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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4n9m | ||||||
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タイトル | Joint neutron/x-ray structure of urate oxidase in complex with 8-hydroxyxanthine | ||||||
要素 | Uricase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / urate oxidase / uricase oxidoreductase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 purine nucleobase catabolic process / urate oxidase activity / factor-independent urate hydroxylase / urate catabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aspergillus flavus (カビ) | ||||||
手法 | 中性子回折 / X線回折 / NUCLEAR REACTOR / 解像度: 2.023 Å | ||||||
データ登録者 | Oksanen, E. / Blakeley, M.P. / Budayova-Spano, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2014 タイトル: The neutron structure of urate oxidase resolves a long-standing mechanistic conundrum and reveals unexpected changes in protonation. 著者: Oksanen, E. / Blakeley, M.P. / El-Hajji, M. / Ryde, U. / Budayova-Spano, M. #1: ジャーナル: J R Soc Interface / 年: 2009 タイトル: Large crystal growth by thermal control allows combined X-ray and neutron crystallographic studies to elucidate the protonation states in Aspergillus flavus urate oxidase. 著者: Oksanen, E. / Blakeley, M.P. / Bonnete, F. / Dauvergne, M.T. / Dauvergne, F. / Budayova-Spano, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4n9m.cif.gz | 133 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4n9m.ent.gz | 111.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4n9m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/4n9m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/4n9m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34183.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus flavus (カビ) / 遺伝子: uaZ, uox / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-8HX / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 化合物 | ChemComp-NA / |
#5: 化合物 | ChemComp-DOD / |
-実験情報
-実験
実験 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.67 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: temperature-controlled batch / pH: 8.5 詳細: 5 % PEG 8000, 0.1 M NACL, 0.1 M TRISHCL PD 8.5, 8 MG/ML URATE OXIDASE, temperature-controlled batch, temperature 291K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | Entry-ID: 4N9M
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反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Baniso 12: 0 Å2 / Baniso 13: 0 Å2 / Baniso 23: -0 Å2 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.298→40.067 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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