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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mj9 | ||||||||||||||||||
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タイトル | lambda-[Ru(TAP)2(dppz-10-Me)]2+ bound to a synthetic DNA oligomer | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / methyl-substituted / Intercalation / Ruthenium / asymmetric substitution | 機能・相同性 | Chem-2J0 / : / DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Hall, J.P. / Cardin, C.J. | ![]() ![]() タイトル: The Structural Effect of Methyl Substitution on the Binding of Polypyridyl Ru dppz Complexes to DNA 著者: Hall, J.P. / Beer, H. / Buchner, K. / Cardin, D.J. / Cardin, C.J. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 36.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 26.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 743.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 743.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3045.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA synthesised by ATDBio |
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#2: 化合物 | ChemComp-2J0 / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-BA / |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.71 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 1ul 1mM d(TCGGCGCCGA)2, 1ul 4mM rac-Ru(TAP)2(dppz-10-Me)]2+, 6ul 40mM Na cacodylate pH 6.3, 12mM spermine-tetra HCl, 20mM BaCl2, 80mM KCl, 10% 2-methyl-2,4-pentanediol equilibriated against ...詳細: 1ul 1mM d(TCGGCGCCGA)2, 1ul 4mM rac-Ru(TAP)2(dppz-10-Me)]2+, 6ul 40mM Na cacodylate pH 6.3, 12mM spermine-tetra HCl, 20mM BaCl2, 80mM KCl, 10% 2-methyl-2,4-pentanediol equilibriated against 1ml 35% 2-methyl-2,4-pentanediol , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月12日 |
放射 | モノクロメーター: dual Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.97→21.14 Å / Num. all: 20804 / Num. obs: 20804 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 2.6 |
反射 シェル | 解像度: 0.97→1 Å / % possible all: 98.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.357 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.97→21.14 Å
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拘束条件 |
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