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- PDB-4n9m: Joint neutron/x-ray structure of urate oxidase in complex with 8-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n9m
タイトルJoint neutron/x-ray structure of urate oxidase in complex with 8-hydroxyxanthine
要素Uricase
キーワードOXIDOREDUCTASE / urate oxidase / uricase oxidoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / purine nucleobase catabolic process / urate catabolic process / peroxisome
類似検索 - 分子機能
Urate Oxidase / Urate Oxidase; / Uricase, conserved site / Uricase signature. / Uricase / Uricase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-hydroxy-3,9-dihydro-1H-purine-2,6-dione / DEUTERATED WATER / Uricase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus flavus (カビ)
手法中性子回折 / X線回折 / NUCLEAR REACTOR / 解像度: 2.023 Å
データ登録者Oksanen, E. / Blakeley, M.P. / Budayova-Spano, M.
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: The neutron structure of urate oxidase resolves a long-standing mechanistic conundrum and reveals unexpected changes in protonation.
著者: Oksanen, E. / Blakeley, M.P. / El-Hajji, M. / Ryde, U. / Budayova-Spano, M.
#1: ジャーナル: J R Soc Interface / 年: 2009
タイトル: Large crystal growth by thermal control allows combined X-ray and neutron crystallographic studies to elucidate the protonation states in Aspergillus flavus urate oxidase.
著者: Oksanen, E. / Blakeley, M.P. / Bonnete, F. / Dauvergne, M.T. / Dauvergne, F. / Budayova-Spano, M.
履歴
登録2013年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月26日Group: Database references
改定 1.22018年6月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / diffrn_detector ...citation / diffrn_detector / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / refine / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _diffrn_detector.details / _diffrn_detector.pdbx_collection_date / _diffrn_detector.type / _diffrn_radiation.monochromator / _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l / _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.source / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_FOM_work_R_set / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_refine_id / _refine.solvent_model_param_bsol / _refine.solvent_model_param_ksol / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_free / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _refine_ls_shell.pdbx_refine_id / _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.d_resolution_high / _reflns.d_resolution_low / _reflns.number_all / _reflns.number_obs / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI / _reflns.percent_possible_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.d_res_high / _reflns_shell.d_res_low / _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs / _reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uricase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4104
ポリマ－34,1841
非ポリマー2273
水3,369187
1
A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,64116
ポリマ－136,7344
非ポリマー90612
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area24500 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area42050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.180, 96.260, 105.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Uricase / Urate oxidase


分子量: 34183.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus flavus (カビ) / 遺伝子: uaZ, uox / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase
#2: 化合物 ChemComp-8HX / 8-hydroxy-3,9-dihydro-1H-purine-2,6-dione / 8-hydroxyxanthine


分子量: 168.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N4O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-DOD / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
中性子回折1
X線回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: temperature-controlled batch / pH: 8.5
詳細: 5 % PEG 8000, 0.1 M NACL, 0.1 M TRISHCL PD 8.5, 8 MG/ML URATE OXIDASE, temperature-controlled batch, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12931
22931
放射光源
由来タイプID波長 (Å)
SEALED TUBEOTHER11.54
NUCLEAR REACTOROTHER23.25-4.15
検出器
タイプID検出器日付詳細
MAR scanner 345 mm plate1IMAGE PLATE2008年10月28日Xenocs
CUSTOM-MADE2IMAGE PLATE2008年8月30日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1multilayer mirrorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Ni/Ti multilayer filterLAUELneutron1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
23.251
34.151
反射

Entry-ID: 4N9M

解像度 (Å)Num. allNum. obs% possible obs (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
2-2098.50.04123.56
2.3-40.06131791317972.20.13327.9
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-IDNum. unique all% possible all
2-2.140.1459.541
2.3-2.420.192.22132850.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
LADI-IIIsoftwareデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
LAUEGENデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化

Baniso 12: 0 Å2 / Baniso 13: 0 Å2 / Baniso 23: -0 Å2 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)Refine-IDBiso max (Å2)Biso mean (Å2)Biso min (Å2)Baniso 11 (Å2)Baniso 22 (Å2)Baniso 33 (Å2)Rfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)FOM work R setSU MLDiffraction-IDσ(F)位相誤差Bsol (Å2)ksol (e/Å3)
2.023-19.209X-RAY DIFFRACTION75.119.132.5915.74235.50131.36150.18870.16660.167813172502726344597.640.75730.2111.9919.4325.0070.365
2.298-40.067NEUTRON DIFFRACTION14.55847.90636.46840.28840.25860.2601663131745.0371.0820200.6
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.023→19.209 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2328 0 14 187 2529
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0755246
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.4098830
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002738
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2751337
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDNum. reflection allTotal num. of bins used% reflection obs (%)
2.0231-2.1040.30581220.22862311X-RAY DIFFRACTION2433981
2.104-2.19960.19831450.1962775X-RAY DIFFRACTION29209100
2.1996-2.31540.22681490.19052807X-RAY DIFFRACTION29569100
2.3154-2.46020.24321480.18962821X-RAY DIFFRACTION29699100
2.4602-2.64970.2111490.1852831X-RAY DIFFRACTION29809100
2.6497-2.91550.21071490.18612842X-RAY DIFFRACTION29919100
2.9155-3.33550.1981500.17362833X-RAY DIFFRACTION29839100
3.3355-4.19510.16461510.14292864X-RAY DIFFRACTION30159100
4.1951-19.20970.13141540.13452943X-RAY DIFFRACTION3097998
2.3-2.47560.4472910.36221754NEUTRON DIFFRACTION1845551
2.4756-2.72470.317980.32691985NEUTRON DIFFRACTION2083557
2.7247-3.11880.36651300.29052370NEUTRON DIFFRACTION2500568
3.1188-3.92880.29011650.23252983NEUTRON DIFFRACTION3148585
3.9288-40.07320.20951790.21783419NEUTRON DIFFRACTION3598593

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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