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- PDB-4itu: Crystal structure of S-2-HYDROXYPROPYL COENZYME M DEHYDROGENASE (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4itu
タイトルCrystal structure of S-2-HYDROXYPROPYL COENZYME M DEHYDROGENASE (S-HPCDH) bound to S-HPC AND NADH
要素Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann Fold
機能・相同性
機能・相同性情報


2-(S)-hydroxypropyl-CoM dehydrogenase / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / quinone binding / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1HS / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / 2-(S)-hydroxypropyl-CoM dehydrogenase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthobacter autotrophicus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Bakelar, J.W. / Johnson, S.J.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2013
タイトル: Crystal structures of S-HPCDH reveal determinants of stereospecificity for R- and S-hydroxypropyl-coenzyme M dehydrogenases.
著者: Bakelar, J.W. / Sliwa, D.A. / Johnson, S.J.
履歴
登録2013年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月24日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
C: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
D: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,91412
ポリマ－108,4514
非ポリマー3,4638
水16,123895
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18500 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area29900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.048, 128.394, 58.394
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-608-

HOH

21B-475-

HOH

31D-582-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Short-chain dehydrogenase/reductase SDR


分子量: 27112.775 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthobacter autotrophicus (バクテリア)
株: PY2 / プラスミド: PET28-B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A7IQH5
#2: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#3: 化合物
ChemComp-1HS / 2-{[(2S)-2-hydroxypropyl]sulfanyl}ethanesulfonic acid / (S)-2-ヒドロキシプロピル-CoM


分子量: 200.276 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O4S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 895 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.35 M Ammonium Acetate, 27 % PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年1月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→35 Å / Num. all: 108385 / Num. obs: 108385 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 37
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.374 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 7306 / % possible all: 63.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4GH5

4gh5


解像度: 1.6→34.649 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1942 4998 4.99 %random
Rwork0.164 ---
obs0.1655 108385 90.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.073 Å2 / ksol: 0.43 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2318 Å20 Å20 Å2
2--0.4345 Å20 Å2
3----0.6663 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→34.649 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6977 0 220 895 8092
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077281
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1119890
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5062503
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0681204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041269
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.6180.2857870.25551658X-RAY DIFFRACTION23
1.618-1.6370.27041030.2411932X-RAY DIFFRACTION28
1.637-1.6570.24961420.21882239X-RAY DIFFRACTION32
1.657-1.67790.25821260.2042592X-RAY DIFFRACTION37
1.6779-1.70.25421600.19653031X-RAY DIFFRACTION43
1.7-1.72330.23581610.18023396X-RAY DIFFRACTION48
1.7233-1.74790.2181890.18193437X-RAY DIFFRACTION49
1.7479-1.7740.21891920.17713495X-RAY DIFFRACTION49
1.774-1.80170.20961930.17753489X-RAY DIFFRACTION50
1.8017-1.83130.1991660.17063537X-RAY DIFFRACTION50
1.8313-1.86280.21741790.1693507X-RAY DIFFRACTION50
1.8628-1.89670.22561670.17713540X-RAY DIFFRACTION50
1.8967-1.93320.29631690.22483522X-RAY DIFFRACTION50
1.9332-1.97260.20041780.17623555X-RAY DIFFRACTION50
1.9726-2.01550.20221880.17263516X-RAY DIFFRACTION50
2.0155-2.06240.20141990.17393773X-RAY DIFFRACTION54
2.0624-2.1140.18892230.17943900X-RAY DIFFRACTION56
2.114-2.17110.17172540.15694551X-RAY DIFFRACTION64
2.1711-2.2350.17442550.14355045X-RAY DIFFRACTION72
2.235-2.30710.1922740.17295253X-RAY DIFFRACTION75
2.3071-2.38960.17133140.1396053X-RAY DIFFRACTION86
2.3896-2.48520.21043270.14736350X-RAY DIFFRACTION90
2.4852-2.59830.19953310.156555X-RAY DIFFRACTION93
2.5983-2.73520.18553740.15536661X-RAY DIFFRACTION95
2.7352-2.90650.19873750.15726847X-RAY DIFFRACTION97
2.9065-3.13080.18513620.15576934X-RAY DIFFRACTION98
3.1308-3.44560.16683850.14657005X-RAY DIFFRACTION100
3.4456-3.94360.18243920.15616921X-RAY DIFFRACTION99
3.9436-4.96620.18483560.14687021X-RAY DIFFRACTION99
4.9662-34.6490.22083400.22067029X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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