PDB-4ibe: Ebola virus VP35 bound to small molecule

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ibe

タイトル

Ebola virus VP35 bound to small molecule

要素

Polymerase cofactor VP35

キーワード

TRANSCRIPTION/TRANSCRIPTION inhibitor / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / interferon inhibitor domain / TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

suppression by virus of host cytokine production / symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / suppression by virus of host type I interferon production / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / positive regulation of protein sumoylation / molecular sequestering activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Ebola virus (エボラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Brown, C.S. / Leung, D.W. / Xu, W. / Borek, D.M. / Otwinowski, Z. / Ramanan, P. / Stubbs, A.J. / Peterson, D.S. / Binning, J.M. / Amarasinghe, G.K. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: In Silico Derived Small Molecules Bind the Filovirus VP35 Protein and Inhibit Its Polymerase Cofactor Activity.
著者: Brown, C.S. / Lee, M.S. / Leung, D.W. / Wang, T. / Xu, W. / Luthra, P. / Anantpadma, M. / Shabman, R.S. / Melito, L.M. / Macmillan, K.S. / Borek, D.M. / Otwinowski, Z. / Ramanan, P. / Stubbs, ...

履歴

登録	2012年12月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月14日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ibe.cif.gz	117.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ibe.ent.gz	91.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ibe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ibe_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ibe_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4ibe_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	4ibe_validation.cif.gz	19 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/4ibe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/4ibe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ibbC 4ibcC 4ibdC 4ibfC 4ibgC 4ibiC 4ibjC 4ibkC 4ibh PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ibf-1 4ibc-2 4ibj-2 3fke-1 4ibd-1 5bpv-1 4ibc-1 3l29-1 4ibj-1 3leg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#178 - 2014年10月エボラウイルスタンパク質 (Ebola Virus Proteins) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Polymerase cofactor VP35

B: Polymerase cofactor VP35

ヘテロ分子

29.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polymerase cofactor VP35

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
14.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Polymerase cofactor VP35

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.570, 65.509, 72.157
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Polymerase cofactor VP35 分子量: 14210.523 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 215-340 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス) / 株: Mayinga-76 / 遺伝子: VP35 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05127
#2: 化合物	ChemComp-11Y / 5-[(2R)-3-benzoyl-2-(4-bromothiophen-2-yl)-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]-2-chlorobenzoic acid 分子量: 518.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₃BrClNO₅S
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979237 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979237 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 17475 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.95-1.98	3.3	0.862	1	94.5
1.98-2.02	3.5	0.776	1	95.1
2.02-2.06	3.7	0.673	1	96.5
2.06-2.1	3.9	0.582	1	95.8
2.1-2.15	4.2	0.538	1	95.1
2.15-2.2	4.3	0.491	1	96.1
2.2-2.25	4.4	0.431	1	95.2
2.25-2.31	4.5	0.386	1	94.8
2.31-2.38	4.6	0.334	1	94.5
2.38-2.46	4.6	0.285	1	94.7
2.46-2.54	4.6	0.251	1	93.8
2.54-2.65	4.6	0.202	1	94.1
2.65-2.77	4.6	0.176	1	93.6
2.77-2.91	4.7	0.137	1	92.6
2.91-3.1	4.7	0.119	1	93.7
3.1-3.33	4.7	0.095	1	92.7
3.33-3.67	4.8	0.074	1	92.2
3.67-4.2	4.8	0.058	1	91.7
4.2-5.29	4.7	0.052	1	90.6
5.29-50	4.9	0.052	1	86

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-3000		データ収集
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→48.502 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.16 / SU R Cruickshank DPI: 0.2719 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.15 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2326	1498	9.93 %
R_work	0.1825	-	-
obs	0.1874	15087	80.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.7313 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→48.502 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1917	0	68	163	2148

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2085
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2	2843
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.467	821
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	306
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	376

