PDB-4fyh: Crystal structure of rcl with phospho-triciribine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fyh

タイトル

Crystal structure of rcl with phospho-triciribine

要素

Deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase

キーワード

HYDROLASE/INHIBITOR / Deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Purine catabolism / deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process / 5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase activity / nucleoside salvage / dGMP catabolic process / allantoin metabolic process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / epithelial cell differentiation / positive regulation of cell growth / protein homodimerization activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.44 Å

データ登録者

Labesse, G. / Padilla, A. / Kaminski, P.A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure of the oncoprotein Rcl bound to three nucleotide analogues.
著者: Padilla, A. / Amiable, C. / Pochet, S. / Kaminski, P.A. / Labesse, G.

履歴

登録	2012年7月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月20日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fyh.cif.gz	221.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fyh.ent.gz	179.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fyh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4fyh_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fyh_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	4fyh_validation.xml.gz	23.3 KB	表示
CIF形式データ	4fyh_validation.cif.gz	30.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/4fyh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/4fyh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fyiC 4fykC 2klh C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4wdh-d 5zy5-1 5f0s-2 4kxl-2 3i76-2 3kbb-d 4wdg-d 3p37-2 4ygs-d 3vnf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase

B: Deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase

C: Deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase

D: Deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase

ヘテロ分子

70.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase

B: Deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase

D: Deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.953, 119.002, 57.769
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase / c-Myc-responsive protein Rcl 分子量: 17173.334 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 11-151 / 変異: D69N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Rcl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O35820, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-TR5 / 5-methyl-1-(5-O-phosphono-beta-D-ribofuranosyl)-1,5-dihydro-1,4,5,6,8-pentaazaacenaphthylen-3-amine / Triciribine phosphate / トリシリビンホスファ-ト分子量: 400.284 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₇N₆O₇P
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.11 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 100 mM Tris, 1.2 Li2SO4, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.9334 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月22日
放射	モノクロメーター: Asymmetric Laue 001 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射	最高解像度: 2.44 Å / Num. all: 23302 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.44→2.57 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.44→59.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 16.634 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.436 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24645	1239	5 %	RANDOM
R_work	0.20906	-	-	-
obs	0.21093	23302	100 %	-
all	-	24582	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.815 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.24 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.44→59.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4029	0	133	123	4285

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	4257
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.093	1.991	5765
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.069	5	501
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.93	22.037	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.961	15	685
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.146	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	606
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3258
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.612	1.5	2497
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.151	2	3961
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.17	3	1760
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.989	4.5	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.44→2.503 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	91	-
R_work	0.25	1683	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7096	-0.0416	-0.4189	0.0434	-0.2326	1.4571	-0.1424	0.5322	-0.2426	0.0448	-0.0032	-0.0135	-0.1805	-0.134	0.1456	0.0875	-0.0595	0.0255	0.1674	-0.0965	0.0633	11.7936	46.7495	-1.8826
2	0.3693	-0.0709	0.422	0.8946	-0.2346	1.1776	-0.0274	-0.0585	-0.1335	0.0112	0.0234	-0.0161	-0.1585	-0.049	0.004	0.0918	-0.008	0.0279	0.0563	0.009	0.1159	15.1045	45.8586	21.6334
3	0.5526	-0.1854	-0.4104	0.3875	-0.1721	1.4875	-0.0118	0.0272	0.0309	0.1491	-0.0368	0.0115	0.0072	0.0842	0.0486	0.1332	-0.0073	-0.0324	0.0499	-0.0005	0.0822	2.1253	15.6664	50.3603
4	0.8361	0.2665	-0.5792	0.2422	-0.1422	1.1469	-0.1152	0.0706	0.0452	-0.0395	0.0613	-0.0067	0.0676	-0.0333	0.0539	0.0797	-0.028	-0.0187	0.0709	0.0302	0.1035	5.2386	15.2571	26.9341
5	0.0313	0.0773	-0.0696	0.2537	-0.0738	0.3864	0.0089	0.0006	-0.0186	0.0238	0.0317	-0.0461	-0.0453	0.019	-0.0406	0.0963	-0.0353	-0.0062	0.0729	0.0171	0.1069	9.9634	30.9529	27.0305

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 150
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	201
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	9 - 150
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	201
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	9 - 150
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	201
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	9 - 150
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	201
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	301 - 322
10	X-RAY DIFFRACTION	5	B	301 - 340
11	X-RAY DIFFRACTION	5	C	301 - 330
12	X-RAY DIFFRACTION	5	D	301 - 331
13	X-RAY DIFFRACTION	5	B	202 - 203
14	X-RAY DIFFRACTION	5	C	202
15	X-RAY DIFFRACTION	5	D	202 - 203

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