood coagulation / response to xenobiotic stimulus / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Carboxypeptidase B2 / Metallocarboxypeptidase-like / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zn_pept / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zinc carboxypeptidase / Zn peptidases ...Carboxypeptidase B2 / Metallocarboxypeptidase-like / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zn_pept / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zinc carboxypeptidase / Zn peptidases / Aminopeptidase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2B8 / Carboxypeptidase B2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hallberg, K. / Sjogren, T.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Design and synthesis of conformationally restricted inhibitors of active thrombin activatable fibrinolysis inhibitor (TAFIa).
著者: Brink, M. / Dahlen, A. / Olsson, T. / Polla, M. / Svensson, T.
履歴
登録2014年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / diffrn_radiation_wavelength ...chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Carboxypeptidase B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0095
ポリマ－46,3791
非ポリマー6304
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area540 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area16160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.576, 49.243, 95.048
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Carboxypeptidase B2 / Carboxypeptidase U / CPU / Plasma carboxypeptidase B / pCPB / Thrombin-activable fibrinolysis inhibitor / TAFI


分子量: 46379.387 Da / 分子数: 1 / 変異: H355Y, H357Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPB2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96IY4, carboxypeptidase U
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 161分子

#2: 化合物 ChemComp-2B8 / (5R)-5-(3-aminopropyl)-1-propyl-4,5,6,7-tetrahydro-1H-benzimidazole-5-carboxylic acid / (5R)-1-プロピル-5-(3-アミノプロピル)-4,5,6,7-テトラヒドロ-1H-ベンゾイミダゾ-ル-5-カルボ(以下略)


分子量: 265.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H23N3O2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystallisation was done using the hanging drop method equilibrating over a well solution containing 10% (w/v) PEG20k, 2% dioxane and 0.1M bicine pH 9.0. Crystals were then soaked in well ...詳細: Crystallisation was done using the hanging drop method equilibrating over a well solution containing 10% (w/v) PEG20k, 2% dioxane and 0.1M bicine pH 9.0. Crystals were then soaked in well solution supplemented with 1 mM compound

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 30908 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.1 % / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZG7

1zg7


解像度: 2→94.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 4.016 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21812 1547 5 %RANDOM
Rwork0.18398 ---
obs0.18572 29202 98.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.115 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.66 Å2-0 Å20.51 Å2
2--3.79 Å2-0 Å2
3----2.17 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→94.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3254 0 38 158 3450
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0193383
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023115
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7411.9434601
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9237151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4195401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.9223.585159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.16815552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5831519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2498
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023812
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02823
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1332.5561607
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1312.5551606
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9253.8252007
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9243.8272008
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6772.7941776
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6772.7941776
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.794.0992595
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.92721.0314074
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.86520.954033
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.003→2.055 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 111 -
Rwork0.235 2129 -
obs--97.52 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る