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- PDB-4ft7: Crystal Structure of the CHK1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ft7
タイトルCrystal Structure of the CHK1
要素Serine/threonine-protein kinase Chk1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of G0 to G1 transition / apoptotic process involved in development / histone H3T11 kinase activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / mitotic G2/M transition checkpoint / negative regulation of mitotic nuclear division / regulation of mitotic centrosome separation / Activation of ATR in response to replication stress / inner cell mass cell proliferation / regulation of double-strand break repair via homologous recombination ...negative regulation of G0 to G1 transition / apoptotic process involved in development / histone H3T11 kinase activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / mitotic G2/M transition checkpoint / negative regulation of mitotic nuclear division / regulation of mitotic centrosome separation / Activation of ATR in response to replication stress / inner cell mass cell proliferation / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of gene expression, epigenetic / nucleus organization / cellular response to caffeine / Transcriptional Regulation by E2F6 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / condensed nuclear chromosome / replicative senescence / signal transduction in response to DNA damage / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / positive regulation of cell cycle / regulation of signal transduction by p53 class mediator / DNA damage checkpoint signaling / replication fork / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / peptidyl-threonine phosphorylation / G2/M DNA damage checkpoint / cellular response to mechanical stimulus / Signaling by SCF-KIT / G2/M transition of mitotic cell cycle / Processing of DNA double-strand break ends / regulation of cell population proliferation / DNA replication / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / chromatin remodeling / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein domain specific binding / protein phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / DNA damage response / chromatin / apoptotic process / protein-containing complex / extracellular space / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Checkpoint kinase 1, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site ...Checkpoint kinase 1, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H3K / ISOPROPYL ALCOHOL / Serine/threonine-protein kinase Chk1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kang, Y.N. / Stuckey, J.A. / Chang, P. / Russell, A.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the CHK1
著者: Kang, Y.N. / Stuckey, J.A. / Chang, P. / Russell, A.J.
履歴
登録2012年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase Chk1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8806
ポリマ－32,1541
非ポリマー7265
水3,531196
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.342, 65.806, 58.225
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase Chk1 / CHK1 checkpoint homolog / Cell cycle checkpoint kinase / Checkpoint kinase-1


分子量: 32154.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: human / 遺伝子: CHEK1, CHK1 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
参照: UniProt: O14757, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 201分子

#2: 化合物 ChemComp-H3K / 1-{5-bromo-2-[(3R)-3-hydroxypiperidin-1-yl]phenyl}-3-(5-cyanopyrazin-2-yl)urea


分子量: 417.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H17BrN6O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 8000, Isopropanol, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Osmic Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 17442 / Num. obs: 17425 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 1.101 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.2-2.280.26417161.187198.7
2.28-2.370.22317411.2271100
2.37-2.480.19617191.149199.9
2.48-2.610.15117221.2221100
2.61-2.770.11217551.1551100
2.77-2.980.08517310.9291100
2.98-3.280.0617381.0541100
3.28-3.760.04217571.0241100
3.76-4.720.03117511.102199.9
4.72-200.03817950.9821100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.1精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
BUSTER2.11.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→19.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9496 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9407 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1946 879 5.05 %RANDOM
Rwork0.1712 ---
obs0.1724 17410 99.76 %-
原子変位パラメータBiso max: 116.35 Å2 / Biso mean: 31.9843 Å2 / Biso min: 10.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.456 Å20 Å2-0.1404 Å2
2---2.8191 Å20 Å2
3---1.363 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.236 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2143 0 45 196 2384
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1060SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes60HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes353HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2298HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion286SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2712SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2298HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3144HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.99
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.75
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2166 149 5.37 %
Rwork0.1831 2627 -
all0.1848 2776 -
obs--99.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0001-0.8919-0.01300.41460.3420.0010.00610.00590.00810.00350.00120.0043-0.0042-0.00440.01270.00880.03280.00750.001-0.037711.3139-4.508-4.4367
2-0.02580.22810.18060.08720.14210.1029-0.0006-0.0047-0.0094-0.0012-0.00040.0033-0.00090.00090.0010.0225-0.0235-0.00680.005-0.0231-0.020613.9548-12.28078.5345
3-0.04350.30940.29620.07670.35910.49750.00650.0061-0.0148-0.0061-0.00460.0003-0.0034-0.0083-0.0020.0475-0.0101-0.00340.0185-0.0159-0.06911.0894-3.7445-0.4385
4-0.00810.27580.48320.01230.09940.234-0.00130.0112-0.0142-0.0055-0.00880.02140.0037-0.01470.0102-0.0158-0.0082-0.05810.0446-0.0058-0.03484.77950.608815.0651
50.8750.08230.14351.11650.33791.2335-0.01530.10370.0017-0.13670.0093-0.03860.0184-0.01620.006-0.00780.0140.0019-0.03550.0024-0.032116.50310.453517.6479
60.00880.06330.02340.0165-0.01830.03380.0010.0020.001-0.0026-0.0011-0.00310.00060.00130.00010.0174-0.01060.01680.00040.0181-0.008522.41797.86211.6069
70.91180.97430.29220.13790.24220.0978-0.00180.00160.0081-0.0364-0.00690.0474-0.0104-0.01810.0087-0.06560.00570.00630.0036-0.05980.0471.15740.768327.2602
80.3758-0.16380.29490-0.64430.0515-0.0031-0.0162-0.0070.0222-0.01130.01270.0105-0.02230.0144-0.01440.0050.01270.00690.00580.018710.2467-5.530934.8627
9-0.1945-0.40631.37750.7436-0.49360.3921-0.0037-0.0678-0.04490.0117-0.0081-0.03750.0230.04510.0118-0.02110.0395-0.0292-0.02910.0590.05325.9819-4.842537.4665
100.50350.7693-0.24580.74590.00290.89990.0016-0.02120.0280.0565-0.0096-0.0187-0.016-0.00090.0079-0.03680.00610.00710.0154-0.00660.005220.93715.834237.2705
110.002-0.022-0.01430.07830.0415-0.0020.0005-0.00270.0040.0019-0.00190.0047-0.00040.00050.00140.00320.01120.0091-0.0317-0.030.026723.954214.569933.7984
120.0466-0.1391-0.33160.3812-0.21-0.04660.00160.0201-0.0053-0.011-0.00460.0194-0.00420.00730.003-0.0172-0.00630.0304-0.01320.0020.031331.221918.843617.0119
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|3 - 16}A3 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2{A|17 - 25}A17 - 25
3X-RAY DIFFRACTION3{A|26 - 41}A26 - 41
4X-RAY DIFFRACTION4{A|42 - 69}A42 - 69
5X-RAY DIFFRACTION5{A|70 - 139}A70 - 139
6X-RAY DIFFRACTION6{A|140 - 144}A140 - 144
7X-RAY DIFFRACTION7{A|145 - 165}A145 - 165
8X-RAY DIFFRACTION8{A|166 - 192}A166 - 192
9X-RAY DIFFRACTION9{A|193 - 231}A193 - 231
10X-RAY DIFFRACTION10{A|232 - 260}A232 - 260
11X-RAY DIFFRACTION11{A|261 - 264}A261 - 264
12X-RAY DIFFRACTION12{A|265 - 280}A265 - 280

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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