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- PDB-4hcy: Structure of a eukaryotic thiaminase-I bound to the thiamin analo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hcy
タイトルStructure of a eukaryotic thiaminase-I bound to the thiamin analogue 3-deazathiamin
要素thiaminase-I
キーワードTRANSFERASE / thiamine pyridinylase
機能・相同性
機能・相同性情報


transketolase / transketolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #220 / Transketolase, bacterial-like / Transketolase family / Transketolase signature 1. / Transketolase, thiamine diphosphate binding domain / Transketolase binding site / Transketolase signature 2. / Transketolase, N-terminal / Transketolase, C-terminal domain / Transketolase, C-terminal domain ...D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #220 / Transketolase, bacterial-like / Transketolase family / Transketolase signature 1. / Transketolase, thiamine diphosphate binding domain / Transketolase binding site / Transketolase signature 2. / Transketolase, N-terminal / Transketolase, C-terminal domain / Transketolase, C-terminal domain / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamin diphosphate-binding fold / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0YN / transketolase
類似検索 - 構成要素
生物種Naegleria gruberi (グルーバーネグレリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Kreinbring, C.A. / Hubbard, P.A. / Leeper, F.J. / Hawksley, D. / Petsko, G.A. / Ringe, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structure of a eukaryotic thiaminase I.
著者: Kreinbring, C.A. / Remillard, S.P. / Hubbard, P. / Brodkin, H.R. / Leeper, F.J. / Hawksley, D. / Lai, E.Y. / Fulton, C. / Petsko, G.A. / Ringe, D.
履歴
登録2012年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: thiaminase-I
B: thiaminase-I
C: thiaminase-I
D: thiaminase-I
E: thiaminase-I
F: thiaminase-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,29112
ポリマ－235,7116
非ポリマー1,5806
水00
1
A: thiaminase-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5482
ポリマ－39,2851
非ポリマー2631
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: thiaminase-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5482
ポリマ－39,2851
非ポリマー2631
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: thiaminase-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5482
ポリマ－39,2851
非ポリマー2631
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: thiaminase-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5482
ポリマ－39,2851
非ポリマー2631
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: thiaminase-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5482
ポリマ－39,2851
非ポリマー2631
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: thiaminase-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5482
ポリマ－39,2851
非ポリマー2631
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.09, 201.86, 305.24
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質
thiaminase-I


分子量: 39285.109 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Naegleria gruberi (グルーバーネグレリア)
遺伝子: NAEGRDRAFT_78612 / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR(DE3)(recA-) / 参照: UniProt: D2V4Z5, thiamine pyridinylase
#2: 化合物
ChemComp-0YN / 2-{4-[(4-amino-2-methylpyrimidin-5-yl)methyl]-3-methylthiophen-2-yl}ethanol / 3-デアザチアミン


分子量: 263.359 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H17N3OS

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.7 M ammonium sulfate, 15% (v/v) glycerol, 1.7% (v/v) PEG 400, 85 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月18日 / 詳細: Bent conical Si-mirror (Rh coated)
放射モノクロメーター: Bent Ge(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→42.09 Å / Num. obs: 82491 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.098
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 11.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 7898 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 4HCW

4hcw


解像度: 2.75→42.09 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2673 4123 5 %random
Rwork0.2316 ---
obs0.2334 82402 98.46 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.369 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.0919 Å20 Å2-0 Å2
2--17.4221 Å20 Å2
3----7.3303 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→42.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16339 0 108 0 16447
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00216758
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66922788
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0466096
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0412653
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032924
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7497-2.78210.39041480.36562532X-RAY DIFFRACTION94
2.7821-2.8160.38561520.34882575X-RAY DIFFRACTION94
2.816-2.85160.38311190.34582597X-RAY DIFFRACTION96
2.8516-2.88910.40611030.32942619X-RAY DIFFRACTION95
2.8891-2.92870.38451330.32522631X-RAY DIFFRACTION96
2.9287-2.97050.3851210.31932629X-RAY DIFFRACTION96
2.9705-3.01490.36771300.32212620X-RAY DIFFRACTION97
3.0149-3.0620.34811580.31122654X-RAY DIFFRACTION97
3.062-3.11210.351570.30242613X-RAY DIFFRACTION98
3.1121-3.16580.35781460.29862693X-RAY DIFFRACTION98
3.1658-3.22330.34311420.29142665X-RAY DIFFRACTION99
3.2233-3.28530.30891450.28832683X-RAY DIFFRACTION99
3.2853-3.35230.33221510.28252693X-RAY DIFFRACTION99
3.3523-3.42520.36141380.27842698X-RAY DIFFRACTION99
3.4252-3.50480.34731400.28252720X-RAY DIFFRACTION100
3.5048-3.59240.32761330.26342733X-RAY DIFFRACTION100
3.5924-3.68950.271330.24692716X-RAY DIFFRACTION100
3.6895-3.7980.2691550.23512738X-RAY DIFFRACTION100
3.798-3.92050.25121500.21252723X-RAY DIFFRACTION100
3.9205-4.06050.25831520.20972737X-RAY DIFFRACTION100
4.0605-4.2230.19291440.20242735X-RAY DIFFRACTION100
4.223-4.4150.24141370.19022749X-RAY DIFFRACTION100
4.415-4.64750.20781360.17452756X-RAY DIFFRACTION100
4.6475-4.93820.20861560.1882748X-RAY DIFFRACTION100
4.9382-5.31880.26091480.20232758X-RAY DIFFRACTION100
5.3188-5.85280.2521370.21472784X-RAY DIFFRACTION100
5.8528-6.69680.25451400.21552807X-RAY DIFFRACTION100
6.6968-8.42610.21581580.18152793X-RAY DIFFRACTION100
8.4261-42.09770.20291610.19042880X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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