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万見
- PDB-4gue: Structure of N-terminal kinase domain of RSK2 with flavonoid glyc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gue
タイトルStructure of N-terminal kinase domain of RSK2 with flavonoid glycoside quercitrin
要素Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Serine/threonine kinase domain / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RSK activation / CREB phosphorylation / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / ribosomal protein S6 kinase activity / ERK/MAPK targets / toll-like receptor signaling pathway / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / response to lipopolysaccharide ...RSK activation / CREB phosphorylation / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / ribosomal protein S6 kinase activity / ERK/MAPK targets / toll-like receptor signaling pathway / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / response to lipopolysaccharide / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleolus / protein kinase binding / magnesium ion binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S6 kinase alpha-3, C-terminal catalytic domain / Ribosomal S6 kinase, N-terminal catalytic domain / Ribosomal protein S6 kinase II / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...Ribosomal protein S6 kinase alpha-3, C-terminal catalytic domain / Ribosomal S6 kinase, N-terminal catalytic domain / Ribosomal protein S6 kinase II / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QCT / Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Derewenda, U. / Utepbergenov, D. / Szukalska, G. / Derewenda, Z.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Identification of quercitrin as an inhibitor of the p90 S6 ribosomal kinase (RSK): structure of its complex with the N-terminal domain of RSK2 at 1.8 A resolution.
著者: Derewenda, U. / Artamonov, M. / Szukalska, G. / Utepbergenov, D. / Olekhnovich, N. / Parikh, H.I. / Kellogg, G.E. / Somlyo, A.V. / Derewenda, Z.S.
履歴
登録2012年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月27日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6404
ポリマ－35,0711
非ポリマー5693
水4,684260
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.084, 40.686, 83.264
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.31, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

SO4

21A-516-

HOH

31A-626-

HOH

41A-756-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ribosomal protein S6 kinase alpha-3 / S6K-alpha-3 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 3 / p90-RSK 3 / p90RSK3 / MAP kinase-activated ...S6K-alpha-3 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 3 / p90-RSK 3 / p90RSK3 / MAP kinase-activated protein kinase 1b / MAPK-activated protein kinase 1b / MAPKAP kinase 1b / MAPKAPK-1b / Ribosomal S6 kinase 2 / RSK-2 / pp90RSK2


分子量: 35070.832 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal kinase domain (UNP residues 45-346) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rps6ka3, Mapkapk1b, Rps6ka-rs1, Rsk2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P18654, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-QCT / 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-4-oxo-4H-chromen-3-yl 6-deoxy-alpha-L-mannopyranoside / quercitrin / クエルシトリン


分子量: 448.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20O11
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30% Jeffamine ED2003, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月30日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 29080 / Num. obs: 28004 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.65 / Rsym value: 0.303 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX1.6.4_486精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3UBD

3ubd


解像度: 1.8→25.293 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2047 1389 5.05 %
Rwork0.1712 --
obs0.1729 27492 97.72 %
all-28004 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.789 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.4085 Å20 Å2-3.8809 Å2
2--0.2734 Å20 Å2
3----5.682 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25.293 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2255 0 38 260 2553
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062356
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9823190
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.188869
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066352
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004400
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7997-1.86410.26421260.18992410X-RAY DIFFRACTION90
1.8641-1.93870.24821390.18082510X-RAY DIFFRACTION95
1.9387-2.02690.2031400.1792575X-RAY DIFFRACTION98
2.0269-2.13370.22811200.17122629X-RAY DIFFRACTION98
2.1337-2.26730.20141460.17062604X-RAY DIFFRACTION99
2.2673-2.44220.22761290.17762656X-RAY DIFFRACTION99
2.4422-2.68770.23271380.19092660X-RAY DIFFRACTION99
2.6877-3.07610.22531420.18162671X-RAY DIFFRACTION100
3.0761-3.87330.20431520.16272668X-RAY DIFFRACTION100
3.8733-25.29540.1761570.16182720X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.10410.338-0.50481.60720.1083.4198-0.15490.23810.207-0.13830.1006-0.0521-0.03170.20620.06410.2035-0.0899-0.03550.21280.04810.170438.16298.917414.336
22.08020.19170.44261.3852-0.1971.9468-0.17820.05360.173-0.17440.09850.22840.0669-0.19450.0690.1849-0.0666-0.03560.17530.00960.203419.56050.442725.0724
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 48:156) or (resseq 187:217))
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resseq 157:186) or (resseq 223:346))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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