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万見
- PDB-4kmp: Structure of XIAP-BIR3 and inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kmp
タイトルStructure of XIAP-BIR3 and inhibitor
要素E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
キーワードLIGASE/LIGASE INHIBITOR / apoptosis / XIAP-BIR3 / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase regulator activity / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / inhibition of cysteine-type endopeptidase activity / positive regulation of protein linear polyubiquitination / regulation of BMP signaling pathway / copper ion homeostasis / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response ...endopeptidase regulator activity / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / inhibition of cysteine-type endopeptidase activity / positive regulation of protein linear polyubiquitination / regulation of BMP signaling pathway / copper ion homeostasis / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Regulation of the apoptosome activity / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / regulation of innate immune response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / protein K63-linked ubiquitination / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of type I interferon production / protein serine/threonine kinase binding / Regulation of PTEN localization / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Regulation of TNFR1 signaling / positive regulation of JNK cascade / RING-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / Regulation of necroptotic cell death / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / regulation of apoptotic process / neuron apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of cell cycle / defense response to bacterium / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat ...XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Death-like domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GT6 / E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Li, X. / Wang, J. / Condon, S.M. / Shi, Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of XIAP-BIR3 and inhibitor
著者: Li, X. / Wang, J. / Condon, S.M. / Shi, Y.
履歴
登録2013年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
B: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5575
ポリマ－22,6192
非ポリマー9383
水2,468137
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3752
ポリマ－11,3101
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1823
ポリマ－11,3101
非ポリマー8722
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.016, 33.281, 48.002
Angle α, β, γ (deg.)77.97, 70.54, 61.28
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase XIAP / Baculoviral IAP repeat-containing protein 4 / IAP-like protein / ILP / hILP / Inhibitor of ...Baculoviral IAP repeat-containing protein 4 / IAP-like protein / ILP / hILP / Inhibitor of apoptosis protein 3 / IAP-3 / hIAP-3 / hIAP3 / X-linked inhibitor of apoptosis protein / X-linked IAP


分子量: 11309.689 Da / 分子数: 2 / 断片: BIR3 domain, UNP residues 256-348 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XIAP, API3, BIRC4, IAP3 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P98170, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GT6 / (2S,2'S)-N,N'-[(6,6'-difluoro-1H,1'H-2,2'-biindole-3,3'-diyl)bis{methanediyl[(2R,4S)-4-hydroxypyrrolidine-2,1-diyl][(2S)-1-oxobutane-1,2-diyl]}]bis[2-(methylamino)propanamide]


分子量: 806.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H56F2N8O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 0.1M Bis-tri pH5.8, 2M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→20.25 Å / Num. obs: 9907

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8_1069) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G73

1g73


解像度: 1.95→20.25 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.835 / SU ML: 0.18 / σ(F): 2.07 / 位相誤差: 24.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2187 463 4.68 %
Rwork0.1618 --
obs0.1647 9883 82.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 79.8 Å2 / Biso mean: 32.2484 Å2 / Biso min: 15.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1586 0 60 137 1783
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071703
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3342314
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.849999
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086220
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005296
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9491-2.23080.21231160.1557240363
2.2308-2.80940.24511640.1751351792
2.8094-20.25140.2071830.1562350093
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7195-0.4454-0.47254.0209-0.58261.7744-0.0393-0.0245-0.0640.06830.0205-0.06090.0014-0.04530.02040.1663-0.004-0.02960.1813-0.00570.165316.05721.7645-11.7084
21.82530.55790.50563.7363-0.67281.3269-0.0106-0.07680.00480.03280.00010.0087-0.0319-0.09360.00980.1720.01480.01680.1978-0.01720.14616.0421-1.715515.4473
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA251 - 348
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB251 - 348

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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