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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fzj | ||||||
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タイトル | Pantothenate synthetase in complex with 1,3-DIMETHYL-1H-THIENO[2,3-C]PYRAZOLE-5-CARBOXYLIC ACID | ||||||
要素 | Pantothenate synthetase | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / Rossmann Fold (ロスマンフォールド) / ATP + (R)-pantoate + beta-alanine / citoplasm | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-alanine metabolic process / pantoate-beta-alanine ligase (AMP-forming) / pantoate-beta-alanine ligase activity / pantothenate biosynthetic process / manganese ion binding / magnesium ion binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å | ||||||
データ登録者 | Silvestre, H.L. / Blundell, T.L. / Abell, C. / Ciulli, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013 タイトル: Integrated biophysical approach to fragment screening and validation for fragment-based lead discovery. 著者: Silvestre, H.L. / Blundell, T.L. / Abell, C. / Ciulli, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4fzj.cif.gz | 133.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4fzj.ent.gz | 104.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4fzj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/4fzj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/4fzj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 31571.178 Da / 分子数: 2 / 変異: T2A, E77G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: MT3707, MTCY07H7B.20, panC, Rv3602c / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 参照: UniProt: P0A5R0, UniProt: P9WIL5*PLUS, pantoate-beta-alanine ligase (AMP-forming) |
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-非ポリマー , 5種, 572分子
#2: 化合物 | ChemComp-EOH / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.78 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 10-15% PEG3000, 150 mM Li2SO4, 0.1 M imidazole, 2% ethanol, 10% glycerol, 20 mM MgCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月2日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.63→53.26 Å / Num. all: 176690 / Num. obs: 66694 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 8.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.63→1.72 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.596 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 9741 / % possible all: 98.4 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0088 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.63→53.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 1.937 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.885 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.63→53.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.63→1.672 Å / Total num. of bins used: 20
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