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Yorodumi- PDB-4my0: Crystal Structure of GCN5-related N-acetyltransferase from Kribbe... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4my0 | ||||||
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Title | Crystal Structure of GCN5-related N-acetyltransferase from Kribbella flavida | ||||||
Components | GCN5-related N-acetyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha-beta structure | ||||||
Function / homology | Function and homology information acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Kribbella flavida (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.101 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Mack, J. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal Structure of GCN5-related N-acetyltransferase from Kribbella flavida Authors: Kim, Y. / Mack, J. / Endres, M. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4my0.cif.gz | 892.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4my0.ent.gz | 772.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4my0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4my0_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4my0_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | |
Data in XML | 4my0_validation.xml.gz | 87.1 KB | Display | |
Data in CIF | 4my0_validation.cif.gz | 119.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/4my0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/4my0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Details | hexamer as in the asymmetric unit |
-Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 42526.875 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Kribbella flavida (bacteria) / Strain: DSM 17836 / Gene: Kfla_4406 / Plasmid: pMCSG68 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 magic / References: UniProt: D2PVF8 |
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-Non-polymers , 5 types, 726 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ACO / #3: Chemical | ChemComp-TRS / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-AC8 / [( | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | THE AUTHOR STATES THAT THE N-TERMINAL SER ASN ALA ARE CLONING ARTIFACTS THAT ARE RESIDUAL OF THE ...THE AUTHOR STATES THAT THE N-TERMINAL SER ASN ALA ARE CLONING ARTIFACTS THAT ARE RESIDUAL OF THE CLEAVED HIS-TAG AND VAL IS AN EXPRESSION |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.76 Å3/Da / Density % sol: 55.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5, 16 %(w/v) PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97937 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 23, 2012 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97937 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. all: 163672 / Num. obs: 163672 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 28.48 Å2 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 7.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.14 Å / Redundancy: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 7869 / Rsym value: 0.625 / % possible all: 96.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.101→36.909 Å / SU ML: 0.21 / Isotropic thermal model: mixed / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 20 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 37.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.101→36.909 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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