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Yorodumi- PDB-4nme: Crystal structure of proline utilization A (PutA) from Geobacter ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4nme | ||||||
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Title | Crystal structure of proline utilization A (PutA) from Geobacter sulfurreducens PCA inactivated by N-propargylglycine | ||||||
Components | Proline dehydrogenase and Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / flavoenzyme / Rossmann fold / aldehyde dehydrogenase / flavin adenine dinucleotide / nicotinamide adenine dinucleotide / proline catabolism / substrate channeling / bifunctional enzyme / mechanism-based inactivation | ||||||
Function / homology | Function and homology information proline dehydrogenase activity / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / cytoplasmic side of plasma membrane / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Geobacter sulfurreducens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.088 Å | ||||||
Authors | Singh, H. / Tanner, J.J. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2014 Title: Structures of the PutA peripheral membrane flavoenzyme reveal a dynamic substrate-channeling tunnel and the quinone-binding site. Authors: Singh, H. / Arentson, B.W. / Becker, D.F. / Tanner, J.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4nme.cif.gz | 769.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4nme.ent.gz | 628 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4nme.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/4nme ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/4nme | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4nm9C 4nmaC 4nmbC 4nmcSC 4nmdC 4nmfC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 112324.672 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Geobacter sulfurreducens (bacteria) / Strain: ATCC 51573 / DSM 12127 / PCA / Gene: putA, GSU3395 / Plasmid: pNIC28-Bsa4 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-AI References: UniProt: Q746X3, EC: 1.5.99.8, EC: 1.5.1.12, L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: microbatch / pH: 6.5 Details: 25-33% PEG550 MME, 0.05-0.2 M Bis-Tris, pH 6.4 - 6.5, 0.05 mM calcium chloride, MICROBATCH, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 2, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.088→175.18 Å / Num. all: 149802 / Num. obs: 149802 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 23.35 Å2 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 12.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4NMC Resolution: 2.088→87.59 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / FOM work R set: 0.8772 / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.77 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 89.07 Å2 / Biso mean: 24.6641 Å2 / Biso min: 8.29 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.088→87.59 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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