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- PDB-4h3i: Structure of BACE Bound to 3-(5-((7aR)-2-imino-6-(3-methoxypyridi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h3i
タイトルStructure of BACE Bound to 3-(5-((7aR)-2-imino-6-(3-methoxypyridin-2-yl)-3-methyl-4-oxooctahydro-1H-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-7a-yl)thiophen-3-yl)benzonitrile
要素Beta-secretase 1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / BACE1 / Alzheimers / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid-beta formation / amyloid precursor protein catabolic process / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid-beta formation / amyloid precursor protein catabolic process / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / response to insulin-like growth factor stimulus / cellular response to manganese ion / multivesicular body / swimming behavior / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / cellular response to copper ion / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / protein serine/threonine kinase binding / trans-Golgi network / protein processing / recycling endosome / response to lead ion / cellular response to amyloid-beta / synaptic vesicle / late endosome / peptidase activity / positive regulation of neuron apoptotic process / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / early endosome / lysosome / endosome membrane / endosome / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / axon / neuronal cell body / dendrite / enzyme binding / cell surface / Golgi apparatus / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-10V / L(+)-TARTARIC ACID / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Strickland, C. / Mandal, M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Design and Validation of Bicyclic Iminopyrimidinones As Beta Amyloid Cleaving Enzyme-1 (BACE1) Inhibitors: Conformational Constraint to Favor a Bioactive Conformation.
著者: Mandal, M. / Zhu, Z. / Cumming, J.N. / Liu, X. / Strickland, C. / Mazzola, R.D. / Caldwell, J.P. / Leach, P. / Grzelak, M. / Hyde, L. / Zhang, Q. / Terracina, G. / Zhang, L. / Chen, X. / ...著者: Mandal, M. / Zhu, Z. / Cumming, J.N. / Liu, X. / Strickland, C. / Mazzola, R.D. / Caldwell, J.P. / Leach, P. / Grzelak, M. / Hyde, L. / Zhang, Q. / Terracina, G. / Zhang, L. / Chen, X. / Kuvelkar, R. / Kennedy, M.E. / Favreau, L. / Cox, K. / Orth, P. / Buevich, A. / Voigt, J. / Wang, H. / Kazakevich, I. / McKittrick, B.A. / Greenlee, W. / Parker, E.M. / Stamford, A.W.
履歴
登録2012年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-secretase 1
B: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8677
ポリマ－92,5002
非ポリマー1,3675
水15,457858
1
A: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8593
ポリマ－46,2501
非ポリマー6092
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0094
ポリマ－46,2501
非ポリマー7593
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.318, 89.707, 131.243
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / ASP2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta- ...Aspartyl protease 2 / ASP2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2


分子量: 46249.926 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 41-454 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE, BACE1, KIAA1149 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID


分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 化合物 ChemComp-10V / 3-{5-[(2E,4aR,7aR)-2-imino-6-(3-methoxypyridin-2-yl)-3-methyl-4-oxooctahydro-7aH-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-7a-yl]thiophen-3-yl}benzonitrile


分子量: 458.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H22N6O2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 858 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.22 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→20 Å / Num. all: 73680 / Num. obs: 73604 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.96-1.995.50.49236071199.9
1.99-2.035.50.43436451.0011100
2.03-2.075.60.378362111100
2.07-2.115.60.33836561.002199.9
2.11-2.165.60.32236251.0011100
2.16-2.215.60.27836671.0011100
2.21-2.265.60.256363311100
2.26-2.325.60.234364911100
2.32-2.395.70.219365311100
2.39-2.475.60.199365311100
2.47-2.565.70.182367611100
2.56-2.665.70.15836591.0011100
2.66-2.785.70.138368011100
2.78-2.935.70.116366811100
2.93-3.115.80.1371211100
3.11-3.355.80.079368611100
3.35-3.685.90.065370811100
3.68-4.215.90.05237451199.9
4.21-5.295.90.04537791199.9
5.29-205.90.04238821198.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
StructureStudioデータ収集
DENZOデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.96→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.764 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2542 3701 5 %
Rwork0.2129 --
all-73680 -
obs-73430 99.5 %
原子変位パラメータBiso max: 74.38 Å2 / Biso mean: 26.9623 Å2 / Biso min: 9.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.097 Å20 Å20 Å2
2---9.413 Å20 Å2
3---3.317 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6084 0 96 858 7038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.385
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.96-1.970.2729690.24112871356
1.97-1.990.3419750.258914191494
1.99-20.2874640.247713481412
2-2.020.283720.249713931465
2.02-2.030.2377740.236313831457
2.03-2.050.26321010.222613651466
2.05-2.060.3023730.227313741447
2.06-2.080.2664760.235713851461
2.08-2.090.2708830.233913831466
2.09-2.110.2474740.233313791453
2.11-2.130.2654840.232613601444
2.13-2.150.2701820.2213981480
2.15-2.170.2504690.215413771446
2.17-2.190.2776610.216514251486
2.19-2.210.2399640.209413821446
2.21-2.230.3065720.21513691441
2.23-2.250.271740.218814061480
2.25-2.270.2692750.199113811456
2.27-2.30.2692590.20213911450
2.3-2.320.2417800.192813841464
2.32-2.350.2722630.233414101473
2.35-2.380.2947790.212613741453
2.38-2.410.2932830.225513801463
2.41-2.440.3234790.234213921471
2.44-2.470.253720.20213851457
2.47-2.50.3156680.234113901458
2.5-2.540.2752840.212114031487
2.54-2.580.2596740.214313801454
2.58-2.620.3012730.228614291502
2.62-2.660.357750.237213671442
2.66-2.710.2815680.223114151483
2.71-2.760.3145660.233713741440
2.76-2.810.246800.219213971477
2.81-2.870.2876660.241814081474
2.87-2.930.2805770.223113941471
2.93-30.2833750.232614121487
3-3.070.2842630.237313811444
3.07-3.150.2736830.214113941477
3.15-3.250.2535800.2213961476
3.25-3.350.2327780.220514291507
3.35-3.470.2469730.218514111484
3.47-3.610.2122730.19514191492
3.61-3.770.2143950.199913921487
3.77-3.970.2209690.183114171486
3.97-4.220.1753590.177713961455
4.22-4.550.2013760.15914301506
4.55-5.010.2118720.18214291501
5.01-5.730.2441660.205714481514
5.73-7.220.3128830.235614561539
7.22-500.010.203680.223514321500
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1MSI_CNX_TOPPAR:protein_rep.paramMSI_CNX_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2MSI_CNX_TOPPAR:water_rep.paramMSI_CNX_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION3MSI_CNX_TOPPAR:ion.paramMSI_CNX_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION4paratartrate.protoptartrate.pro
X-RAY DIFFRACTION5parainh.protopinh.pro

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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