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- PDB-4mx1: Structure of ricin A chain bound with 2-amino-4-oxo-N-(2-(3-pheny... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mx1
タイトルStructure of ricin A chain bound with 2-amino-4-oxo-N-(2-(3-phenylureido)ethyl)-3,4-dihydropteridine-7-carboxamide
要素Ricin A chain
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / TOXIN / HYDROLASE / RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN / N-GLYCOSIDASE / PTERIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1MX / MALONIC ACID / Ricin
類似検索 - 構成要素
生物種Ricinus communis (トウゴマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Robertus, J.D. / Wiget, P.A. / Manzano, L.A. / Pruet, J.M. / Gao, G. / Saito, R. / Jasheway, K.R. / Monzingo, A.F. / Anslyn, E.V.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Sulfur incorporation generally improves Ricin inhibition in pterin-appended glycine-phenylalanine dipeptide mimics.
著者: Wiget, P.A. / Manzano, L.A. / Pruet, J.M. / Gao, G. / Saito, R. / Monzingo, A.F. / Jasheway, K.R. / Robertus, J.D. / Anslyn, E.V.
履歴
登録2013年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references
改定 1.22015年4月29日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ricin A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7405
ポリマ－30,0681
非ポリマー6734
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.102, 68.102, 140.532
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Ricin A chain / rRNA N-glycosidase


分子量: 30067.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / 器官: seeds / プラスミド: PUTA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101 / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: 化合物 ChemComp-1MX / 2-amino-4-oxo-N-{2-[(phenylcarbamoyl)amino]ethyl}-3,4-dihydropteridine-7-carboxamide


分子量: 368.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16N8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97648 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月1日
放射モノクロメーター: single crystal, cylindrically bent, Si (220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97648 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→50 Å / Num. obs: 45334 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 1.179 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.59-1.6212.50.68222170.4751100
1.62-1.6514.10.59622020.5021100
1.65-1.6814.20.51522410.5271100
1.68-1.7114.30.4622310.5591100
1.71-1.7514.30.38722230.5961100
1.75-1.7914.30.33322340.6491100
1.79-1.8414.30.28222390.7231100
1.84-1.8914.30.2422240.8061100
1.89-1.9414.20.23922391.4131100
1.94-214.30.17822631.0681100
2-2.0714.30.14322181.2451100
2.07-2.1614.30.12722621.4071100
2.16-2.2614.10.1322471.8531100
2.26-2.3814.20.10922541.6781100
2.38-2.5214.20.09922881.4781100
2.52-2.7214.20.09622811.5231100
2.72-2.9914.10.10222922.0741100
2.99-3.43140.09423182.3241100
3.43-4.3213.40.06423531.61100
4.32-5013.20.04125080.954199.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
BOSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RTC

1rtc


解像度: 1.59→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 1.716 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2609 2278 5 %RANDOM
Rwork0.2268 ---
obs0.2285 45227 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.86 Å2 / Biso mean: 24.7573 Å2 / Biso min: 10.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.63 Å20 Å20 Å2
2--0.63 Å20 Å2
3----1.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2122 0 46 108 2276
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0222232
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.491.9723039
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5815271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.15923.091110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.54315344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8171521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3360.2330
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0211761
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5991.51348
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.58722186
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9793884
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.1314.5851
LS精密化 シェル解像度: 1.59→1.631 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 166 -
Rwork0.296 3114 -
all-3280 -
obs--99.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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