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Yorodumi- PDB-4h2h: Crystal structure of an enolase (mandalate racemase subgroup, tar... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4h2h | ||||||
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Title | Crystal structure of an enolase (mandalate racemase subgroup, target EFI-502101) from Pelagibaca bermudensis htcc2601, with bound mg and l-4-hydroxyproline betaine (betonicine) | ||||||
Components | Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme | ||||||
Keywords | ISOMERASE / Enolase / mandelate racemase subgroup / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics | ||||||
Function / homology | Function and homology information 4-hydroxyproline betaine 2-epimerase / amino-acid betaine catabolic process / racemase activity, acting on amino acids and derivatives / racemase and epimerase activity, acting on amino acids and derivatives / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pelagibaca bermudensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Vetting, M.W. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2013 Title: Discovery of new enzymes and metabolic pathways by using structure and genome context. Authors: Zhao, S. / Kumar, R. / Sakai, A. / Vetting, M.W. / Wood, B.M. / Brown, S. / Bonanno, J.B. / Hillerich, B.S. / Seidel, R.D. / Babbitt, P.C. / Almo, S.C. / Sweedler, J.V. / Gerlt, J.A. / ...Authors: Zhao, S. / Kumar, R. / Sakai, A. / Vetting, M.W. / Wood, B.M. / Brown, S. / Bonanno, J.B. / Hillerich, B.S. / Seidel, R.D. / Babbitt, P.C. / Almo, S.C. / Sweedler, J.V. / Gerlt, J.A. / Cronan, J.E. / Jacobson, M.P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4h2h.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4h2h.ent.gz | 941.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4h2h.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4h2h_validation.pdf.gz | 547.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4h2h_full_validation.pdf.gz | 577.9 KB | Display | |
Data in XML | 4h2h_validation.xml.gz | 124.4 KB | Display | |
Data in CIF | 4h2h_validation.cif.gz | 179 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/4h2h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/4h2h | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2pmqSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 40701.141 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pelagibaca bermudensis (bacteria) / Strain: HTCC2601 / Gene: R2601_01638 / Plasmid: pET / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q0FPQ4 |
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-Non-polymers , 6 types, 2148 molecules
#2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-0XW / ( #5: Chemical | ChemComp-IOD / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / pH: 7.5 Details: Protein (15 mM Hepes pH 8.0, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 50 mM MgCl2, 5 mM EDTA, 2 mM NiCl2; Reservoir (0.1 M HEPES:NaOH pH 7.5 70% (v/v) MPD); Soak 2 minutes in (Reservoir + 50 mM MgCl2, 200 ...Details: Protein (15 mM Hepes pH 8.0, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 50 mM MgCl2, 5 mM EDTA, 2 mM NiCl2; Reservoir (0.1 M HEPES:NaOH pH 7.5 70% (v/v) MPD); Soak 2 minutes in (Reservoir + 50 mM MgCl2, 200 mM 4-OH Proline Betaine ) Cryoprotection (Soaking solution), sitting drop vapor diffuction, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 0.9793 |
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Apr 14, 2012 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→109.072 Å / Num. obs: 325934 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.8 % / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 8.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.79 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0.577 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2PMQ Resolution: 1.7→25.68 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.11 / SU ML: 0.17 / σ(F): 0 / Phase error: 19 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.53 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→25.68 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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