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9358-1.9983	0.2765	81	0.205	596	X-RAY DIFFRACTION	40
1.9983-2.0697	0.264	77	0.2062	836	X-RAY DIFFRACTION	55
2.0697-2.1526	0.2148	115	0.198	1022	X-RAY DIFFRACTION	68
2.1526-2.2505	0.2638	134	0.2017	1176	X-RAY DIFFRACTION	77
2.2505-2.3692	0.2389	141	0.1947	1315	X-RAY DIFFRACTION	87
2.3692-2.5176	0.2855	142	0.1969	1434	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5176-2.712	0.24	145	0.2019	1448	X-RAY DIFFRACTION	94
2.712-2.9849	0.2472	177	0.1884	1426	X-RAY DIFFRACTION	93
2.9849-3.4167	0.2204	144	0.1722	1445	X-RAY DIFFRACTION	93
3.4167-4.3043	0.1989	175	0.1532	1431	X-RAY DIFFRACTION	92
4.3043-48.5175	0.2383	167	0.1866	1460	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4063	2.9993	-2.5386	7.4819	-0.986	2.704	-0.4314	0.753	-0.9429	-0.4743	0.297	0.2742	0.4408	-0.1959	0.015	0.2629	-0.0057	-0.0253	0.2471	-0.0528	0.2628	1.9543	22.5283	-12.2789
2	6.1445	-1.5183	0.0556	0.9682	-0.2983	2.5041	0.0486	0.2569	-0.1697	0.055	0.0186	0.1018	-0.171	-0.0252	-0.0224	0.115	-0.0238	0.0061	0.1223	-0.0261	0.1029	3.2349	29.1187	-8.4005
3	5.1565	1.4843	-4.7451	2.232	-0.7289	5.1358	0.1654	0.6035	0.7362	-0.2038	0.2557	0.2516	-0.5567	0.0138	-0.4167	0.1786	-0.0379	-0.0079	0.2107	0.04	0.2322	7.966	36.8719	-10.0172
4	9.4241	-5.2123	1.2148	7.8159	-2.7018	5.0076	-0.1507	-0.5254	-0.2595	0.6936	0.0952	0.1247	0.2865	-0.0635	0.0416	0.2674	-0.1033	0.0456	0.2631	-0.0298	0.172	5.0507	27.8885	5.2617
5	5.1575	2.0724	2.4132	3.5628	-0.141	6.7759	0.0049	-0.0774	0.3458	0.6647	-0.0991	-0.1319	0.3094	0.1818	0.1519	0.2228	-0.0242	-0.0048	0.2093	0.0104	0.1168	14.0871	31.0686	7.0997
6	5.7959	-1.5917	2.1795	8.7246	-5.396	3.9413	0.0627	-0.3574	0.0471	0.8352	0.1214	0.3761	-0.2045	-0.4975	-0.1753	0.2818	-0.0501	0.0525	0.2713	-0.0658	0.1383	9.2789	30.0227	8.4818
7	6.5595	-4.6543	0.8015	6.3978	-0.4532	5.584	0.1898	0.4256	-0.2125	0.1614	-0.2541	-0.1927	0.3864	0.1488	0.0749	0.2356	0.0291	-0.0379	0.1954	0.0502	0.2408	-1.8081	21.782	34.8772
8	6.4959	0.5706	-0.0056	1.5787	1.4491	4.3647	-0.0172	0.0522	-0.3084	-0.0271	0.0591	-0.109	-0.0151	0.1618	-0.0356	0.1144	0.0225	-0.0046	0.0662	0.0402	0.1355	-3.2336	28.3517	31.1043
9	6.8466	0.1035	-3.6599	0.8979	0.3172	6.1118	0.1127	-0.5938	0.4853	0.0325	0.0544	-0.1552	-0.3017	0.2328	-0.2147	0.1188	0.0277	0.0138	0.0956	-0.0244	0.2098	-4.6866	37.1473	30.0396
10	5.6802	3.1479	3.2337	7.9553	4.3897	4.9175	-0.3435	1.0584	-0.0654	-0.3573	-0.0877	0.0224	0.0059	0.1497	0.0708	0.2611	-0.0183	0.0344	0.1746	-0.1183	0.1519	-9.2412	20.8706	14.1439
11	4.614	-5.5753	1.233	8.4732	2.3834	8.9168	0.24	-0.5885	-0.3569	0.3848	-0.2239	1.2419	0.936	-0.6382	0.0816	0.1978	-0.0835	0.01	0.3833	0.0265	0.2965	-19.0108	24.1335	20.2294
12	5.9145	5.9944	1.6667	8.3326	0.2657	2.0833	0.0523	-0.2042	0.581	0.0487	-0.1208	0.3299	-0.6238	0.1714	0.2187	0.2325	-0.0098	0.0076	0.1897	0.0109	0.2691	-10.2825	36.1679	12.8272
13	6.495	0.5882	1.0326	5.0467	4.171	3.555	0.1351	0.1922	0.0798	-0.42	0.0421	-0.1818	-0.3588	-0.1463	-0.2529	0.2237	0.005	0.0226	0.1657	0.0553	0.1667	-9.2691	29.9328	14.6309

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 218 through 231 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 232 through 269 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 270 through 283 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 284 through 304 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 305 through 319 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 320 through 340 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 217 through 231 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 232 through 268 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 269 through 292 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 293 through 304 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 305 through 310 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 311 through 319 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 320 through 340 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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