ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
---|
XSCALE | | データスケーリング | | PHENIX | 1.7.1_743精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | | Blu-Ice | | データ収集 | | PHENIX | | 位相決定 | | |
|
---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4E97 解像度: 1.52→48.512 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.9013 / SU ML: 0.36 / σ(F): 2 / 位相誤差: 17.39 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
---|
Rfree | 0.1903 | 2170 | 3.99 % | RANDOM |
---|
Rwork | 0.1695 | - | - | - |
---|
obs | 0.1704 | 54399 | 93.4 % | - |
---|
|
---|
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.393 Å2 / ksol: 0.386 e/Å3 |
---|
原子変位パラメータ | Biso max: 47.82 Å2 / Biso mean: 15.1411 Å2 / Biso min: 4.1 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
---|
1- | -0.8163 Å2 | -0 Å2 | 1.1031 Å2 |
---|
2- | - | -0.0067 Å2 | -0 Å2 |
---|
3- | - | - | 0.823 Å2 |
---|
|
---|
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.52→48.512 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
---|
原子数 | 2752 | 0 | 86 | 335 | 3173 |
---|
|
---|
拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
---|
X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.01 | 2952 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.272 | 3986 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.078 | 435 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.006 | 515 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d12.94 | 1101 | | | | | |
|
---|
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
---|
1.52-1.5554 | 0.2498 | 153 | 0.2246 | 3586 | 3739 | 97 | 1.5554-1.5943 | 0.2252 | 149 | 0.2011 | 3618 | 3767 | 98 | 1.5943-1.6374 | 0.2272 | 155 | 0.192 | 3577 | 3732 | 97 | 1.6374-1.6856 | 0.2348 | 141 | 0.186 | 3590 | 3731 | 96 | 1.6856-1.74 | 0.204 | 154 | 0.1719 | 3565 | 3719 | 96 | 1.74-1.8022 | 0.2124 | 145 | 0.1727 | 3583 | 3728 | 96 | 1.8022-1.8743 | 0.2136 | 146 | 0.167 | 3515 | 3661 | 95 | 1.8743-1.9596 | 0.2232 | 144 | 0.1727 | 3511 | 3655 | 95 | 1.9596-2.0629 | 0.1964 | 146 | 0.1615 | 3485 | 3631 | 94 | 2.0629-2.1922 | 0.1909 | 141 | 0.158 | 3513 | 3654 | 93 | 2.1922-2.3614 | 0.179 | 140 | 0.1648 | 3421 | 3561 | 92 | 2.3614-2.5991 | 0.2029 | 140 | 0.1653 | 3372 | 3512 | 90 | 2.5991-2.9751 | 0.1866 | 138 | 0.1745 | 3344 | 3482 | 90 | 2.9751-3.7481 | 0.17 | 144 | 0.1656 | 3299 | 3443 | 88 | 3.7481-48.5365 | 0.1481 | 134 | 0.1573 | 3250 | 3384 | 85 |
|
---|
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
---|
1 | 0.5432 | -0.0627 | 0.1272 | 0.7961 | 0.1817 | 0.7002 | -0.0038 | -0.0901 | 0.079 | 0.0571 | 0.0224 | 0.0426 | -0.0737 | -0.0455 | -0.008 | 0.0698 | 0.009 | 0.0012 | 0.076 | -0.0042 | 0.0507 | 6.5325 | 13.993 | 10.2337 | 2 | 0.4032 | 0.2179 | 0.1162 | 0.6437 | 0.3051 | 0.5114 | -0.0011 | 0.0308 | -0.0327 | -0.0213 | 0.0339 | -0.0089 | 0.0551 | -0.0035 | -0.0169 | 0.0562 | -0.0009 | -0.0068 | 0.0591 | 0.0045 | 0.0387 | 30.4915 | 20.5648 | -9.2795 |
|
---|
精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
---|
1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain A and resid -10:210 | A-10 - 210 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain B and resid -9:207 | B-9 - 207 | | |
|
---|