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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fph | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the NanB sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-Fluorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate | ||||||
要素 | Sialidase B | ||||||
キーワード | HYDROLASE/INHIBITOR / hydrolase / intramolecular trans-sialidase / glycosidase / drug design / neuraminidase / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.938 Å | ||||||
データ登録者 | Brear, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2012 タイトル: Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases. 著者: Brear, P. / Telford, J. / Taylor, G.L. / Westwood, N.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4fph.cif.gz | 158 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4fph.ent.gz | 120.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4fph.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4fph_validation.pdf.gz | 454.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4fph_full_validation.pdf.gz | 457.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4fph_validation.xml.gz | 29.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4fph_validation.cif.gz | 45.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/4fph ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/4fph | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4foqC 4fovC 4fowC 4foyC 4fp2C 4fp3C 4fpcC 4fpeC 4fpfC 4fpgC 4fpjC 4fpkC 4fplC 4fpoC 4fpyC 4fq4C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 77780.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: TIGR4 / 遺伝子: nanB, SP_1687 / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3) / 参照: UniProt: Q54727, exo-alpha-sialidase | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-0V7 / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.93 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 7% PEG 8000, 0.1M IMIDAZOLE, pH 8.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月22日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.938→30 Å / Num. obs: 54443 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Χ2: 4.308 / Net I/σ(I): 14.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 32.12 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.938→24.838 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.24 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.2 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.573 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 87.72 Å2 / Biso mean: 23.2127 Å2 / Biso min: 7.63 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.938→24.838 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19
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