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- PDB-4ips: Substrate and reaction specificity of Mycobacterium tuberculosis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ips
タイトルSubstrate and reaction specificity of Mycobacterium tuberculosis cytochrome P450 CYP121
要素Cytochrome P450 121
キーワードOXIDOREDUCTASE / protein-ligand complex / P450 fold / oxydase / cyclo-dipeptide
機能・相同性
機能・相同性情報


mycocyclosin synthase / cyclase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with oxidation of a pair of donors resulting in the reduction of molecular oxygen to two molecules of water / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / carbon monoxide binding / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / monooxygenase activity / oxidoreductase activity / iron ion binding ...mycocyclosin synthase / cyclase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with oxidation of a pair of donors resulting in the reduction of molecular oxygen to two molecules of water / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / carbon monoxide binding / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / monooxygenase activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(3S,6S)-3,6-bis(4-hydroxybenzyl)piperazin-2-one / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Mycocyclosin synthase / Mycocyclosin synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Fonvielle, M. / LeDu, M.H. / Lequin, O. / Lecoq, A. / Jacquet, M. / Thai, R. / Dubois, S. / Grach, G. / Gondry, M. / Belin, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Substrate and Reaction Specificity of Mycobacterium tuberculosis Cytochrome P450 CYP121: INSIGHTS FROM BIOCHEMICAL STUDIES AND CRYSTAL STRUCTURES.
著者: Fonvielle, M. / Le Du, M.H. / Lequin, O. / Lecoq, A. / Jacquet, M. / Thai, R. / Dubois, S. / Grach, G. / Gondry, M. / Belin, P.
履歴
登録2013年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月8日Group: Database references
改定 1.22013年7月3日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 121
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,84811
ポリマ－43,1751
非ポリマー1,67410
水10,719595
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Cytochrome P450 121
ヘテロ分子

A: Cytochrome P450 121
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,69622
ポリマ－86,3492
非ポリマー3,34720
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/61
Buried area8790 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area30470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.300, 77.300, 261.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-994-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytochrome P450 121 / Cytochrome P450 MT2


分子量: 43174.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: cyp121, Rv2276, MT2336, MTCY339.34c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A514, UniProt: P9WPP7*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する

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非ポリマー , 5種, 605分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-1G4 / (3S,6S)-3,6-bis(4-hydroxybenzyl)piperazin-2-one


分子量: 312.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H20N2O3
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 595 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.98 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: Ammonium Sulfate 2.2 M, Na Mes 0.1 M, pH 5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月31日
放射モノクロメーター: monochromator crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→18 Å / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 11.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042
反射 シェル解像度: 1.2→1.27 Å / Rmerge(I) obs: 0.281 / Num. unique all: 343052 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
FFTモデル構築
BUSTER2.8.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
FFT位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.2→17.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9645 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9638 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.171 7182 5 %RANDOM
Rwork0.1582 ---
all0.1588 ---
obs0.1588 143638 --
原子変位パラメータBiso mean: 16.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2659 Å20 Å20 Å2
2---0.2659 Å20 Å2
3---0.5317 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→17.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3031 0 112 595 3738
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013264HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.014448HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1121SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes82HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes482HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3264HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.29
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.79
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.23 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1664 508 5 %
Rwork0.1618 9654 -
all0.1621 10162 -
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.2756 Å / Origin y: 21.4693 Å / Origin z: -11.257 Å
111213212223313233
T0.0086 Å20.0047 Å20.0076 Å2--0.0308 Å2-0.0016 Å2---0.0189 Å2
L0.1194 °2-0.015 °2-0.0088 °2-0.2175 °20.0157 °2--0.232 °2
S0.02 Å °0.0069 Å °0.0154 Å °0.0035 Å °0.0036 Å °-0.0161 Å °-0.0681 Å °0.0105 Å °-0.0236 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|3 - A|396 A|401 - A|401 }A3 - 396
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|3 - A|396 A|401 - A|401 }A401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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