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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hf4 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of PDE10A with a biaryl ether inhibitor (1-(1-(3-(4-(benzo[d]thiazol-2-ylamino)phenoxy)pyrazin-2-yl)piperidin-4-yl)ethanol) | ||||||
![]() | cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PDE10A / phosphodiesterase 10A / biaryl ethers / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP binding / cAMP-mediated signaling / G alpha (s) signalling events / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chmait, S. / Jordan, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Discovery of selective biaryl ethers as PDE10A inhibitors: Improvement in potency and mitigation of Pgp-mediated efflux. 著者: Rzasa, R.M. / Hu, E. / Rumfelt, S. / Chen, N. / Andrews, K.L. / Chmait, S. / Falsey, J.R. / Zhong, W. / Jones, A.D. / Porter, A. / Louie, S.W. / Zhao, X. / Treanor, J.J. / Allen, J.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 269.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 229.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 962.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 967.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 36857.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase |
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-非ポリマー , 5種, 537分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/15H.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/15H.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.09 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6M Ammonium Sulfate, 0.1M MES monohydrate, 10% v/v 1,4-Dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月2日 |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0001 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 89616 / Num. obs: 89599 / % possible obs: 99.98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.435 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.002→2.054 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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