PDB-4foy: Crystal structure of the NanB sialidase from streptococcus pneumo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4foy

タイトル

Crystal structure of the NanB sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-(Benzylammonio)ethanesulfonate

要素

Sialidase B

キーワード

HYDROLASE/INHIBITOR / hydrolase / intramolecular trans-sialidase / glycosidase / drug design / neuraminidase / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.843 Å

データ登録者

Brear, P.

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2012
タイトル: Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
著者: Brear, P. / Telford, J. / Taylor, G.L. / Westwood, N.J.

履歴

登録	2012年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月14日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4foy.cif.gz	165.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4foy.ent.gz	125.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4foy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/4foy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/4foy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4foqC 4fovC 4fowC 4fp2C 4fp3C 4fpcC 4fpeC 4fpfC 4fpgC 4fphC 4fpjC 4fpkC 4fplC 4fpoC 4fpyC 4fq4C 2vw0 2vw1 2vw2 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vw1-d 4fpk-d 4fph-d 4fpj-d 2vw2-d 4xhb-d 4fpl-d 4yz1-2 4fpf-d 4xma-d 4yz1-1 4yz5-2 4yw1-2 4fpe-d 4yz2-1 4xyx-d 4fpc-d 4xhx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (3) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sialidase B

ヘテロ分子

78.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.318, 82.596, 117.019
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Sialidase B / Neuraminidase B 分子量: 77780.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: TIGR4 / 遺伝子: nanB, SP_1687 / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3) / 参照: UniProt: Q54727, exo-alpha-sialidase
#2: 化合物	ChemComp-D53 / 2-(benzylamino)ethanesulfonic acid / 2-(ベンジルアミノ)エタンスルホン酸分子量: 215.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃NO₃S
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 848 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.12 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 7% PEG 8000, 0.1M IMIDAZOLE, pH 8.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.84→30 Å / Num. obs: 64163 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Χ²: 2.363 / Net I/σ(I): 16.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.84-1.87	3.3	0.276	2830	2.154	1	89.2
1.87-1.91	4.2	0.274	3223	2.152	1	99.8
1.91-1.94	4.4	0.237	3171	2.326	1	100
1.94-1.98	4.5	0.2	3221	2.337	1	99.7
1.98-2.03	4.6	0.17	3189	2.344	1	99.7
2.03-2.07	4.6	0.149	3198	2.394	1	99.7
2.07-2.12	4.6	0.142	3206	2.351	1	99.6
2.12-2.18	4.6	0.126	3204	2.388	1	99.6
2.18-2.25	4.7	0.118	3197	2.411	1	99.5
2.25-2.32	4.7	0.11	3195	2.357	1	99.4
2.32-2.4	4.7	0.106	3180	2.409	1	99.4
2.4-2.5	4.8	0.096	3255	2.395	1	99.5
2.5-2.61	4.8	0.09	3188	2.358	1	99.3
2.61-2.75	4.8	0.081	3237	2.361	1	99.3
2.75-2.92	4.8	0.07	3208	2.349	1	99.3
2.92-3.15	4.8	0.059	3236	2.361	1	99.6
3.15-3.46	4.8	0.049	3285	2.453	1	99.8
3.46-3.96	4.7	0.042	3279	2.498	1	99.5
3.96-4.99	4.7	0.036	3296	2.19	1	99.1
4.99-30	4.7	0.038	3365	2.544	1	96.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 31.82 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	20.63 Å
Translation	2.5 Å	20.63 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
StructureStudio		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.843→20.633 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2131	3145	4.91 %	RANDOM
R_work	0.176	-	-	-
obs	0.1779	64034	99.33 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 69.056 Å² / k_sol: 0.389 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.43 Å² / B_iso mean: 20.4089 Å² / B_iso min: 5.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2652 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.4224 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.6876 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.843→20.633 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5189	0	26	848	6063

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5376
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.113	7280
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	796
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	939
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.544	1992

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.843-1.8719	0.3187	139	0.2541	2714	2853	99
1.8719-1.9025	0.2791	131	0.2313	2759	2890	100
1.9025-1.9353	0.3027	150	0.1991	2751	2901	100
1.9353-1.9705	0.2467	129	0.1733	2760	2889	100
1.9705-2.0084	0.1995	147	0.17	2743	2890	100
2.0084-2.0493	0.1989	126	0.1674	2762	2888	100
2.0493-2.0938	0.2213	160	0.1635	2726	2886	100
2.0938-2.1425	0.1999	135	0.164	2746	2881	100
2.1425-2.196	0.2367	138	0.1628	2763	2901	100
2.196-2.2553	0.2329	139	0.1656	2759	2898	99
2.2553-2.3216	0.23	159	0.1745	2712	2871	99
2.3216-2.3964	0.2269	127	0.1788	2770	2897	99
2.3964-2.4819	0.241	145	0.1719	2749	2894	99
2.4819-2.5811	0.1995	141	0.1759	2761	2902	99
2.5811-2.6984	0.2107	154	0.1799	2750	2904	99
2.6984-2.8403	0.2212	141	0.1895	2759	2900	99
2.8403-3.0177	0.2225	164	0.1865	2728	2892	99
3.0177-3.2499	0.2112	149	0.171	2801	2950	99
3.2499-3.5754	0.1897	145	0.1579	2810	2955	100
3.5754-4.0893	0.1737	147	0.1634	2810	2957	99
4.0893-5.1389	0.1771	134	0.1596	2842	2976	99
5.1389-20.633	0.2267	145	0.2095	2914	3059	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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