- PDB-4k84: Crystal structure of human ceramide-1-phosphate transfer protein ... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 4k84
タイトル
Crystal structure of human ceramide-1-phosphate transfer protein (CPTP) in complex with 16:0 ceramide-1-phosphate (16:0-C1P)
要素
Glycolipid transfer protein domain-containing protein 1
キーワード
LIPID TRANSPORT / Lipid transfer protein / GLTP-fold / CPTP / C1P / Ceramide-1-phosphate / Protein-lipid complex / Eicosanoid
機能・相同性
機能・相同性情報
ceramide 1-phosphate transport / ceramide transport / ceramide 1-phosphate binding / ceramide 1-phosphate transfer activity / Glycosphingolipid transport / intermembrane lipid transfer / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / nuclear outer membrane / negative regulation of interleukin-1 beta production / negative regulation of autophagy ...ceramide 1-phosphate transport / ceramide transport / ceramide 1-phosphate binding / ceramide 1-phosphate transfer activity / Glycosphingolipid transport / intermembrane lipid transfer / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / nuclear outer membrane / negative regulation of interleukin-1 beta production / negative regulation of autophagy / phospholipid binding / endosome membrane / Golgi apparatus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能
Glycolipid transfer protein domain / Glycolipid transfer protein superfamily / Glycolipid transfer protein (GLTP) / Glycolipid transfer protein, GLTP / Glycolipid transfer protein / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha 類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1PX / Ceramide-1-phosphate transfer protein 類似検索 - 構成要素
モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1.2398 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 30620 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル
解像度 (Å)
冗長度 (%)
Rmerge(I) obs
Diffraction-ID
% possible all
1.9-1.97
4.5
0.269
1
96.8
1.97-2.05
6
0.226
1
100
2.05-2.14
6.9
0.184
1
100
2.14-2.25
7.1
0.165
1
100
2.25-2.39
7.3
0.124
1
100
2.39-2.58
7.3
0.105
1
100
2.58-2.84
7.3
0.089
1
100
2.84-3.25
7.3
0.076
1
100
3.25-4.09
7.1
0.062
1
100
4.09-50
7
0.047
1
99.7
-
位相決定
位相決定
手法: 分子置換
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
MOLREP
位相決定
PHENIX
1.5_2
精密化
PDB_EXTRACT
3.11
データ抽出
ADSC
Quantum
データ収集
HKL-2000
データ削減
精密化
構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Human ceramide-1-phosphate transfer protein in complex with C2 Ceramide-1-phosphate (2:0 C1P) 解像度: 1.897→40.278 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.36 / SU ML: 0.2 / σ(F): 0.11 / 位相誤差: 22.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor
反射数
%反射
Rfree
0.2133
1515
5.06 %
Rwork
0.1622
-
-
obs
0.1647
29952
97.38 %
溶媒の処理
減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.821 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3