PDB-4h3j: Structure of BACE Bound to 2-fluoro-5-(5-(2-imino-3-methyl-4-oxo-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h3j

タイトル

Structure of BACE Bound to 2-fluoro-5-(5-(2-imino-3-methyl-4-oxo-6-phenyloctahydro-1H-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-7a-yl)thiophen-2-yl)benzonitrile

要素

Beta-secretase 1

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / BACE1 / Alzheimers / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Strickland, C. / Mandal, M.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Design and Validation of Bicyclic Iminopyrimidinones As Beta Amyloid Cleaving Enzyme-1 (BACE1) Inhibitors: Conformational Constraint to Favor a Bioactive Conformation.
著者: Mandal, M. / Zhu, Z. / Cumming, J.N. / Liu, X. / Strickland, C. / Mazzola, R.D. / Caldwell, J.P. / Leach, P. / Grzelak, M. / Hyde, L. / Zhang, Q. / Terracina, G. / Zhang, L. / Chen, X. / ...

履歴

登録	2012年9月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月21日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h3j.cif.gz	189.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h3j.ent.gz	147.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4h3j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4h3j_validation.pdf.gz	1000 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4h3j_full_validation.pdf.gz	1006.7 KB	表示
XML形式データ	4h3j_validation.xml.gz	39.1 KB	表示
CIF形式データ	4h3j_validation.cif.gz	60.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/4h3j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/4h3j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4h1eC 4h3fC 4h3gC 4h3iC 4ha5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fs4-3 2g94-2 5he4-1 3l5c-1 5hu0-2 4ha5-1 4trw-3 3r2f-4 6bfw-2 4frs-1 4djy-1 5t1u-d 3lpj-2 3l5b-2 3lpi-2 4h3f-1 4djw-1 1xn3-2 3l5c-2 3l59-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (5) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-secretase 1

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

93.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.568, 89.462, 131.091
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / ASP2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta- ...Aspartyl protease 2 / ASP2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2 分子量: 46249.926 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 41-454 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE, BACE1, KIAA1149 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 化合物	ChemComp-10W / 2-fluoro-5-{5-[(2E,4aR,7aR)-2-imino-3-methyl-4-oxo-6-phenyloctahydro-7aH-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-7a-yl]thiophen-2-yl}benzonitrile 分子量: 445.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₀FN₅OS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 961 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.17 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 133870 / Num. obs: 131365 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 10

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.6-1.63	5.5	0.455	6395	1	1	97.2
1.63-1.66	5.5	0.398	6457	0.998	1	97.2
1.66-1.69	5.5	0.343	6433	1	1	97.4
1.69-1.72	5.5	0.311	6500	1.004	1	97.5
1.72-1.76	5.6	0.262	6449	1.002	1	97.8
1.76-1.8	5.6	0.23	6567	1.002	1	98.3
1.8-1.85	5.6	0.193	6484	1.001	1	98.2
1.85-1.9	5.6	0.168	6522	1	1	98.6
1.9-1.95	5.7	0.139	6559	1	1	98.3
1.95-2.02	5.7	0.115	6572	1	1	98.5
2.02-2.09	5.7	0.103	6546	1	1	98.7
2.09-2.17	5.7	0.093	6627	1	1	99
2.17-2.27	5.7	0.085	6622	1	1	99.2
2.27-2.39	5.7	0.08	6637	1	1	99.5
2.39-2.54	5.7	0.074	6671	1	1	99.5
2.54-2.73	5.7	0.067	6712	1	1	99.6
2.73-3.01	5.7	0.06	6678	1	1	99.2
3.01-3.44	5.6	0.054	6688	1	1	98.7
3.44-4.33	5.3	0.049	6644	1	1	97.2
4.33-20	5.2	0.045	6602	1.001	1	93.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
StructureStudio		データ収集
DENZO		データ削減
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.6→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8573 / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2099	6609	4.9 %
R_work	0.1834	-	-
all	-	133870	-
obs	-	131300	97.7 %

