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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4foy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the NanB sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-(Benzylammonio)ethanesulfonate | ||||||
![]() | Sialidase B | ||||||
![]() | HYDROLASE/INHIBITOR / hydrolase / intramolecular trans-sialidase / glycosidase / drug design / neuraminidase / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brear, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases. 著者: Brear, P. / Telford, J. / Taylor, G.L. / Westwood, N.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 165.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 125.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4foqC ![]() 4fovC ![]() 4fowC ![]() 4fp2C ![]() 4fp3C ![]() 4fpcC ![]() 4fpeC ![]() 4fpfC ![]() 4fpgC ![]() 4fphC ![]() 4fpjC ![]() 4fpkC ![]() 4fplC ![]() 4fpoC ![]() 4fpyC ![]() 4fq4C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 77780.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: TIGR4 / 遺伝子: nanB, SP_1687 / プラスミド: pET23b / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-D53 / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.12 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 7% PEG 8000, 0.1M IMIDAZOLE, pH 8.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月10日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.84→30 Å / Num. obs: 64163 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 2.363 / Net I/σ(I): 16.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 31.82 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 69.056 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 91.43 Å2 / Biso mean: 20.4089 Å2 / Biso min: 5.92 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.843→20.633 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22
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