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- PDB-4gah: Human acyl-CoA thioesterases 4 in complex with undecan-2-one-CoA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gah
タイトルHuman acyl-CoA thioesterases 4 in complex with undecan-2-one-CoA inhibitor
要素Thioesterase superfamily member 4
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / hotdog fold / acyl CoA hydrolase / akt c-terminal modulating protein / acyl-CoA / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


palmitoyl-CoA hydrolase / long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / Negative regulation of the PI3K/AKT network / Activation of AKT2 / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / VEGFR2 mediated vascular permeability / fatty acid metabolic process ...palmitoyl-CoA hydrolase / long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / Negative regulation of the PI3K/AKT network / Activation of AKT2 / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / VEGFR2 mediated vascular permeability / fatty acid metabolic process / mitochondrial intermembrane space / ruffle membrane / PIP3 activates AKT signaling / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / mitochondrion / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0ET / Acyl-coenzyme A thioesterase THEM4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lim, K. / Pathak, M.C. / Herzberg, O.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Correlation of structure and function in the human hotdog-fold enzyme hTHEM4.
著者: Zhao, H. / Lim, K. / Choudry, A. / Latham, J.A. / Pathak, M.C. / Dominguez, D. / Luo, L. / Herzberg, O. / Dunaway-Mariano, D.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: The Akt C-Terminal modulator protein is an acyl-CoA thioesterase of the hotdog-fold family
著者: Zhao, H. / Martin, B. / Bisoffi, M. / Dunaway-Mariano, D.
履歴
登録2012年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioesterase superfamily member 4
B: Thioesterase superfamily member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7395
ポリマ－47,9262
非ポリマー2,8133
水3,801211
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area16540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.608, 58.777, 135.436
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Thioesterase superfamily member 4 / Carboxyl-terminal modulator protein


分子量: 23962.758 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 40-240 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTMP, THEM4 / プラスミド: pET-23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21codon plus(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q5T1C6, acyl-CoA hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-0ET / [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(3R)-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-4-[[3-oxidanylidene-3-[2-[(2R)-2-oxidanylundecyl]sulfanylethylamino]propyl]amino]butyl] hydrogen phosphate / undecan-2-one-CoA


分子量: 937.826 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N7O17P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 1:1 protein and reservoir solution. Reservoir: 11 % w/v PEG 3350 and 0.1 M ammonium phosphate monobasic. Proteins: 8 mg/mL in kept in 0.2 M NaCl and 50 mM HEPES (pH 7.5), 4 mM undecan-2-one- ...詳細: 1:1 protein and reservoir solution. Reservoir: 11 % w/v PEG 3350 and 0.1 M ammonium phosphate monobasic. Proteins: 8 mg/mL in kept in 0.2 M NaCl and 50 mM HEPES (pH 7.5), 4 mM undecan-2-one-CoA., VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9202 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9202 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→43.5 Å / Num. all: 20650 / Num. obs: 20650 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 2033 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2OV9

2ov9


解像度: 2.3→43.5 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.257 1001 random
Rwork0.19 --
all-20650 -
obs-20649 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→43.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2903 0 136 211 3250
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 93 -
Rwork0.251 --
obs-2033 99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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