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.96 Å² / B_iso mean: 19.1447 Å² / B_iso min: 5.28 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.109 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.698 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.588 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6112	0	94	961	7167

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.558

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.6-1.61	0.2608	92	0.2346	1904	1996
1.61-1.62	0.244	120	0.2307	2480	2600
1.62-1.63	0.2465	149	0.2274	2426	2575
1.63-1.65	0.2953	123	0.2295	2445	2568
1.65-1.66	0.2666	140	0.2198	2504	2644
1.66-1.67	0.2251	119	0.2068	2443	2562
1.67-1.68	0.2419	145	0.2194	2425	2570
1.68-1.7	0.2498	119	0.2142	2503	2622
1.7-1.71	0.2292	130	0.2092	2452	2582
1.71-1.72	0.2159	143	0.2046	2472	2615
1.72-1.74	0.2545	108	0.2045	2489	2597
1.74-1.75	0.2627	136	0.2094	2491	2627
1.75-1.77	0.2476	129	0.199	2466	2595
1.77-1.79	0.2565	123	0.2014	2459	2582
1.79-1.8	0.231	138	0.1861	2503	2641
1.8-1.82	0.2256	111	0.1865	2491	2602
1.82-1.84	0.2147	135	0.1848	2492	2627
1.84-1.86	0.2268	133	0.1888	2515	2648
1.86-1.88	0.2117	146	0.1836	2486	2632
1.88-1.9	0.2229	124	0.1852	2499	2623
1.9-1.92	0.2455	140	0.1834	2493	2633
1.92-1.94	0.1724	137	0.1677	2494	2631
1.94-1.96	0.2012	142	0.1688	2484	2626
1.96-1.99	0.2171	124	0.1698	2515	2639
1.99-2.02	0.1948	120	0.1767	2519	2639
2.02-2.04	0.1883	136	0.1682	2486	2622
2.04-2.07	0.2013	124	0.1795	2539	2663
2.07-2.1	0.1978	137	0.187	2501	2638
2.1-2.14	0.216	140	0.185	2492	2632
2.14-2.17	0.2276	126	0.1791	2551	2677
2.17-2.21	0.2143	137	0.1791	2502	2639
2.21-2.25	0.2477	134	0.1814	2526	2660
2.25-2.29	0.2117	122	0.1798	2556	2678
2.29-2.34	0.2192	130	0.1807	2554	2684
2.34-2.39	0.2395	131	0.185	2520	2651
2.39-2.45	0.2123	123	0.1771	2562	2685
2.45-2.51	0.2103	136	0.1788	2540	2676
2.51-2.57	0.1806	146	0.1759	2542	2688
2.57-2.65	0.2186	154	0.1783	2539	2693
2.65-2.74	0.2088	130	0.1764	2552	2682
2.74-2.83	0.1896	135	0.1782	2547	2682
2.83-2.95	0.24	131	0.1898	2534	2665
2.95-3.08	0.2343	142	0.1948	2578	2720
3.08-3.24	0.2211	135	0.1875	2526	2661
3.24-3.45	0.2169	158	0.1893	2545	2703
3.45-3.71	0.1613	142	0.1644	2533	2675
3.71-4.09	0.1543	159	0.1506	2519	2678
4.09-4.68	0.1698	128	0.154	2499	2627
4.68-5.89	0.2144	127	0.19	2545	2672
5.89-500.01	0.2336	120	0.2259	2453	2573

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	MSI_CNX_TOPPAR:protein_rep.param	MSI_CNX_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	MSI_CNX_TOPPAR:water_rep.param	MSI_CNX_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION	3	MSI_CNX_TOPPAR:ion.param	MSI_CNX_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION	4	paratartrate.pro	toptartrate.pro
X-RAY DIFFRACTION	5	inh.pro	inh.pro

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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