PDB-4ke9: Crystal structure of Monoglyceride lipase from Bacillus sp. H257 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ke9

タイトル

Crystal structure of Monoglyceride lipase from Bacillus sp. H257 in complex with an 1-stearyol glycerol analogue

要素

Thermostable monoacylglycerol lipase

キーワード

HYDROLASE / alpha/beta hydrolase fold / monoglyceride lipase

機能・相同性

機能・相同性情報

acylglycerol lipase / monoacylglycerol lipase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Rengachari, S. / Aschauer, P. / Gruber, K. / Dreveny, I. / Oberer, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Conformational plasticity and ligand binding of bacterial monoacylglycerol lipase.
著者: Rengachari, S. / Aschauer, P. / Schittmayer, M. / Mayer, N. / Gruber, K. / Breinbauer, R. / Birner-Gruenberger, R. / Dreveny, I. / Oberer, M.

履歴

登録	2013年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月9日	Group: Database references
改定 1.2	2013年11月20日	Group: Database references
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ke9.cif.gz	206.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ke9.ent.gz	165.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ke9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ke9_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ke9_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4ke9_validation.xml.gz	47 KB	表示
CIF形式データ	4ke9_validation.cif.gz	59.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/4ke9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/4ke9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ke6C 4ke7C 4ke8C 4keaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ke8-1 4oct-2 5xks-5 5xks-2 1zrr-d 6bi7-1 4ke8-2 2vy0-1 2vy0-2 4kea-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thermostable monoacylglycerol lipase

B: Thermostable monoacylglycerol lipase

C: Thermostable monoacylglycerol lipase

D: Thermostable monoacylglycerol lipase

ヘテロ分子

119 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Thermostable monoacylglycerol lipase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Thermostable monoacylglycerol lipase

ヘテロ分子

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29.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Thermostable monoacylglycerol lipase

ヘテロ分子

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4

D: Thermostable monoacylglycerol lipase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	76.857, 80.287, 85.712
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.02, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Thermostable monoacylglycerol lipase / MGLP 分子量: 29342.332 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. (バクテリア) / 株: H-257 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P82597, acylglycerol lipase
#2: 化合物	ChemComp-1R1 / hexadecyl hydrogen (R)-(3-azidopropyl)phosphonate 分子量: 389.513 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₄₀N₃O₃P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 詳細: 0.1 M citric acid pH 5.0 and 22% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月25日

放射

モノクロメーター: channel-cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→43.661 Å / Num. all: 48702 / Num. obs: 48702 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 7 % / R_sym value: 0.139 / Net I/σ(I): 9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
2.2-2.32	4.8	0.557	0.9	0.557	1	68.4
2.32-2.46	5.6	0.318	1.7	0.318	1	85.8
2.46-2.63	7.2	0.253	2.1	0.253	1	99.7
2.63-2.84	7.6	0.202	2.9	0.202	1	100
2.84-3.11	7.6	0.154	3.8	0.154	1	100
3.11-3.48	7.6	0.133	4.1	0.133	1	100
3.48-4.02	7.6	0.134	4.3	0.134	1	100
4.02-4.92	7.6	0.106	5.2	0.106	1	100
4.92-6.96	7.4	0.103	5.4	0.103	1	100
6.96-43.661	6.8	0.083	7.1	0.083	1	94.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	43.66 Å
Translation	2.5 Å	43.66 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→43.661 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 32.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2621	2492	5.13 %
R_work	0.2228	-	-
obs	0.2248	48678	92.51 %
all	-	48555	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-10.464 Å²	0 Å²	1.0079 Å²
2-	-	20.7308 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-10.2669 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→43.661 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7615	0	100	303	8018

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	7907
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.84	10740
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.586	2836
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1191
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1378

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.225	0.3956	99	0.334	1966	X-RAY DIFFRACTION	60
2.225-2.2512	0.4921	123	0.4385	1990	X-RAY DIFFRACTION	62
2.2512-2.2787	0.3771	133	0.3003	2149	X-RAY DIFFRACTION	67
2.2787-2.3075	0.3294	107	0.2422	2304	X-RAY DIFFRACTION	70
2.3075-2.3379	0.3314	153	0.2314	2397	X-RAY DIFFRACTION	75
2.3379-2.3699	0.2675	134	0.2339	2524	X-RAY DIFFRACTION	79
2.3699-2.4038	0.3383	154	0.2349	2783	X-RAY DIFFRACTION	85
2.4038-2.4396	0.2797	125	0.2371	2951	X-RAY DIFFRACTION	90
2.4396-2.4777	0.2577	165	0.2379	3060	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4777-2.5184	0.2959	166	0.2289	3237	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5184-2.5618	0.2574	149	0.2251	3224	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5618-2.6084	0.2907	188	0.2246	3243	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6084-2.6585	0.2928	154	0.2224	3273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6585-2.7128	0.2432	176	0.2221	3202	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7128-2.7718	0.2856	175	0.222	3258	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7718-2.8362	0.2674	159	0.2261	3244	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8362-2.9071	0.2549	191	0.233	3198	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9071-2.9857	0.3058	202	0.2382	3244	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9857-3.0736	0.315	183	0.2416	3262	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0736-3.1727	0.2733	201	0.2357	3190	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1727-3.2861	0.2938	184	0.2427	3212	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2861-3.4176	0.2526	202	0.2319	3192	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4176-3.5731	0.2716	162	0.2245	3277	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5731-3.7614	0.2596	167	0.2173	3227	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7614-3.9969	0.1984	185	0.2008	3244	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9969-4.3052	0.2521	160	0.195	3248	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3052-4.738	0.2268	195	0.1833	3212	X-RAY DIFFRACTION	100
4.738-5.4225	0.2127	165	0.2013	3241	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4225-6.8276	0.2139	149	0.2112	3263	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8276-43.6695	0.2093	151	0.1974	3074	X-RAY DIFFRACTION	94

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