PDB-4j0j: Tannin acyl hydrolase in complex with ethyl 3,5-dihydroxybenzoate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j0j

タイトル

Tannin acyl hydrolase in complex with ethyl 3,5-dihydroxybenzoate

要素

Tannase

キーワード

HYDROLASE / tannin / hydrolysis

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / BD-FAE / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Lactobacillus plantarum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Ren, B. / Wu, M. / Wang, Q. / Peng, X. / Wen, H. / Chen, Q. / McKinstry, W.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of tannase from Lactobacillus plantarum.
著者: Ren, B. / Wu, M. / Wang, Q. / Peng, X. / Wen, H. / McKinstry, W.J. / Chen, Q.

履歴

登録	2013年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j0j.cif.gz	373 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j0j.ent.gz	306.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j0j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4j0j_validation.pdf.gz	457.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4j0j_full_validation.pdf.gz	466.7 KB	表示
XML形式データ	4j0j_validation.xml.gz	38.7 KB	表示
CIF形式データ	4j0j_validation.cif.gz	56.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/4j0j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/4j0j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4j0cC 4j0dC 4j0gC 4j0hC 4j0iC 4j0kC 4juiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jui-2 4j0d-1 4jui-1 4j0c-2 4p8n-1 4p8t-1 2c7f-2 6gja-d 3wa7-d 4atw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tannase

B: Tannase

ヘテロ分子

107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tannase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tannase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.251, 62.726, 83.466
Angle α, β, γ (deg.)	70.47, 86.55, 79.13
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Tannase 分子量: 53294.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (バクテリア) 遺伝子: tanLpl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3Y018
#2: 化合物	ChemComp-E35 / ethyl 3,5-dihydroxybenzoate / 3,5-ジヒドロキシ安息香酸エチル分子量: 182.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₀O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.5 % / 解説: STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL'S PAIRS
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M tri-sodium citrate pH 5.5, 20% PEG 3000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 281K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	最高解像度: 2 Å / Num. obs: 113748 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2→19.691 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.12 / FOM work R set: 0.8348 / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.22 / 位相誤差: 23.79 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2168	5659	5.01 %
R_work	0.1845	-	-
obs	0.1861	112872	96.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.668 Å² / k_sol: 0.426 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 123.74 Å² / B_iso mean: 33.1991 Å² / B_iso min: 11.77 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.7335 Å²	-4.1607 Å²	12.6453 Å²
2-	-	-16.5235 Å²	-4.8451 Å²
3-	-	-	-1.3844 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→19.691 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7172	0	26	501	7699

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	7453
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.917	10193
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.815	2651
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	1147
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1340

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2-2.0227	0.3178	217	0.2658	3471	93
2.0227-2.0465	0.3016	182	0.2574	3382	94
2.0465-2.0714	0.3044	200	0.2464	3488	94
2.0714-2.0976	0.2494	212	0.2417	3518	94
2.0976-2.1252	0.2508	171	0.2174	3473	94
2.1252-2.1543	0.2319	168	0.2233	3482	94
2.1543-2.185	0.2766	184	0.2163	3501	94
2.185-2.2176	0.2436	203	0.2115	3520	95
2.2176-2.2522	0.2428	169	0.2039	3550	96
2.2522-2.289	0.2486	189	0.2042	3535	95
2.289-2.3284	0.291	161	0.2025	3619	95
2.3284-2.3707	0.2302	184	0.1916	3490	96
2.3707-2.4162	0.227	226	0.1818	3593	96
2.4162-2.4655	0.2397	203	0.1794	3523	96
2.4655-2.519	0.2292	183	0.1843	3608	96
2.519-2.5774	0.232	210	0.1886	3596	97
2.5774-2.6418	0.2241	164	0.1792	3561	97
2.6418-2.713	0.2171	203	0.1827	3707	98
2.713-2.7926	0.2105	172	0.1887	3554	97
2.7926-2.8825	0.2256	204	0.1874	3659	98
2.8825-2.9852	0.1758	172	0.1763	3639	98
2.9852-3.1043	0.2239	182	0.173	3616	98
3.1043-3.245	0.2162	188	0.176	3603	98
3.245-3.4152	0.2265	185	0.1694	3623	98
3.4152-3.6279	0.2069	191	0.163	3687	98
3.6279-3.906	0.1958	194	0.1708	3685	98
3.906-4.2954	0.1797	181	0.1543	3594	98
4.2954-4.9086	0.1492	191	0.1533	3666	99
4.9086-6.1528	0.2017	186	0.1868	3634	98
6.1528-19.6924	0.1788	184	0.1787	3636	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5179	0.1767	0.0398	1.6485	0.3227	1.8121	0.0441	-0.0211	0.0708	0.1482	0.0318	-0.1427	-0.245	-0.0037	0.002	0.2644	0.0113	-0.0021	0.1427	0.0037	0.1399	27.5678	108.939	83.7433
2	0.8144	0.9954	0.4224	2.0908	0.7618	1.7792	-0.0933	0.0217	0.3086	-0.0881	-0.0981	0.5042	0.073	-0.3282	0.059	0.2077	0.0344	-0.0138	0.2122	-0.0163	0.2347	18.4495	89.4083	67.243
3	0.3794	0.1802	-0.2142	1.6183	0.0259	1.3393	-0.0278	0.0108	-0.0041	0.0661	0.0424	-0.0936	0.1231	-0.015	-0.0164	0.188	0.0278	-0.0188	0.1584	0.0027	0.1206	23.9518	85.0419	73.3173
4	0.4411	-0.1154	-0.1575	0.8963	0.3668	0.3221	-0.0285	0.0082	-0.1207	-0.1163	0.0138	-0.0969	0.0717	-0.0161	-0.0024	0.0992	0.0068	-0.0091	0.1597	-0.0029	0.165	39.2959	42.4589	34.372
5	0.0789	0.064	0.0053	0.9387	0.3122	0.1241	-0.0114	0.1291	-0.12	-0.5477	0.0705	0.1836	-0.037	-0.0182	0.0673	0.2611	-0.0127	-0.0958	0.2481	-0.0202	0.162	23.5839	69.1856	38.2149
6	0.3085	0.1985	-0.2104	0.2131	-0.1189	0.2132	0.187	0.071	-0.0048	-0.144	-0.0698	0.1167	0.0426	-0.0231	0.0131	0.3089	0.065	-0.0384	0.2251	-0.0393	0.207	22.93	69.0219	40.1278
7	0.5325	-0.0307	-0.1165	0.9772	0.1481	0.2721	0.0123	-0.038	0.0656	-0.1171	0.0332	-0.1006	-0.0651	0.0299	0.0103	0.1301	-0.0011	-0.0219	0.1969	-0.0081	0.154	36.191	66.6476	41.3061

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 0:188)	A	0 - 188
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 189:272)	A	189 - 272
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 273:469)	A	273 - 469
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 0:208)	B	0 - 208
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 209:235)	B	209 - 235
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 236:272)	B	236 - 272
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 273:469)	B	273 - 469

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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