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- PDB-4j71: Crystal Structure of GSK3b in complex with inhibitor 1R -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j71
タイトルCrystal Structure of GSK3b in complex with inhibitor 1R
要素Glycogen synthase kinase-3 beta
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / Kinase / Phosphorylation / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of microtubule anchoring at centrosome / beta-catenin destruction complex disassembly / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / neuron projection organization / negative regulation of type B pancreatic cell development / superior temporal gyrus development / : / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein localization to cilium ...regulation of microtubule anchoring at centrosome / beta-catenin destruction complex disassembly / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / neuron projection organization / negative regulation of type B pancreatic cell development / superior temporal gyrus development / : / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / positive regulation of protein localization to centrosome / maintenance of cell polarity / positive regulation of cilium assembly / negative regulation of protein acetylation / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / beta-catenin destruction complex / tau-protein kinase / CRMPs in Sema3A signaling / heart valve development / regulation of microtubule-based process / regulation of protein export from nucleus / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / Maturation of nucleoprotein / cellular response to interleukin-3 / negative regulation of TOR signaling / Wnt signalosome / negative regulation of protein localization to nucleus / regulation of long-term synaptic potentiation / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Maturation of nucleoprotein / AKT phosphorylates targets in the cytosol / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of cell-matrix adhesion / regulation of axon extension / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / regulation of axonogenesis / regulation of dendrite morphogenesis / tau-protein kinase activity / establishment of cell polarity / glycogen metabolic process / ER overload response / regulation of neuron projection development / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / protein kinase A catalytic subunit binding / dynactin binding / NF-kappaB binding / epithelial to mesenchymal transition / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of protein-containing complex assembly / canonical Wnt signaling pathway / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / positive regulation of autophagy / regulation of microtubule cytoskeleton organization / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of cellular response to heat / cellular response to retinoic acid / extrinsic apoptotic signaling pathway / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of GTPase activity / positive regulation of protein export from nucleus / excitatory postsynaptic potential / negative regulation of cell migration / positive regulation of protein ubiquitination / hippocampus development / mitochondrion organization / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of cell differentiation / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / positive regulation of protein-containing complex assembly / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / regulation of circadian rhythm / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / tau protein binding / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / beta-catenin binding / circadian rhythm / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to amyloid-beta / Regulation of RUNX2 expression and activity / neuron projection development / p53 binding / positive regulation of protein binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / insulin receptor signaling pathway / kinase activity
類似検索 - 分子機能
Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1JX / Glycogen synthase kinase-3 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Zhan, C. / Wang, Y. / Wach, J. / Sheehan, P. / Zhong, C. / Harris, R. / Patskovsky, Y. / Bishop, J. / Haggarty, S. / Ramek, A. ...Zhan, C. / Wang, Y. / Wach, J. / Sheehan, P. / Zhong, C. / Harris, R. / Patskovsky, Y. / Bishop, J. / Haggarty, S. / Ramek, A. / Berry, K. / O'Herin, C. / Koehler, A.N. / Hung, A.W. / Young, D.W. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Fragment-based approach using diversity-oriented synthesis yields a GSK3b inhibitor
著者: Wang, Y. / Wach, J. / Sheehan, P. / Zhong, C. / Zhan, C. / Harris, R. / Almo, S.C. / Bishop, J. / Haggarty, S. / Ramek, A. / Berry, K. / O'Herin, C. / Koehler, A.N. / Hung, A.W. / Young, D.W.
履歴
登録2013年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycogen synthase kinase-3 beta
B: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0098
ポリマ－94,3592
非ポリマー6506
水3,729207
1
A: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5705
ポリマ－47,1791
非ポリマー3914
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4393
ポリマ－47,1791
非ポリマー2592
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.380, 67.116, 67.440
Angle α, β, γ (deg.)99.800, 102.940, 89.940
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Glycogen synthase kinase-3 beta / GSK-3 beta / Serine/threonine-protein kinase GSK3B


分子量: 47179.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSK3B / プラスミド: BD BaculoGold pAcG2T / 細胞株 (発現宿主): High five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: P49841, tau-protein kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-1JX / (2R)-2-methyl-1,4-dihydropyrido[2,3-b]pyrazin-3(2H)-one


分子量: 163.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9N3O
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.84 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 20% PEG-3350, 0.2M Na Formate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 45699 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 0.841 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.342.10.68722550.794196
2.34-2.382.10.66123030.767196.9
2.38-2.432.20.55622570.787197.3
2.43-2.482.20.4522790.726197.5
2.48-2.532.20.39222780.765197.4
2.53-2.592.20.29922630.802197.4
2.59-2.662.20.26422770.753197.6
2.66-2.732.20.21523070.8197.9
2.73-2.812.20.17323330.746198
2.81-2.92.20.1422910.794198.1
2.9-32.20.10722810.786198.1
3-3.122.20.09122880.791198.2
3.12-3.262.20.07423010.862198.5
3.26-3.442.20.05722890.825198.5
3.44-3.652.20.04723280.79198.6
3.65-3.932.20.04423160.861198.1
3.93-4.332.10.0422660.911197.9
4.33-4.952.10.0422610.967196.6
4.95-6.242.10.04123190.954198.8
6.24-502.20.04822071.362194.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0029精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GNG

1gng


解像度: 2.31→42.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.937 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2339 1408 3.1 %RANDOM
Rwork0.1897 ---
obs0.1911 45698 97.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 177.33 Å2 / Biso mean: 65.6453 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.5 Å22.31 Å2-4.33 Å2
2--14.89 Å27.09 Å2
3---4.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→42.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5538 0 40 207 5785
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.698
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.045
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.001
LS精密化 シェル解像度: 2.305→2.365 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 103 -
Rwork0.284 3014 -
all-3117 -
obs--90.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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