+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hjl | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Naphthalene 1,2-Dioxygenase bound to 1-chloronaphthalene | ||||||
Components | (Naphthalene 1,2-dioxygenase subunit ...) x 2 | ||||||
Keywords | Oxidoreductase/Oxidoreductase inhibitor / Oxidoreductase-Oxidoreductase inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information naphthalene 1,2-dioxygenase / naphthalene 1,2-dioxygenase activity / 3-phenylpropionate catabolic process / catabolic process / dioxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas sp. (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Ferraro, D.J. / Ramaswamy, S. | ||||||
Citation | Journal: Iucrj / Year: 2017 Title: One enzyme, many reactions: structural basis for the various reactions catalyzed by naphthalene 1,2-dioxygenase. Authors: Ferraro, D.J. / Okerlund, A. / Brown, E. / Ramaswamy, S. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4hjl.cif.gz | 285 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4hjl.ent.gz | 227.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4hjl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4hjl_validation.pdf.gz | 486 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4hjl_full_validation.pdf.gz | 489 KB | Display | |
Data in XML | 4hjl_validation.xml.gz | 37.9 KB | Display | |
Data in CIF | 4hjl_validation.cif.gz | 56.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/4hjl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/4hjl | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4hkvC 4hm0C 4hm2C 4hm3C 4hm4C 4hm5C 4hm6C 4hm7C 4hm8C C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
-Naphthalene 1,2-dioxygenase subunit ... , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 49290.969 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas sp. (bacteria) / Strain: NCIB 9816-4 / Gene: doxB, NC_004999.1 / Plasmid: pDTG121 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)STAR / References: UniProt: P0A111, naphthalene 1,2-dioxygenase |
---|---|
#2: Protein | Mass: 22706.699 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas sp. (bacteria) / Strain: NCIB 9816-4 / Gene: doxD, NC_004999.1 / Plasmid: pDTG121 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)STAR / References: UniProt: P0A113, naphthalene 1,2-dioxygenase |
-Non-polymers , 6 types, 859 molecules
#3: Chemical | ChemComp-FES / | ||||
---|---|---|---|---|---|
#4: Chemical | ChemComp-FE / | ||||
#5: Chemical | ChemComp-15O / | ||||
#6: Chemical | ChemComp-EDO / #7: Chemical | ChemComp-SO4 / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 54.91 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 279.15 K / Method: vapor diffusion / pH: 5 Details: 1.9-2.2 M AMMONIUM SULFATE, 4-6%, DIOXANE, 0.1 M MES, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 279.15K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-ID / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Jul 1, 2005 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→44.74 Å / Num. all: 883187 / Num. obs: 124836 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.07 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 11.9 / Scaling rejects: 6674 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5→44.74 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8986 / SU ML: 0.13 / σ(F): 0.73 / Phase error: 16.96 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 65.7 Å2 / Biso mean: 18.2655 Å2 / Biso min: 2.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→44.74 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
|