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万見
- PDB-4la7: X-ray crystal structure of the PYL2-quinabactin-Hab1 ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4la7
タイトルX-ray crystal structure of the PYL2-quinabactin-Hab1 ternary complex
要素
  • Abscisic acid receptor PYL2
  • Protein phosphatase 2C 16
キーワードHydrolase/receptor/inhibitor / PYL2 / HAB1 / PP2C inhibition / Hydrolase-receptor-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / protein serine/threonine phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / identical protein binding ...protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / protein serine/threonine phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. ...PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Quinabactin / ACETATE ION / Abscisic acid receptor PYL2 / Protein phosphatase 2C 16
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Peterson, F.C. / Volkman, B.F. / Cutler, S.R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Activation of dimeric ABA receptors elicits guard cell closure, ABA-regulated gene expression, and drought tolerance.
著者: Okamoto, M. / Peterson, F.C. / Defries, A. / Park, S.Y. / Endo, A. / Nambara, E. / Volkman, B.F. / Cutler, S.R.
履歴
登録2013年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Abscisic acid receptor PYL2
B: Protein phosphatase 2C 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7969
ポリマ－58,1752
非ポリマー6217
水5,837324
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area21550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.637, 66.754, 146.021
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Abscisic acid receptor PYL2 / PYR1-like protein 2 / Regulatory components of ABA receptor 14


分子量: 21592.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At2g26040, PYL2, RCAR14, T19L18.15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O80992
#2: タンパク質 Protein phosphatase 2C 16 / AtPP2C16 / AtP2C-HA / Protein HYPERSENSITIVE TO ABA 1 / Protein phosphatase 2C HAB1 / PP2C HAB1


分子量: 36582.891 Da / 分子数: 1 / Fragment: unp residues 178-505 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g72770, F28P22.4, HAB1, HAB1 (Residues 179-511), P2C-HA
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9CAJ0, protein-serine/threonine phosphatase

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非ポリマー , 5種, 331分子

#3: 化合物 ChemComp-A1O / Quinabactin / 1-(4-methylphenyl)-N-(2-oxo-1-propyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-6-yl)methanesulfonamide / キナバクチン


分子量: 372.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N2O3S
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.57 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris, 160 mM Magnesium chloride, 20% (v/v) PEG-8000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月21日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 41105 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 23.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 0.883 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.98-2.016.40.56617760.755186
2.01-2.056.50.47318830.753190.7
2.05-2.096.60.44319180.755190.7
2.09-2.136.80.43419490.794195.9
2.13-2.186.90.39419850.792195.1
2.18-2.2370.35120780.815198.7
2.23-2.297.20.3120160.801198.5
2.29-2.357.30.28920500.824198.4
2.35-2.427.30.24720800.804199.4
2.42-2.497.40.21320830.829199.2
2.49-2.587.40.19120710.853198.6
2.58-2.697.40.1720730.95199.1
2.69-2.817.40.14520811.032199.4
2.81-2.967.40.11320960.968199.5
2.96-3.147.40.08321110.914199.6
3.14-3.397.40.06521080.96199.3
3.39-3.737.40.05921341.097199.8
3.73-4.267.30.04621381.029199.6
4.26-5.377.20.03521760.907199.6
5.37-506.70.03222990.885199.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å49.27 Å
Translation2.5 Å49.27 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CrystalClearデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3KB3

3kb3


解像度: 1.98→49.266 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8322 / SU ML: 0.51 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2253 1881 4.84 %random
Rwork0.1993 ---
obs0.2006 38881 92.23 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.274 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 120.09 Å2 / Biso mean: 34.4425 Å2 / Biso min: 10.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.5944 Å20 Å2-0 Å2
2--14.8754 Å20 Å2
3----8.281 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→49.266 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3719 0 40 324 4083
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9065230
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061590
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007674
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7771448
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9789-2.03240.27011140.23432266238075
2.0324-2.09220.25661200.2212446256680
2.0922-2.15980.28171310.21612569270085
2.1598-2.2370.24751320.22752722285489
2.237-2.32650.26951450.21122813295892
2.3265-2.43240.26361460.21472842298893
2.4324-2.56070.26331470.21292897304495
2.5607-2.72110.2511520.21052956310896
2.7211-2.93110.24941540.2142975312997
2.9311-3.22610.20471550.1973042319798
3.2261-3.69280.20661570.18763084324199
3.6928-4.65190.19961610.168131363297100
4.6519-49.28110.20191670.20113252341999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7308-0.5546-0.54491.0649-0.16492.23440.0335-0.2410.17950.04590.0292-0.0162-0.14510.0684-0.05050.1153-0.0263-0.01160.13910.00090.120616.0414-8.6099-5.5314
21.41430.2186-0.07271.56260.91041.86260.0220.1979-0.0419-0.1202-0.10190.1239-0.0601-0.17670.04460.12440.0342-0.01960.13130.0120.14328.8298-18.6662-42.7305
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A)A0
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B)B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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