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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4nkz | ||||||
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タイトル | Human steroidogenic cytochrome P450 17A1 mutant A105L with substrate 17alpha-hydroxypregnenolone | ||||||
要素 | Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / LYASE / heme protein / monooxygenase / steroid 17alpha-hydroxylase / steroid C17 / 20 lyase / NADPH-cytochrome P450 reductase / cytochrome b5 / endoplasmic reticulum membrane | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective CYP17A1 causes AH5 / steroid 17alpha-monooxygenase / 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase / steroid 17-alpha-monooxygenase activity / : / glucocorticoid biosynthetic process / Androgen biosynthesis / hormone biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / androgen biosynthetic process ...Defective CYP17A1 causes AH5 / steroid 17alpha-monooxygenase / 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase / steroid 17-alpha-monooxygenase activity / : / glucocorticoid biosynthetic process / Androgen biosynthesis / hormone biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / androgen biosynthetic process / sex differentiation / progesterone metabolic process / steroid biosynthetic process / steroid metabolic process / oxygen binding / iron ion binding / axon / neuronal cell body / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.003 Å | ||||||
データ登録者 | Scott, E.E. / Petrunak, E.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014 タイトル: Structures of Human Steroidogenic Cytochrome P450 17A1 with Substrates. 著者: Petrunak, E.M. / DeVore, N.M. / Porubsky, P.R. / Scott, E.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4nkz.cif.gz | 704 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4nkz.ent.gz | 596 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4nkz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4nkz_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4nkz_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4nkz_validation.xml.gz | 63.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4nkz_validation.cif.gz | 84.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/4nkz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/4nkz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55782.223 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 24-508 / 変異: A105L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP17, CYP17A1, S17AH / プラスミド: pCWori17A1delta19H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P05093, EC: 1.14.99.9, EC: 4.1.2.30 #2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-LZZ / ( #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris-HCl, 150 mM magnesium chloride hexahydrate, 25% PEG4000, 6% glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月17日 / 詳細: Rh coated mirror, K-B focusing mirror |
放射 | モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→38.7 Å / Num. obs: 44496 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.5 % |
反射 シェル | 解像度: 3→3.17 Å / 冗長度: 6 % / % possible all: 94.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3SWZ 解像度: 3.003→38.695 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.13 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.003→38.695 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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