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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4o75 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with FOSTAMATINIB | ||||||
![]() | Bromodomain-containing protein 4 | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION/INHIBITOR / BROMODOMAIN / CAP / HUNK1 / MCAP / PROTEIN BINDING-INHIBITOR COMPLEX / MITOTIC CHROMOSOME ASSOCIATED PROTEIN / CELL CYCLE / INHIBITOR / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / lysine-acetylated histone binding / p53 binding / chromosome / regulation of inflammatory response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhu, J.-Y. / Ember, S.W. / Watts, C. / Schonbrunn, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Acetyl-lysine Binding Site of Bromodomain-Containing Protein 4 (BRD4) Interacts with Diverse Kinase Inhibitors. 著者: Ember, S.W. / Zhu, J.Y. / Olesen, S.H. / Martin, M.P. / Becker, A. / Berndt, N. / Georg, G.I. / Schonbrunn, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 96.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4o70C ![]() 4o71C ![]() 4o72C ![]() 4o74C ![]() 4o76C ![]() 4o77C ![]() 4o78C ![]() 4o7aC ![]() 4o7bC ![]() 4o7cC ![]() 4o7eC ![]() 4o7fC ![]() 4ps5C ![]() 2ossS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 44-168 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-2RC / [ | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.68 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 12.5 MG/ML BRD4, 5MM HEPES pH 7.5, 50MM SODIUM CHLORIDE, 0.5MM DTT, 50MM TRIS PH8.5, 0.1M AMMONIUM SULFATE, 12.5% PEG 3,350, 10% DMSO, 1 MM FOSTAMATINIB, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月31日 |
放射 | モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL SI(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→20 Å / Num. obs: 24998 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 46.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Rsym value: 0.311 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2OSS 解像度: 1.55→19.704 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.82 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→19.704 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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