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- PDB-4o9r: Human Smoothened Receptor structure in complex with cyclopamine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o9r
タイトルHuman Smoothened Receptor structure in complex with cyclopamine
要素Smoothened homolog/Soluble cytochrome b562 chimeric protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / serial femtosecond crystallography / human SMO receptor / cyclopamine / novel protein engineering / GPCR network / PSI-Biology / free electron laser / Structural Genomics / membrane protein / XFEL / LCP / room temperature structure / GPCR / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


ventral midline determination / mesenchymal to epithelial transition involved in metanephric renal vesicle formation / regulation of heart morphogenesis / contact inhibition / negative regulation of hair follicle development / central nervous system neuron differentiation / 9+0 non-motile cilium / pancreas morphogenesis / regulation of somatic stem cell population maintenance / epithelial-mesenchymal cell signaling ...ventral midline determination / mesenchymal to epithelial transition involved in metanephric renal vesicle formation / regulation of heart morphogenesis / contact inhibition / negative regulation of hair follicle development / central nervous system neuron differentiation / 9+0 non-motile cilium / pancreas morphogenesis / regulation of somatic stem cell population maintenance / epithelial-mesenchymal cell signaling / myoblast migration / atrial septum morphogenesis / spinal cord dorsal/ventral patterning / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / midgut development / left/right axis specification / ciliary tip / Activation of SMO / thalamus development / somite development / patched binding / forebrain morphogenesis / cellular response to cholesterol / type B pancreatic cell development / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of organ growth / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / dorsal/ventral neural tube patterning / smooth muscle tissue development / pattern specification process / cerebellar cortex morphogenesis / mammary gland epithelial cell differentiation / dentate gyrus development / dopaminergic neuron differentiation / commissural neuron axon guidance / oxysterol binding / positive regulation of multicellular organism growth / positive regulation of smoothened signaling pathway / Class B/2 (Secretin family receptors) / neural crest cell migration / cell fate specification / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / anterior/posterior pattern specification / ciliary membrane / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / negative regulation of epithelial cell differentiation / hair follicle morphogenesis / smoothened signaling pathway / positive regulation of neuroblast proliferation / heart looping / negative regulation of DNA binding / odontogenesis of dentin-containing tooth / protein kinase A catalytic subunit binding / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / neuroblast proliferation / vasculogenesis / Hedgehog 'off' state / skeletal muscle fiber development / positive regulation of epithelial cell proliferation / homeostasis of number of cells within a tissue / epithelial cell proliferation / protein sequestering activity / centriole / astrocyte activation / negative regulation of protein phosphorylation / central nervous system development / G protein-coupled receptor activity / electron transport chain / Hedgehog 'on' state / multicellular organism growth / cilium / cerebral cortex development / positive regulation of protein import into nucleus / osteoblast differentiation / protein import into nucleus / endocytic vesicle membrane / late endosome / gene expression / in utero embryonic development / periplasmic space / electron transfer activity / protein stabilization / positive regulation of cell migration / iron ion binding / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / dendrite / heme binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Smoothened, transmembrane domain / Smoothened, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain ...Smoothened, transmembrane domain / Smoothened, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclopamine / Soluble cytochrome b562 / Protein smoothened
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 3.204 Å
データ登録者Wang, C. / Weierstall, U. / James, D. / White, T.A. / Wang, D. / Liu, W. / Spence, J.C.H. / Doak, R.B. / Nelson, G. / Fromme, P. ...Wang, C. / Weierstall, U. / James, D. / White, T.A. / Wang, D. / Liu, W. / Spence, J.C.H. / Doak, R.B. / Nelson, G. / Fromme, P. / Fromme, R. / Grotjohann, I. / Kupitz, C. / Zatsepin, N.A. / Liu, H. / Basu, S. / Wacker, D. / Han, G.W. / Katritch, V. / Boutet, S. / Messerschmidt, M. / Willams, G.J. / Koglin, J.E. / Seibert, M.M. / Klinker, M. / Gati, C. / Shoeman, R.L. / Barty, A. / Chapman, H.N. / Kirian, R.A. / Beyerlein, K.R. / Stevens, R.C. / Li, D. / Shah, S.T.A. / Howe, N. / Caffrey, M. / Cherezov, V. / GPCR Network (GPCR)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Lipidic cubic phase injector facilitates membrane protein serial femtosecond crystallography.
著者: Weierstall, U. / James, D. / Wang, C. / White, T.A. / Wang, D. / Liu, W. / Spence, J.C. / Bruce Doak, R. / Nelson, G. / Fromme, P. / Fromme, R. / Grotjohann, I. / Kupitz, C. / Zatsepin, N.A. ...著者: Weierstall, U. / James, D. / Wang, C. / White, T.A. / Wang, D. / Liu, W. / Spence, J.C. / Bruce Doak, R. / Nelson, G. / Fromme, P. / Fromme, R. / Grotjohann, I. / Kupitz, C. / Zatsepin, N.A. / Liu, H. / Basu, S. / Wacker, D. / Han, G.W. / Katritch, V. / Boutet, S. / Messerschmidt, M. / Williams, G.J. / Koglin, J.E. / Marvin Seibert, M. / Klinker, M. / Gati, C. / Shoeman, R.L. / Barty, A. / Chapman, H.N. / Kirian, R.A. / Beyerlein, K.R. / Stevens, R.C. / Li, D. / Shah, S.T. / Howe, N. / Caffrey, M. / Cherezov, V.
履歴
登録2014年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.22018年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Smoothened homolog/Soluble cytochrome b562 chimeric protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8072
ポリマ－52,3951
非ポリマー4121
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.500, 157.300, 52.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Smoothened homolog/Soluble cytochrome b562 chimeric protein


分子量: 52395.199 Da / 分子数: 1
断片: UNP Q99835 residues 190-433, P0ABE7 residues 23-128, Q99835 residues 441-555
変異: M1007W, H1102I, R1106L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
プラスミド: pFASTBAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: Q99835, UniProt: P0ABE7
#2: 化合物 ChemComp-CY8 / Cyclopamine / (3alpha,8alpha,14beta,22S,23R)-17,23-epoxyveratraman-3-ol / シクロパミン


分子量: 411.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H41NO2 / コメント: alkaloid*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7
詳細: 100 mM Hepes, 30 % (v/v) PEG 400, 100 mM NaCl , pH 7.0, Lipidic Cubic Phase (LCP), temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 294 K
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.3 Å
検出器タイプ: Cornell-SLAC Pixel Array Detector (CSPAD) / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月1日
放射モノクロメーター: K-B Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→40 Å / Num. obs: 10785 / % possible obs: 100 %
反射 シェル解像度: 3.2→3.7 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4JKV for SMO and PDB ENTRY 4IB4 for BRIL

4jkv

4ib4


解像度: 3.204→39.325 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2779 399 4.94 %
Rwork0.2317 --
obs0.2339 8082 75.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.204→39.325 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3389 0 30 0 3419
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033513
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6134807
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9271183
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.024553
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003603
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2041-3.66750.4084630.3491137X-RAY DIFFRACTION33
3.6675-4.61950.3241520.25823133X-RAY DIFFRACTION93
4.6195-39.32790.24131840.2033413X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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