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- PDB-4mcb: H.influenzae TrmD in complex with N-(4-{[(1H-IMIDAZOL-2-YLMETHYL)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mcb
タイトルH.influenzae TrmD in complex with N-(4-{[(1H-IMIDAZOL-2-YLMETHYL)AMINO]METHYL}BENZYL)-4-OXO-3,4-DIHYDROTHIENO[2,3-D]PYRIMIDINE-5-CARBOXAMIDE
要素tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
キーワードtransferase/transferase inhibitor / trefoil / TrmD / SAM / SAH / Sinefungin / HMT / Structural Genomics / trefoil knot / methyl transferase to tRNA / tRNA / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / tRNA N1-guanine methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA(m1g37)methyltransferase, domain 2 / Trp Operon Repressor; Chain A / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, bacteria / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase, C-terminal domain superfamily / tRNA methyltransferase TRMD/TRM10-type domain / tRNA (Guanine-1)-methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases ...tRNA(m1g37)methyltransferase, domain 2 / Trp Operon Repressor; Chain A / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, bacteria / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase, C-terminal domain superfamily / tRNA methyltransferase TRMD/TRM10-type domain / tRNA (Guanine-1)-methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-21W / ACETATE ION / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Olivier, N.B. / Hill, P.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Selective Inhibitors of Bacterial t-RNA-(N(1)G37) Methyltransferase (TrmD) That Demonstrate Novel Ordering of the Lid Domain.
著者: Hill, P.J. / Abibi, A. / Albert, R. / Andrews, B. / Gagnon, M.M. / Gao, N. / Grebe, T. / Hajec, L.I. / Huang, J. / Livchak, S. / Lahiri, S.D. / McKinney, D.C. / Thresher, J. / Wang, H. / ...著者: Hill, P.J. / Abibi, A. / Albert, R. / Andrews, B. / Gagnon, M.M. / Gao, N. / Grebe, T. / Hajec, L.I. / Huang, J. / Livchak, S. / Lahiri, S.D. / McKinney, D.C. / Thresher, J. / Wang, H. / Olivier, N. / Buurman, E.T.
履歴
登録2013年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2898
ポリマ－55,1572
非ポリマー1,1326
水10,359575
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7620 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area20840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.158, 74.158, 119.288
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase


分子量: 27578.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
株: ATCC51907 / 遺伝子: HI_0202, trmD / プラスミド: pET system / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P43912, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase

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非ポリマー , 5種, 581分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-21W / N-(4-{[(1H-imidazol-2-ylmethyl)amino]methyl}benzyl)-4-oxo-3,4-dihydrothieno[2,3-d]pyrimidine-5-carboxamide


分子量: 394.450 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H18N6O2S
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: Protein at 10 mg/mL in the buffer: 20mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 1mM DTT, 1mM EDTA. mixed 1:1 with well solution containing: 200 mM CaAcetate, 24% PEG 400, 100 mM Sodium ...詳細: Protein at 10 mg/mL in the buffer: 20mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 1mM DTT, 1mM EDTA. mixed 1:1 with well solution containing: 200 mM CaAcetate, 24% PEG 400, 100 mM Sodium Acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 140 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月10日 / 詳細: multilayer monochrometer
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.936→119.288 Å / Num. all: 47863 / Num. obs: 47863 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 26.25 Å2 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.94-2.0440.39722797169680.397100
2.04-2.1640.26432661165720.264100
2.16-2.314.10.1814.32544362270.18199.9
2.31-2.54.10.1365.72383457660.136100
2.5-2.744.20.0898.62237353520.089100
2.74-3.064.20.06212.32021748000.06299.9
3.06-3.544.20.04118.21791442470.04199.9
3.54-4.334.20.02725.51502735890.02799.7
4.33-6.124.20.02328.71165527950.02399.8
6.12-119.2884.10.02124.8635715470.02199.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
JDirectorデータ収集
PROCESSデータ削減
AMoRE位相決定
BUSTER2.11.5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→38.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9482 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9353 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.42 / SU R Cruickshank DPI: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2054 2405 5.06 %RANDOM
Rwork0.1782 ---
obs0.1796 47564 99.87 %-
原子変位パラメータBiso max: 120.91 Å2 / Biso mean: 31.8175 Å2 / Biso min: 11.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.677 Å20 Å20 Å2
2---0.677 Å20 Å2
3---1.3541 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.195 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→38.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3477 0 76 575 4128
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1274SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes86HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes547HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3656HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion457SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies3HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4647SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3656HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4952HARMONIC21.05
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.43
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.1
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2352 153 4.36 %
Rwork0.206 3355 -
all0.2072 3508 -
obs--99.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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